分公司独立核算和非独立核算时报税有什么区别吗？

根据《国家税务总局关于完善税务登记管理若干问题的通知》（国税发〔2006〕37号）第一条规定：“……税务登记实行属地管理，纳税人应当到生产、经营所在地或者纳税义务发生地的主管税务机关申报办理税务登记。非独立核算的分支机构也应当按照规定分别向生产经营所在地税务机关办理税务登记。” 之后根据税费种认定情况在生产经营所在地税务机关进行申报缴纳税费款。

也就是说，分公司会计核算上是否独立核算，在税收管理层面上完全一致，没有任何区别。比如无论是“独立核算”还是“非独立核算”，增值税、消费税这两个税种，一般应该由分支机构独立申报缴纳；对于企业所得税，分支机构只需要预缴，无需进行独立的企业所得税汇算清缴。