1.从《本草纲目》“火部药”说起
《本草纲目》第六卷为“火部”，收载了燧火、桑柴火、炭火、芦火、竹火、艾火、神针火、火针、灯火、灯花、烛烬11种在李时珍看来可以称之为“药物”的物类。综观这11种“火部药”，大致可以分为三类：①熬煮药物之火，如桑柴火、炭火、芦火、竹火；②灸焫之火，如艾火、神针火、火针；③日常民生之火，如燧火、灯火、灯花、烛烬。严格意义上，可以称之为药物者只有灯火、灯花、烛烬3种[3]。
将“火”作为药物分类的独立部类，是李时珍的一个发明和创造，是《本草纲目》之前的本草书籍所未有的。正如李时珍所说：“水火所以养民，而民赖以生者也。本草医方，皆知辨水而不知辨火，诚缺文哉。”鉴于“古先圣王之于火政，天人之间，用心亦切矣，而后世慢之”的状况，于是“撰火之切于日用艾焫者，凡一十一种，为火部”。不仅如此，11种“火部药”中，只有灯花取自《本草拾遗》，其他10种都是第一次收入本草书籍。
仔细阅读《本草纲目·火部》还会发现，其结构与全书“诸品首以释名，正名也；次以集解，解其出产、形状、采取也；次以辨疑正误，辨其可疑，正其谬误也；次以修治，谨炮炙也；次以气味，明性也；次以主治，录功也；次以发明，疏义也；次以附方，著用也”的体例有着显著的不同。首先，为了进一步解释何以将“火”单独列为一类，李时珍特意撰写了《阳火阴火》一节，这是《本草纲目》其他各部体例所没有的；其次，11种“火部药”全然没有气味记载，有的所谓的药（如燧火）甚至没有主治内容；最后，《火部》论述最多的是“集解”和“发明”，李时珍广泛收集了经史子集百家的有关资料，这些内容与其牵强地说是本草之学，倒不如说它是儒家格物考证之学更为确切、更为合理、更为妥当。
《本草纲目·火部》上述这些与全书相比显得十分突兀和另类的地方，不得不引发我们思考这样一个问题：李时珍将“火”独立列为一类的真实用意到底是什么呢？
2.《本草纲目》药物分类法是五行与自然属性分类的混合体
一般认为，历代本草书籍关于药物的分类体系有三种：①将药物分为上、中、下的三品分类法；②按药物的自然来源如草、木、虫、兽、鱼等的自然属性分类法；③混合使用上述两种方法的二重分类法。而对于《本草纲目》的药物分类法，学术界大都认为是“从无生命到有生命、从简单到复杂、从低等到高等的分类方法，大体与自然界发展的客观实际相符合……与现代植物学相符合。把动物分成虫、鳞、介、禽、兽五部，最后和人部衔接起来，这基本上是按照动物由低等到高等的进化顺序加以排列的，大体上符合现代关于动物由单细胞至多细胞，由无脊椎动物至脊椎动物的进化观点”[4]；“在‘从贱至贵’‘从微至巨’的总体原则下，以‘振纲分目’‘析类区族’的方法对本草进行了新的分类，明确地将药物分成无机物、植物、动物三大层次，并将人和动物区分。这一新的分类法，揭示了自然界从无机物到有机物、从无生命到有生命的自然进化过程。其所体现的生物进化思想比进化论的创立者达尔文要早近300年”[5]。其实，这些说法不仅未能穷尽李时珍之本意，甚至在很大程度上曲解了其本义。
李时珍在《本草纲目·凡例》中说：“旧本玉、石、水、土混同，诸虫、鳞、介不别，或虫入木部，或木入草部。今各列为部，首以水、火，次之以土，水、火为万物之先，土为万物之母也。次之以金、石，从土也。次之以草、谷、菜、果、木，从微至巨也。次之以服、器，从草、木也。次之以虫、鳞、介、禽、兽，终之以人，从贱至贵也。”这就是诸多学者力倡在李时珍的分类方法中有着“从微至巨”、“从贱至贵”的所谓生物进化论思想的主要依据之所在，但通观全书，我们就会发现李时珍是按照水、火、土、金、木这样一条高于其他11部的五行分类法为主线来分部的。
