数据处理软件

代谢组学数据概念的范围较广，数据处理软件概念的范围较为宽泛，包括仪器信号数据转换、信号提取、化合物鉴定、多变数数据处理和分析等多方面。另外，代谢组学数据来源不一，数据处理软件与使用的仪器有关，采用不同的代谢组学分析平台/技术，如核磁共振（NMR）、质谱法（MS）、红外光谱（FT-IR）及其与色谱联用等，其仪器信号类型、采集方式、信号特点等都有差别，因此，所使用的数据处理软件也有所差异。一般来说，代谢组学数据处理主要包括以下几个方面：原始数据的处理、数据和信息的管理、统计分析、数据标准化、代谢物及路径识别、数据集成和代谢网络的数学模拟等。代谢组学常用的数据处理软件包括通用的或独有的软件，例如，各仪器公司根据自己仪器的特点开发的软件（例如Waters的MarkerLynx，Thermo Fisher的SIEVE，Agilent的MassHunter，Applied Biosystems的Marker View等），也有一些通用的、数据分析软件（例如XCMS、代谢组学分析师、MzMATCH、MZmine，Metalign、MeltDB、metaP-Server等）。另外，在获得多变量数据矩阵后，还有通用的专业技术数据处理软件（如SIMCA-P、Matlab及R project等）。代谢组学常用的数据库主要有一般化学数据库（如PubChem）、代谢通路数据库（如BioCyc）、代谢物数据库（如人类代谢组数据库）、质谱数据库（如美国国家标准与技术研究所数据库）等。SIMCA-P是由瑞典Umetrics公司开发的一种简便易操作的代谢组学数据处理软件，可以进行主成分分析（PCA）、偏最小二乘判别分析（PLSDA）及正交偏最小二乘判别分析（OPLSDA）等分析。Matlab是美国MathWorks公司出品的商业数学软件，是一种用于算法开发、数据可视化、数据分析以及数值计算的高级技术计算语言和交互式环境，基于Matlab开发的模块能够用于代谢组学多变量数据处理。R project属于GNU系统的一个自由、免费、开放源代码的软件，是一个用于统计计算、数据分析和统计制图的优秀工具，已开发出不同功能的包（package）用于代谢组学数据处理。