老板亲自传授的文献阅读方法

文章来源于：sci666  

前言

论一个气场合适的导师的重要性。

想起一个微信朋友前截图

A：导师牛不牛，师兄师姐牛不牛，跟你牛不牛没有关系

B：你错啦，导师牛不牛，师兄师姐牛不牛，很大程度上决定我牛不牛。

演示招式

其实有时候，导师经常把他认为最重要的point挂在嘴边，我们可能没有认真体会过。之所以不停的提醒，那是因为他的火眼金睛看出来，我们还没领悟到。

我第一次见到导师时，他给了我一个写mini proposal的机会，让我感动的是，他不仅不断的为我考虑mini proposal的选题，还不断的透露他的想法，帮助我找到proposal的方向。当他问我有没有准备proposal（当时可能听差了，以为老师想问我是否现在有准备好proposal给他看）我说没有，然后他以为我从未写过proposal，所以他直接站起来走到白板前，一边给我解释proposal框架应该包含什么内容，每个内容的要点，并一边写下了这几个单词。

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通过导师不嫌弃我的“无知”，还有他对学生的包容及教导，我从心里认定，这就是我要找的导师。

训练上手

可是写proposal和看文献有什么关系啊？？我想，写故事和看故事的思路是一样的，写的人要写的清楚，那么看的人也要尽量把作者的意图给看出来。首先把框架列出来，然后文献搬出来，按照框架去看文献，不仅可以对整个故事有大概的把握，而且可以治过目即忘的看文献不良反应。

（1）background（2）gaps（3）hypothesis（4）aims（5）approaches（6）major results（7）remaing questions

举个例子

这里我就找一篇故事相对简单的文章来解释一下。时间问题，我就不把英文转成中文了，将就着看吧。

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Nat Med.2018 Jul;24(7):939-946.  https://doi.org/10.1038/s41591-018-0050-6

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首先将文章标题+作者+杂志等基本信息列上。只看标题就已经知道这篇文章要讲什么了：p53抑制CRISPR-Cas9在人多能干细胞中的编辑作用。
但不管怎么样，按照我们的结构走：

(1) Background and gaps:
CRISPR/Cas9 are powerful tools for us to engineer genomes of human cells. However, it is relatively difficult to engineer human pluripotent cells (hPSCs). The mechanism is still unclear.
CRISPR/Cas9的出现极大的增强了人类在基因编辑上的能力，但相对于鼠和人肿瘤细胞系，CRISPR/Cas9在人多能干细胞（human pluripotent cells, hPSCs）上的编辑仍然较为艰难，具体原因不详。

(2) Hypothesis and aims
The double-strand breaks (DSBs) caused by Cas9 will arouse toxicity and kill hPSCs.
Aim: to investigate the reasons of the high toxicity of CRISPR-Cas9 editing in hPSCs.

假设是由于Cas9引起的DNA切口造成了细胞毒性，目的旨在研究CRISPR-Cas9在人多能干细胞中高毒性的原因。

(3) Major approaches
Third-generation doxycycline (dox) inducible CRISPR-Cas9 system (henceforth iCas9);
Dox-inducible enhanced Cas9 (ieCas9)
构建了Dox（多西环素）依赖的CRISPR-Cas9诱导性敲除细胞（往下叫iCas9），同时构建了增强版的iCas9，叫ieCas9.

以上内容是我在摘要以及文中节选的我认为重要的内容。下面还是简单的介绍一下相关的术语（这也是在没有背景知识的情况下，阅读文章应该做到的事情）

CRISPR-Cas9：耳熟能详，就一编辑基因的工具
sgRNA：single guide RNA，帮助CRISPR-Cas9识别靶点的小帮手
DSBs：DNA双链断裂
p53：大名鼎鼎的tumor suppress protein，在细胞中维持基因稳定性，当识别到有基因错出错时，会因为细胞走向凋亡程序，排除异己，从而维持基因的稳定性。
HDR：同源修复，就是DNA被打断啦，最后又接上了的故事。

前言其实有介绍，简而言之就是CRISPR-Cas9在人多能干细胞上的编辑相对困难，之前一直没发现是因为基因编辑效率低，毒性作用就自然不明显了，为了将毒性效应放到台面上来，作者呢构建了上面我们说的iCas9和ieCas9系统，先将CRISPR-Cas9的编辑效率拉到百分之90以上（我没有把这部分结果放上来）。

