唐高祖武德年间，妙应真人孙思邈来到终南山隐居修行，并精研药理。此时孙真人已年逾八旬，仍精力不衰，对医道的钻研毫不松懈。
终南山自古就有许多高人逸士避居其中，南山律宗的开创者道宣禅师恰好也在山中修行。孙思邈虽为道家，但却精通三教经典，且无门派之见。这一僧一道很快就结为好友，常常聚在一起谈论修行心得。道宣禅师对孙真人佩服不已，每次讨论，都能有所感悟。
话说这一年，长安一带久旱无雨，再这么下去，百姓肯定颗粒无收。唐高祖下诏寻求天下能人异士做法求雨，一西域胡僧向朝廷献策：“只需在昆明池起坛做法，贫僧引池水缓解旱情。天子若信我，不出五日必降甘霖！”
李渊闻知大喜，命人在昆明池旁搭建法台，一应人等皆听胡僧调遣。
法台搭好后，胡僧遣散众人，并交待不得随意在池附近观望行走。随后便坐在台上念起咒语。胡僧连念三天，那池水果然缩减了大半，天空也有了几朵乌云。
再说终南山中，道宣禅师正在打坐入定，忽见一白发苍苍的老者走来，跪倒在地说：“法师慈悲，救我一救！”说罢便不住磕头。
道宣禅师说：“你是何人？因何至此？”老者流泪道：“小人乃昆明池龙君，近日有西域妖僧一名，想取龙脑炼药。他施邪法阻拦降雨，造成大旱。又蛊惑人间天子，在池边施法抽走池水，如今池水已快枯竭，小龙性命难保！大师佛法无边，望发慈悲之心，救我一命！”
道宣禅师说：“贫僧只会参禅持戒，恐怕无法助你。但后山石室里的孙真人，倒与你有缘，你速去求他，或可得救！”老者闻言，只得到孙思邈的石室外哀求。
孙思邈听完龙君诉说后，对他说：“我听说你那龙宫里藏着治病仙方三十副。你若把方子告诉我，我便救你，否则还是到别处去吧！”
老龙听完，思索了半日，一咬牙道：“那仙方本是不容传到人间的，如今事情急迫，我也顾不得许多了。但求孙先生得了方子后，替我遮掩，莫被世人发觉。”孙思邈点头答应。
老龙把三十副方子一五一十的告知孙思邈。孙思邈记完后笑道：“龙君的方子可治世间疑难杂症，贫道代苍生谢你！你可放心回去，那胡僧我自会收拾！”
龙君拜别孙思邈，忐忑不安地往回走。刚到池水附近，只见原本干涸的池水猛然暴涨。天空中乌云密布，电闪雷鸣，那胡僧在法台上惊慌不已。忽然一个炸雷劈下，胡僧跌落法台，原来是一只老狐，此刻已气绝身亡。
胡僧一死，登时便是倾盆大雨……
孙思邈得了仙方，再次出山，又治好了无数病人，百姓们纷纷尊称其为“药王”。后来，他编撰成《千金要方》三十卷，将龙宫仙方散入各卷中，既替老龙遮掩，又借此流布后世。
唐高宗永淳年间，孙思邈去世，终年一百四十岁。而他留下的著作则成为了历代医家的必读的典籍。
孙思邈去世了，但许多地方的人却说又见到了他，依旧是一身粗布麻衣，鹤发童颜。常常出没在有病痛的地方替人治病开方，只是不与人多说话。等病治好，又立马消失得无影无踪。于是人们都传说：孙真人已经得道成仙，只是不愿见世人疾苦，故此常常现身人间，替人驱除病痛。
安史之乱爆发后，唐玄宗逃入蜀地。一夜忽然梦见一道人说：“贫道需武都雄黄三十斤，望天子垂赐！”随后交待了把药送到一座山顶的大石头上，自有人来取。
玄宗疑惑，派人准备了雄黄，又命许多老者随官员前去送药。药放到大石上后，从雾气中走出两个童子，搀扶着一个粗布麻衣，须发如雪的老人。那跟随的年长之人仔细辨认，正是“药王”孙思邈。众人纷纷下拜，孙真人只是微笑着拱了拱手，在童子的搀扶下取了药，便转身走入云雾中，不知所踪了……
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