为了保障农民工的合法权益，规范建筑市场秩序，解决农民工工资支付的问题。《保障农民工工资支付'∵条例》（中华人民共和国国务院令第724号）规定，施工总承包单位对分包单位劳动用工和工资发放等情况负有监督与连带责任，实行分包单位农民工工资由施工总承包单位代为发放。总包人代发工资有关财税问题分析如下：
一、总包人代为发放的工资是否可以作为税前扣除合法凭据？按照建筑法，工程总承包人可以专业分包和劳务分包。分包人向总承包人提供建筑服务，应当按照结算金额向总承包人开具建筑服务发票。现行政策将应当由分包人直接发放的工资采取实行由总承包人代为发放，总公司代为发放的工资实质属于应支付方分包方的工程款，应支付的工程款“坐支”分包人应支付的农民工工资。因此，总承包人代为发放的工资部分，分包人仍然应当提供相应的建筑服务发票，以分包人提供的发票作为总承包人税前扣除的合法凭据。总公司代为发放的工资属于分包方的人工成本，应当在分包单位税前扣除。
二、总承包人代发工资，分包人应当及时申报缴纳增值税。总承包企业应代发的民工工资， 对于分包单位来说，是工程款的组成部分，分包单位并未实际收取，相当于总承包企业、分包单位、民工三方之间的往来款项结算，可简化为一笔应收账款过渡处理。总承包企业已实际代发了工资，相当于分包单位已收讫销售款项。因此，如果是纳税义务发生的工程款，分包方需开具带税率的增值税发票；如果不在工程款计量周期内、工程进度款未结算的，或已付清前期工程结算款项的，属于预付工程款，分包单位可开具发票编码为“612”的不征税发票。
三、会计处理。
1、总承包企业会计处理
借：合同履约成本—分包合同成本
应交税费—应交增值税（进项税额）
贷：银行存款（民工工资专用账户）
四、代发工资的个人所得税扣缴义务人。“工资、薪金所得”是属于非独立个人劳务活动，即在机关、团体、学校、部队、企事业单位及其他组织中任职、受雇而得到的报酬。因此，农民工取得的报酬应当按照“工资薪金所得”计算缴纳个人所得税，现行政策当中，并未对“农民工工资”有什么特别优惠政策。因农民工不是按月发放工资，且流动性较大，有时三五个月就会换一个工地做工，结算工资时也是一个工地结束再结算，这就导致一次结算工资超万，还有的农民工一年可能只干几个月的活儿。现行个人所得税规定，居民个人取得的综合所得（具体包括工资薪金所得、劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得）实行按年度合并计算个人所得税，平时预扣预缴，年度汇算清缴，多退少补，因此，在预缴阶段多缴税款的，可以在个人所得税年度汇算清缴时申请退税。
根据个人所得税法第九条规定，个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。总承包人代发农民工工资是否有个人所得税扣缴义务呢？根据《国家税务总局关于个人所得税偷税案件查处中有关问题的补充通知》（国税函〔1996〕602号）规定，扣缴义务人的认定，按照个人所得税法的法规，向个人支付所得的单位和个人为扣缴义务人。由于支付所得的单位和个人与取得所得的人之间有多重支付的现象，有时难以确定扣缴义务人。为保证全国执行的统一，现将认定标准法规为：凡税务机关认定对所得的支付对象和支付数额有决定权的单位和个人，即为扣缴义务人。总包代发分包单位农民工工资，是由分包单位按月考核农民工工作量并编制工资支付表，交给总包方代为发放的。对所得的支付对象和支付数额有决定权的单位是分包单位，分包单位是个税扣缴义务人，应当全员全额申报，总承包人不负有扣缴义务，不需要全员全额申报。
建议：总包与分包签订代发协议时，明确相关的个税扣缴和申报义务，由分包公司办理个人所得税扣缴申报和缴纳。总包方在发放工资时，是按照分包方提供的工资表的“实发工资”的金额发放工资，通常所说的税后工资。如果分包方提供的工资表没有明确是应发工资还是实发工资，总包直接按照工资表上的金额发放工资，分包方在申报缴纳个税的时候需要按照总包实际实际发放的工资作为税后工资，倒算出税前工资，作为计算农民工个人所得税的基数。
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