1368年正月，朱元璋称帝。当年三月，徐达率领的北伐军占领汴梁，就是今天的开封。八月，朱元璋下令以应天为南京，开封为北京，他从此往来两地“巡狩”。然而，随着北伐军很快攻下元朝的首都大都，版图的扩大，使得朱元璋不得不再次思考都城地点的问题。《明太祖实录》记载，朱元璋权衡再三，将都城选在了自己的家乡。这一决定虽然获得了与同样来自临濠的功臣们的同意，但却遭到了刘基等大臣的反对。朱元璋没有听取刘基等人的意见，而是加紧了营建中都的工程。工程不间断进行6年，最终朱元璋发现，以临濠为都，的确是一件劳民伤财、费力不讨好的事情。于是1375年四月，放弃了以之为都城的打算。
1375年九月，朱元璋下诏改建南京大内宫殿，集中力量修建南京。1378年，改称南京为“京师”，正式确立了南京的都城地位。
朱元璋以南京为都城，是通过经济、文化、感情等几方面因素的考虑后最终做出决定的。从经济方面来说，宋元时期我国的经济重心已经逐渐南移，天下赋税大半来自东南地区，南京更是交汇之地。如果以南京为都城，王朝可免物质匮乏之忧。从文化方面来说，金陵乃至整个江浙地区文化氛围浓厚，文化基础比较雄厚。此外，感情因素也很重要。朱元璋起兵之后，谋士们给他制定的图天下之策中，就是以南京为根据地，而他也正是这样进行的。因此，当他攻占集庆路，并将它改名为应天府后，南京便一直是他政权的统治中心。
到1368年，朱元璋称帝时，他已经在南京呆了12年了。有人说，南京是朱元璋打天下的中心根据地和大本营，不仅如此，南京还是他艰辛创业的见证。基于以上一些原因，朱元璋最终将都城选择在了南京，这使得南京在历史上第一次成为大一统王朝的都城。
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