当然，不是所有的合作都是一帆风顺的，在合作的过程中，由于受各种不确定性因素的影响以及合作双方对项目的追求点不同，最终导致合作双方反目成仇的例子也不是很少，总的来说，合作失败主要体现在双方在合作之前签订的合同存有很多的漏洞。房地产合作开发合同内容繁杂，标的巨大，履行期限长，容易引发纠纷。因此，签订房地产合作开发合同一定要谨慎、规范。实践中，在合作开发中常见的一些问题值得注意。
1、合同不要约定保底条款
联营合同的各方应当共同投资、共同经营、共担风险、共享利润。但有很多合作开发合同却约定：不论项目是否赢利，联营的其中一方均要收回投资或收取固定的利润。根据最高人民法院《关于审理联营合同纠纷案件若干问题的解答》的规定，此类条款属于联营合同中的“保底条款”，这种条款违背了联营活动中应当遵守的共负盈亏、共担风险的原则，损害了其他联营或联营体债权人的合法权益，应认定为无效。
2、加强和完善对“共管账户”的管理措施
在非法人型合作开发合同履行中，为办理合作开发项目的转账结算、投资资金使用资金收付活动，合作各方常常约定设立“共管账户”，以共同监督项目资金的使用。在实践中，因“共管账户”的管理不规范而产生纠纷的例子很多。有的合作方疏于对“共管账户”的监督管理，“共管账户”完全由另一方控制。为了保护合作各方的利益，需要合作各方在合作开发合同中明确约定对“共管账户”的使用管理办法。尤其是预留印鉴中的财务章和人名章不应由一方掌管，而应由各方分别管理，这样有利于合作各方相互制约和监督。
3、不能借合作开发之名，行借贷之实
例如，房地产合作开发合同中的投资方与土地方约定：投资方仅提供资金，不承担其他义务，由对方在项目完工后返还出资方的本金及利息。根据国家有关法律和中国人民银行发布的《贷款通则》的规定，企业之间相互借贷资金收取利息，是被禁止的。因此，以合作开发为名，而行借贷之实，也是无效合同。根据最高人民法院《关于审理联营合同纠纷案件若干问题的解答》的规定，出借方只可收回本金，对已取得或约定取得的利息应予收缴，对借款方则应处以相当于银行的利息的罚款。对此，房地产合作开发各方在签订合同时，须加以注意。
4、设定明确具体的违约责任条款以及解除合作开发合同的条件
实践中，有的合作开发项目因投资方的资金不到位而停工甚至成为“烂尾楼”，而土地方已经提供土地，土地方再想另寻他人合作开发面临着许多实际障碍。由于违约责任条款以及解除合作开发合同的条件约定得不明确，使土地方在追究出资方的违约责任及解除合作开发合同时面临诸多困难。
5、及时办理项目建设开发的各项手续，确保项目的合法性
一个合作开发项目的完成，涉及到立项、规划、拆迁、开工、销售、验收等多个环节，每一个环节都要经过政府主管部门的批准或许可，并取得相应的批文或许可证书。上述任何一个环节出现问题，都可能导致合作开发不能顺利进行。实践中，有的合作开发是在手续不齐全的情况下盲目开工建设的，由于无法顺利获得政府主管部门的批复许可，属于违规建设开发，造成有的合作开发合同被法院依法认定为无效，有些合作方为此付出了惨痛的代价。因此，一方面，合作开发的各方必须高度重视项目开发建设的各种手续的报批工作，确保合作项目的合法性，另一方面，合作协议中还要明确约定项目开发建设的各种手续报批工作由哪个合作方具体负责办理，以便在发生纠纷时能够分清责任。
6、注意对合作方的资信调查
由于房地产开发项目投资大、周期长，稍有不慎就可能导致开发建设不能正常进行，造成巨额经济损失。合作各方均应对合作他方的资格、资信有充分的了解，应调查他方在主体上是否具备法律规定的条件或履约能力，特别是应重视对于以投资方身份参加合作开发的联营一方的资信调查，调查必须全面、认真、细致，既要了解对方的注册资金和融资能力，还要了解对方的经营管理水平及诚信情况。
一个房地产合作开发项目自立项开始，直至开发完成，期间必须面临许多复杂的情况和法律问题。为减少纠纷，降低风险，顺利地实现合同目的，就必须首先弄清楚合作开发的法律性质、方式和应注意的法律问题，做到依法履约，规范运作。
7、不同的项目应寻找不同的开发商进行合作
各个开发商由于其在能力、技术、专业等方面的不同从而使其具有不同的特长。对地铁项目而言，由于其包含多种物业，因此在寻找合作伙伴
1、要明确合作各方的开发资质或取得资质的相应责任；
2、约定先合伙或合作、后成立项目公司的方式，其承担民事责任方式先后不同；要明确先后的权利义务关系及办理相应手续的责任主体；
3、组成项目公司合作开发的，要明确注册资本投入方式以及注册资本与投资总额的差异的处理对策及相应的责任；
4、以土地使用权入股组成项目公司的，土地使用权须作评估；
5、以筹建处或其它名义合作开发的，须使之成为能独立承担权利义务的其它经济组织，并明确合作筹建各方的权利义务；
6、合作开发一方以土地使用权作为合作投资的，应办理土地使用人和使用性质的变更登记手续，并明确有关费用的承担方式和责任人；
7、一个地块上合作开发涉及几个性质不同的项目，应分别立项、分别进行审批并办理不同的证照；
8、合作开发各方的投资回报的方式，应按是否以开发项目的房屋为标的分别规定权利义务，投资回报系约定分房的，应明确房屋分配的具体办法；投资回报系分配利润的，应约定利润的计取方式；
9、合作开发合同应约定建筑面积增加时的政府批准手续和增加面积的成本，增加分担及面积分配方式；
10、合作开发合同由于需办理相关手续，往往效力待定，合作合同应具体约定一旦合同被确认无效或不生效时的具体处理方法。
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