如位列16部之首的“水部”，“旧本水类共三十二种，散见玉石部”，李时珍认为“水为万化之源，土为万物之母”，“然则水之性味，尤慎疾卫生者之所当潜心也”，故特将“水之关于药食者，凡四十二种”集为1部，殿于篇首。将“水部”单独列为一类与紧接下来的“火部”一样，都是李时珍首开其端的。“土部”亦然，“旧本三十九种，散见玉石部”，但濒湖先生认为“土者五行之主”，“其为德，至柔而刚，至静有常，兼五行生万物而不与其能”，为了构建他的以五行为框架的本草分类体系，遂“集土属六十一种为土部”。虽然《本草经集注》、《新修本草》、《证类本草》都设有“玉石部”，旧本“共二百五十三种”，为使人清晰地认识到他的本草分类方法是以五行为架构的一种崭新体系，遂“并入二十八种，移三十二种入水部、三十九种入土部、三种入土器部、一种入介部、一种入人部”，“集其可以济国却病者一百六十一种为金石部”。将“木”作为药物分类的独立类别，始自《新修本草》，是按药物的自然属性而设立的一个部类。《本草纲目》的“木部”，表面看去，似乎也是如此。实则不然，李时珍在“木部”的前言中开宗明义就指出：“木乃植物，五行之一。”一语道破了其实质。并且进一步说：“乔木苞灌，根叶华实，坚脆美恶，各具太极。”于是将“旧本木部三品，共二百六十三种”，“并入二十五种，移一十四种入草部、二十九种入蔓草、三十一种入果部、三种入菜部、一十六种入器用部、二种入虫部，自草部移入二种，外类、有名未用移入十一种”，“是为木部，凡一百八十种”。
综上所述，《本草纲目》设立水部、火部、土部、金部、木部，显然是在五行学说的影响和启示下，将之运用于本草分类之中，并成为其主要框架体系的。水、火、土、金、木的排列顺序，既不是五行相生的顺序，也不是五行相克的序次，这又是李时珍的另一高明之处。不仅如此，李时珍也深知仅仅利用五行，是不能将众多的药物品种分成一个“物以类从，目随纲举”的分类体系的，于是他又将“木”这一包含了本草学全部植物药的部类，进一步细分为草、谷、菜、果、木四部，并将“虽属尾琐，而仓猝值用，亦奏奇功”的“服帛器物”，“集其可备医用者，凡七十九种，为服器部”，“从草、木也”。早在《荀子·王制》中就有云：“水火有气而无生，草木有生而无知，禽兽有知而无义，人有气有生有知且有义，故最为天下贵。”也就是说，草、谷、菜、果、木、金、石等植物药和动物药可以归属于五行之中，但禽兽和人与之有着不同的特性，理应另立门类，遂单独设立虫、鳞、介、禽、兽、人部。
在每一部类之下，再按照其自然属性进一步分类，如水部分为天水、地水2类；金石部别为金、玉、石、卤石4类；草部厘为山草、芳草、隰草、毒草、蔓草、水草、石草、苔类、杂草、有名未用10类；谷部划为麻麦稻、稷粟、菽豆、造酿4类；菜部甄为荤辛、柔滑、蓏菜、水菜、芝栭5类；果部类为五果、山果、夷果、味、蓏、水果6类；木部分为香木、乔木、灌木、寓木、苞木、杂木6类；服器部析为服帛、器物2类；虫部别为卵生、化生、湿生3类；鳞部厘为龙、蛇、鱼、无鳞鱼4类；介部划为龟鳖、蚌蛤2类；禽部订为水禽、原禽、林禽、山禽4类；兽部析为畜、兽、鼠、寓、怪5类。
总之，《本草纲目》药物分类法的实质是五行与自然属性分类的混合体，通过上面的论述应该得以澄清了。实际上，在《本草纲目》一书中，举凡四气五味、升降浮沉、归经、药物功效等的解说，处处都是运用阴阳五行来说理立论的。限于篇幅，兹不赘述。
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