据有关历史资料记载，普洱茶的管理机构是在清朝普洱茶产销极盛时期才开始设立的。清雍正七年（1729），清政府在普洱府设立“茶局”，在思茅设立“总茶店”，实行官营管理。“设立总茶店买卖交易，客商买茶纳茶税，令通判管理。”专办“茶引”（执照）、茶税及督办贡茶厂。在景洪市攸乐山设置“攸乐同知”，防守茶山，征收茶税。
清雍正十三年（1735）农历十月，清政府在思茅设思茅厅，同时在佛海（今勐海）、勐遮、易武、倚邦等茶山设“钱粮茶务军功司”，专管粮食、茶叶交易。乾隆元年（1736）撤销攸乐同知，将攸乐同知移至思茅，改为思茅同知，并在思茅设立官茶局，在“六大茶山”分设“官茶子局”，负责管理茶叶税收和茶叶收购。在普洱府道设茶厂、茶局，统一管理茶叶的加工制作和贸易，改历代民间贩卖交易为官府管理贸易。
光绪二十三年（1897），清政府在思茅设立海关，统辖普洱茶出口。
进入20世纪（1913～1928），民国政府在思茅设置“思普沿边行政总局”，对茶叶生产、销售采取“民营、官茶合办”的经营方式。1929～1938年，茶叶生产是“官办民营”。
民国二十七年（1938）民国政府经济部所属中国茶业公司与云南全省经济委员会合资，于12月16日在昆明成立云南中国茶叶贸易股份有限公司，统管全省茶叶生产、开发和贸易工作。1939年1月，在顺宁（今凤庆）建立顺宁实验茶厂，并在宜良与省合作事业委员会、富滇新银行组成茶叶合作社。民国二十九年（1940），富富银行和省茶司各出资6万元，省经委承担13万元，成立佛海茶叶服务社，9月正式成立佛海实验茶厂。
民国三十年（1941），省茶司与蒙藏委员会在下关建立康藏茶厂。民国三十三年（1944），省茶司改名为云南中国茶叶贸易公司。民国三十五年（1946），省茶司并入云南人民企业公司。1950年9月改名中国茶业公司云南省公司。1952年12月改名中国茶业公司西南区公司云南省公司。1955年改名中国茶业公司云南省公司。1958年5月改名云南茶叶采购批发站。1959年7月改名云南省经济作物贸易局。1962年4月改名云南对外贸易局茶叶土产处。1964年5月改名中国茶叶土产进出口公司云南省分公司。1966年6月改名中国茶叶土产进出口公司云南茶叶分公司。1971年5月改名中国粮油食品茶叶进出口公司云南分公司。1972年6月改名中国土产畜产进出口总公司云南省茶叶分公司。1991年11月改名中国土产畜产云南茶叶进出口公司至今。云南茶叶进出口公司自成立之日起，一直主管云南茶叶和普洱茶的购、销、调、存和出口业务。
1950年起，普洱茶的生产技术指导工作一直是云南省农业厅主管。茶叶购、销、调、存和出口业务，一直由省外贸局（后改名省外经贸厅，2004年改名省商务厅）负责，具体业务由省茶叶进出口公司承担。
1993年，省人民政府确定，茶叶生产由省农业厅负责，茶叶行业管理由省经贸委负责，全省精制茶厂技术改造由省轻工厅负责。2006年，省人民政府将茶叶行业的行政管理工作交由云南省农业厅承担。
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