根据《企业会计准则——应用指南》、财政部关于印发《营业税改征增值税试点有关企业会计处理规定》的通知，可以按如下设置增值税相关会计科目：
一、应交增值税
1、应交增值税借方：
借方发生额，反映企业购进货物或接受劳务支付的进项税额、实际已经缴纳的增值税税额、月终转出的应缴未缴的增值税税额。期末借方余额反映企业尚未抵扣的增值税税额：
（1）“进项税额”，记录企业购入货物或接受应税劳务和应税服务而支付的、准予从销项税额中抵扣的增值税额。企业购入货物或接受应税劳务和应税服务支付的进项税额，用蓝字登记。退回所购货物应冲销的进项税额，用红字登记。
（2）“已交税金”，记录企业本月已缴纳的增值税额，企业本月已缴纳的增值税额用蓝字登记。退回本月多交的增值税税额用红字登记
注意：企业当月上交上月应缴未缴的增值税时，借记“应交税费---未交增值税”科目，贷记：银行存款
（3）“减免税款”，反映企业按照规定减免的增值税税款，企业按照规定直接减免税额借记本科目，贷记“营业外收入”。
（4）“预交增值税 ”房地产收到预收款，房地产企业营改增后，按规定需按预收款的3%于次月向主管国税局申报，再在申报后的次月凭完税凭证以实际缴纳的预交税款抵减应纳税额（2016年18号公告第27条，以预缴税款抵减应纳税额，应以完税凭证作为合法有效凭证。）
（5）“营改增待抵扣销项税”一般纳税人发生应税行为，按照营业税改征增值税有关规定，允许从取得的全部价款及价外费用中扣除支付的价款作为销售额的，应在“应交税费——应交增值税”科目下增设“营改增抵减的销项税额”专栏，用于记录该企业因按规定扣减销售额而减少的销项税额；同时，“主营业务收入”、“主营业务成本”等相关科目应按经营业务的种类进行明细核算。企业购买服务、不动产，按规定允许扣减销售额而减少的销项税额，借记“应交税费——应交增值税（营改增抵减的销项税额）”科目，按实际支付或应付的金额与上述增值税额的差额，借记“主营业务成本”等科目，按实际支付或应付的金额，贷记“银行存款”、“应付账款”等科目。参考：财会《营业税改征增值税试点有关企业会计处理规定》（财会【2012】13号）
（6）“转出未交增值税”专栏，记录企业月末转出应交未交的增值税。月末企业“应交税费---应交增值税”明细科目出现贷方余额时，根据余额借记本科目，贷记：“应交税费---未交增值税”科目。
2、应交增值税贷方：
贷方发生额，反映企业购进货物或者提供劳务收取的销售税额、出口企业收到的出口退税以及进项税额转出的数额、转出多交的增值税税额。
（1）“销项税额”，记录企业提供应税服务应收取的增值税额。企业提供应税服务应收取的销项税额，用蓝字登记；发生服务终止（退回销售货物）或按规定可以实行差额征税、按照税法规定允许扣减的增值税额应冲减销项税额，用红字或负数登记。
（2）“进项税额转出”，记录企业的购进货物等发生非正常损失以及其他原因而不应从销项税额中抵扣，按照规定转出的进项税额。
已经抵扣进项税额的外购货物、销售服务改变用途的，其中改变用途有：免税项目自用、集体福利、个人消费、简易计税项目等，用于不得抵扣的进项税额，做进项税额转出处理
可下设三级科目，便于申报及统计：
1、免税项目用
2、非应税项目用、集体福利、个人消费
3、非正常损失
4、简易计税方法征税项目用
5、免抵退税办法不得抵扣的进项税额
6、纳税检查调减进项税额
7、其他
（3）“转出多交增值税”，记录企业月末转出多交的增值税。企业转出当月发生的多交的增值税额用蓝字登记。月末企业“应交税费---应交增值税”明细科目出现借方余额时，根据余额借记“应交税费---未交增值税”科目，贷记本科目。
注意：对于多预交税款形成的“应交税费---应交增值税”借方余额时，才需要做转出处理。
应交增值税期末借方余额反映企业尚未抵扣的增值税税额
二、“未交增值税”明细科目的借方发生额，反映企业月终转入的多交的增值税；贷方发生额，反映企业月终转入的当月发生的应缴未缴的增值税。期末借方余额反映的是企业期末留底的税额和专用发票预交等多交的增值税税款。贷方余额反映的是期末结转下期应交未交的增值税。
注意：一般纳税人按照征收率计算的增值税计入“应交税费----未交增值税”，不通过“应交税费----应交增值税（销项税额）”核算
三、“待抵扣进项税额”明细科目,核算一般纳税人按税法规定不符合抵扣条件，暂不予在本期申报抵扣的进项税额。
下设三个三级明细科目：
——01未认证或已认证未申报抵扣进项税额
——02营改增待抵减的销项税额
——03新增不动产购进相关进项税额
说明：
1、“未认证”三级明细用于已收到的扣税凭证、但未扫描认证；或者辅导期一般纳税人已认证、但根据规定尚不能用于抵减销项税额的进项税额。
2、增设“营改增待抵减的销项税额”是便于差额征税的试点纳税人，及时核算本期购进应税服务可扣除项目折抵的销项税额。而应交税费——应交增值税——“营改增抵减的销项税额”系本期实际抵减的销项税额，该科目余额为尚可用于未来期间的、待抵减销项税额。这样，也可以保持应交税费——应交增值税的准确性。
3、“新增不动产购进相关进项税额”是当期取得的不动产进项税额40%需于取得日的12月后才能用于抵减增值税销项税额。
小规模纳税人：（简易征收也可参考）
（二）小规模纳税人会计科目
小规模纳税人应在“应交税费”科目下设置“应交增值税”明细科目，不需要再设置上述专栏。
小规模纳税人提供应税服小规模纳税人提供应税服务，按确认的收入和按规定收取的增值税额，借记“应收账款”、“应收票据”、“银行存款”等科目，按规定收取的增值税额，贷记“应交税费——应交增值税”科目，按确认的收入，贷记“主营业务收入”、“其他业务收入”等科目。
小规模纳税人税款缴纳小规模纳税人月份终了上交增值税时，借记“应交税费——应交增值税”科目，贷记“银行存款”科目。收到退回多交的增值税税款时，作相反的会计分录。
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