主要有三个方面：一是来源于古代的解剖知识。如《灵枢·经水》中说：“夫八尺之士，皮肉在此，外可度量切循而得之，其死，可解剖而视之。其脏之坚脆，腑之大小，谷之多少，脉之长短，血之清浊……皆有大数。”二是长期对人体生理、病理现象的观察。例如因皮肤受凉而感冒，会出现鼻塞、流涕、咳嗽等症状，因而认识到皮毛、鼻窍和肺之间存在着密切联系。三是长期医疗经验的总结。如从一些补肾药能加速骨折愈合的认识中产生了“肾主骨”之说。
藏象学说是一种独特的生理病理学理论体系。其中脏腑不单纯是一个解剖学的概念，更重要的则是概括了人体某一系统的生理和病理学概念。心、肺、脾、肝、肾等脏腑名称，虽与现代人体解剖学的脏器名称相同，但在生理或病理的含义中，却不完全相同。一般来讲，中医藏象学说中一个脏腑的生理功能，可能包含着现代解剖生理学中的几个脏器的生理功能；而现代解剖生理学中的一个脏器的生理功能，亦可能分散在藏象学说的某几个脏腑的生理功能之中。
藏象学说以脏腑为基础，脏腑是内脏的总称。按脏腑生理功能特点，可分为脏、腑、奇恒之脏三类：肝心脾肺肾称为五脏；胆、胃、小肠、大肠、膀胱、三焦称为六腑；奇恒六腑即脑、髓、骨、脉、胆、女子胞。
五脏
1．心：心为神之居、血之主、脉之宗。在五行属火；生理功能①主血脉；②主神志；心开窍于舌，在体合脉，其华在面，在志为喜，在液为汗。心与小肠为表里。
2．肺：肺为魄之处、气之主，在五行属金；生理功能：①主气，司呼吸；②主宣发肃降；③通调水道；④朝百脉主治节；辅心调节气血运行；肺上通喉咙，在体合皮、其华在毛，开窍于鼻，在志为忧，在液为涕，肺与大肠相表里。
3．脾：牌为气血生化之源、后天之本，藏意，在五行属土。生理功能：①主运化；②主升清；③主统血；开窍于口，在体合肉，主四肢其华在唇，在志为思，在液为涎；与胃相表里。
4．肝：肝为魂之处，血之藏，筋之宗。在五行属木，主升主动。生理功能：①生疏泄；②主藏血；开窍于目，在体合筋，其华在爪，在志为怒，在液为泪，肝与胆相表里。
5．肾为先天之本，藏志，腰为肾之腑，在五行属水；生理功能：①藏精、主生长发育与生殖；②主水；③主纳气；在体为骨，主骨生髓，其华在发、开窍于耳及二阴，在志为恐，在液为唾，肾与膀胱相表里。
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