代谢组学数据概念的范围较广,数据处理软件概念的范围较为宽泛,包括仪器信号数据转换、信号提取、化合物鉴定、多变数数据处理和分析等多方面。另外,代谢组学数据来源不一,数据处理软件与使用的仪器有关,采用不同的代谢组学分析平台/技术,如
核磁共振(NMR)、质谱法(MS)、红外光谱(FT-IR)及其与色谱联用等,其仪器信号类型、采集方式、信号特点等都有差别,因此,所使用的数据处理软件也有所差异。一般来说,代谢组学数据处理主要包括以下几个方面:原始数据的处理、数据和信息的管理、统计分析、数据标准化、代谢物及路径识别、数据集成和代谢网络的数学模拟等。代谢组学常用的数据处理软件包括通用的或独有的软件,例如,各仪器公司根据自己仪器的特点开发的软件(例如Waters的MarkerLynx,Thermo Fisher的SIEVE,Agilent的MassHunter,Applied Biosystems的Marker View等),也有一些通用的、数据分析软件(例如XCMS、代谢组学分析师、MzMATCH、MZmine,Metalign、MeltDB、metaP-Server等)。另外,在获得多变量数据矩阵后,还有通用的专业技术数据处理软件(如SIMCA-P、Matlab及R project等)。代谢组学常用的数据库主要有一般化学数据库(如PubChem)、代谢通路数据库(如BioCyc)、代谢物数据库(如人类代谢组数据库)、质谱数据库(如美国国家标准与技术研究所数据库)等。SIMCA-P是由瑞典Umetrics公司开发的一种简便易操作的代谢组学数据处理软件,可以进行主成分分析(PCA)、偏最小二乘判别分析(PLSDA)及正交偏最小二乘判别分析(OPLSDA)等分析。Matlab是美国MathWorks公司出品的商业数学软件,是一种用于算法开发、数据可视化、数据分析以及数值计算的高级技术计算语言和交互式环境,基于Matlab开发的模块能够用于代谢组学多变量数据处理。R project属于GNU系统的一个自由、免费、开放源代码的软件,是一个用于统计计算、数据分析和统计制图的优秀工具,已开发出不同功能的包(package)用于代谢组学数据处理。
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