上述例子可能显得不甚自然，但现实中，无论是人类社会或大自然都可以找到类似囚徒困境的例子，将结果划成同样的支付矩阵。社会科学中的经济学、政治学和社会学，以及自然科学的动物行动学、进化生物学等学科，都可以用囚徒困境分析，模拟生物面对无止境的囚徒困境博弈。囚徒困境可以广为使用，说明这种博弈的重要性。以下为各界例子：
房地产的囚徒困境 著名作家三盅在他的《杂文也疯狂》中有这样一个单篇——《泡沫中的“囚徒困境” 》。记述了2008年房地产领域的囚徒困境。
我们学习宏观经济学的时候必定会学习博弈论，学习博弈论就必定涉及“囚徒困境”模型，而我一直认为，在所有市场博弈模型中，“囚徒困境”是最为接近心理学的一个，也是最能揭示善恶的一个，更是最能体现集体智慧的一个，选择背叛还是合作，始终是它不变的主题。
我们把眼光聚焦到当前的房地产市场中来吧，一个不小的“囚徒困境”已经展现在我们眼前，首先放弃帕累托最优解决方案的是万科，可想而知，在当前的市场环境下，它预期到的博弈的纳什均衡，显然是未来困境下的房地产商之间的普遍相互背叛，也就是说，万科在这场“囚徒困境”中，之所以选择首先动手，出卖所有除它之外的房地产商，是因为它预计在这种困境中，如果不尽早出卖所有同伴，自己将面临被出卖的结局，毕竟，这是一个非零和博弈游戏，出卖行为是可以换取非常大的利益的。
在这里，我为何要刻薄地使用“出卖”二字？我们回顾一下房地产商们过去N年中所缔造出来的“攻守同盟”便可理解，我曾经因为“房地产行业是否存在暴利”及“房地产开发成本是否应该公开”的问题在第一财经频道与反方争得面红耳赤，我从来就认定房地产开发企业存在着的暴利现象（至于在当前市场环境中它是否有存在的合理性，可以阅读笔者的《解读08房地产市场》中的相关描述），而当时几乎所有的开发商都是众口一辞地否认暴利的存在，更有甚者，潘先生羞答答地把成本比喻为自家老婆的奶子，充分论证了成本不可示人是理所当然的，当然，其中也有万科的声音……如今的万科，则践踏了自己曾经参与的“同盟”，跳出来用实际行动来证明了暴利的存在，它不仅想证明自己存在暴利，也试图揭发所有同伴的暴利，所以，我说他的行为是“出卖”。
通过出卖同伴，万科真的能够获得个体的最大利益吗？理论上说它能够获得，但在实践中，也许它最终是打错了算盘，因为在所有的实践中，“囚徒困境”式的博弈必须是在一个信息极不对称的封闭环境中产生结果，所有囚徒式的自身恐惧与“理性决策”都是被相互隔绝的，而且这种博弈是不可被重复的（Douglas.Hofstadter创建），而当前的市场环境已经被不止一次重演过了（海南、05全国、08深圳），这种重复博弈最终将令所有参与者脱离困境，“囚徒困境”至此被彻底打破。
另外，最关键的一条是，在这场博弈中，政府也参与其中了，他直接参与的环节在于源头，即土地的供应（租借），这将加速打破“囚徒困境”，因为与所有参与博弈者有着本质不同的是，政府是整个游戏的设计者，是囚禁规则的设计者，也是盖牢房、拆牢房的人，你很难想象一个有着政府参与其中的“囚徒困境”可以被称之为真正意义上的“困境”，再回头看万科，在所有被他出卖的所谓同伴中，正有政府的身影……我这么说也许是不严谨的，毕竟这不是一个理想状态下的“囚徒困境”，囚徒之间并没有相互隔绝，信息最起码在业内并非极度不对称，万科是否背负着某种使命，至今还不得而知。
最后，需求方同样面临“囚徒困境”，从邹涛的“不买房运动”到“万人大团购”中便可管窥一二。
我认为，房地产商乃至房地产市场若想最终走出“囚徒困境”，只有两种可能，一是前文提到的那位最为尊贵的囚徒如何作为，囚禁自己还是大赦天下，二是所有囚徒在重复博弈的过程中明智地选择停止博弈、创建合作，在过去的几年里，他们曾经做到过，如今，也许又到了这样做的时候了，他们需要的仅仅是集体智慧，而那些已经被出卖者窃走的蛋糕，恐怕也只能暂时性地延续出卖者的生命，却最终导致其今后连做囚徒的资格也不会有了……只为两个字，“信任”！
而在此之后，也许“囚徒困境”将演变成另一种新的模型，我姑且称之为“重复博弈结果下的囚徒报复”……
在政治学中，两国之间的军备竞赛可以用囚徒困境来描述。两国都可以声称有两种选择：增加军备（背叛）、或是达成削减武器协议（合作）。两国都无法肯定对方会遵守协议，因此两国最终会倾向增加军备。似乎自相矛盾的是，虽然增加军备会是两国的“理性”行为，但结果却显得“非理性”（例如会对经济造成损坏等）。这可视作遏制理论的推论，就是以强大的军事力量来遏制对方的进攻，以达到和平。
两个国家，在关税上可以有以两个选择:
提高关税，以保护自己的商品。（背叛）
与对方达成关税协定，降低关税以利各自商品流通。（合作）
当一国因某些因素不遵守关税协定，独自提高关税（背叛），另一国也会作出同样反应（亦背叛），这就引发了关税战，两国的商品失去了对方的市场，对本身经济也造成损害（共同背叛的结果）。然后二国又重新达成关税协定。（重复博弈的结果是将发现共同合作利益最大）。
商业活动中亦会出现各种囚徒困境例子。以广告竞争为例。
两个公司互相竞争，二公司的广告互相影响，即一公司的广告较被顾客接受则会夺取对方的部分收入。但若二者同时期发出质量类似的广告，收入增加很少但成本增加。但若不提高广告质量，生意又会被对方夺走。
此二公司可以有二选择：
互相达成协议，减少广告的开支。（合作）
增加广告开支，设法提升广告的质量，压倒对方。（背叛）
若二公司不信任对方，无法合作，背叛成为支配性策略时，二公司将陷入广告战，而广告成本的增加损害了二公司的收益，这就是陷入囚徒困境。在现实中，要二互相竞争的公司达成合作协议是较为困难的，多数都会陷入囚徒困境中。
自行车赛事的比赛策略也是一种博弈，而其结果可用囚徒困境的研究成果解释。例如每年都举办的环法自由车赛中有以下情况：选手们在到终点前的路程常以大队伍（英文:Peloton）方式前进，他们采取这策略是为了令自己不至于太落后，又出力适中。而最前方的选手在迎风时是最费力的，所以选择在前方是最差的策略。通常会发生这样的情况，大家起先都不愿意向前（共同背叛），这使得全体速度很慢，而后通常会有二或多位选手骑到前面，然后一段时间内互相交换最前方位置，以分担风的阻力（共同合作），使得全体的速度有所提升，而这时如果前方的其中一人试图一直保持前方位置（背叛），其他选手以及大队伍就会赶上（共同背叛）。而通常的情况是，在最前面次数最多的选手（合作）通常会到最后被落后的选手赶上（背叛），因为后面的选手骑在前面选手的冲流之中，比较不费力。
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