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再插播一下我硕士导师教给我的看文献还有想课题的方法

先设头和尾，再去补中间。不管是什么课题，都是基于临床上、现实中的问题和现象来设定。所以首先要看到现象，其次通过现象，把头找出来。

可以简单思考一下，既然假设DSB是造成Cas9毒性的原因之一，那么是一定要对比有无DSB情况下细胞的活力情况的。

（1）作者用CRISPR-Cas9敲除了一个对细胞存活无关痛痒的基因MAPT，排除了基因敲除的影响。查看有无DSB情况下的细胞存活情况，从图d-e中可以看到，在Dox的引导下，Cas9造成了DSB切口，敲除了MAPT，细胞的生存直线下降。由此结果可得—DSB与Cas9毒性相关。

（2）DSB与Cas9毒性相关的现象已经产生，怎么去找头呢？作者就将上述分组的细胞拿去做了个转录组，发现，咦，P21还有FAS的mRNA水平很高嘛（插播P21是p53活性作用的位置之一）。难道是P21 mRNA搞的鬼呢？哗啦啦做了一批除了MAPT之外的基因敲除，发现不管是敲什么基因，细胞的P21 mRNA水平都是上调的耶~

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既然是p53惹的锅，那把p53的功能给干扰掉，看看Cas9的毒性反应怎么样。猜都不用猜，自然是毒性被抑制咯。

Cas9-induced toxic response is P53-dependent！

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为啥还有page 4？当然是说p53为啥能引起毒性反应咯，因为它，阻碍DNA的HDR（同源修复），而HDR还是CRISPR-Cas9基因编辑成功的关键。p53–阻碍HDR–CRISPR-Cas9基因编辑失败–解释CRISPR-Cas9在人多能细胞中效果不理想的原因。

总结

因为CRISPR-Cas9在人多能细胞中基因编辑具有一定难度，且Cas9处理过后，细胞往往会死掉，这个现象引起作者的关注。

先是自己构建效果良好的CRISPR-Cas9系统，将基因编辑效率提升，得到数量足够研究的对象；接着排斥被敲除基因对细胞增殖的影响，明确DSB是Cas9毒性的罪魁祸首，接着转录组测序发现挑事的刺头P21 mRNA，而P21是与p53相关的。进而引发了对p53的调查，通过对比有无p53功能的情况下，CRISPR-Cas9的毒性反应，得到p53与CRISPR-Cas9毒性相关的结。接下来研究p53到底通过什么途径去诱导毒性反应，原来是抑制了HDR同源性修复，DNA无法修复的细胞则走向死亡，同时因为对抗HDR，p53的存在也是CRISPR-Cas9效果不如人意的原因。

这么一路看下来，不仅文章结构清晰，框架完整，故事性更强，且更容易记住，导师再也不用担心我文献看完就忘了呢！

可是这个故事看起来很简单哦，p53基因稳定卫士的作用人人皆知啊，p53诱导DNA损伤细胞走向凋亡也是肯定的呀，那为啥还可以发nature medicine？

其实这是focus在CRISPR-Cas9的不良反应上，试想如果一个病人有p53缺失，那么对这样的病人进行CRISPR-Cas9治疗是有风险的，p53的缺失可能会引导细胞走向癌变。那么在p53缺失的病人身上想要再加以CRISPR-Cas9治疗，则需要慎之又慎了，这是一篇具有临床意义的文章。

后记

作为一个喜欢分享的小伙伴，也为了证明我不是自吹自擂，将该种文献阅读方法告知某一师妹后，她的回复让我看到了喜人的效果。

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再附上一则师妹的笔记（已经获得准许）

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有时候有人跟我说，你很善良，你很热心，现在没有人这么愿意给别人付出了。我想，可能是因为我在一路上得到过很多人的帮助，所以我认为当我可以出力的时候去出力也是非常正常的事情，而且我常常在跟别人屁颠屁颠分享的时候，收获到了许多我想不到的知识，我愿意贡献自己一点点微薄的力量，如果能给别人一点点的启发，那我将会觉得很幸福。

End

作者：冻春卷

来源：简书

排版：小丸子