组织指挥机构通常包括各类应急指挥机构、突发事件总指挥部、专业指挥部、现场指挥部和现场应急工作组等。
应急指挥机构：各级政府及其部门负责应急管理工作的领导机构。按照《突发事件应对法》的有关规定，在国家层面，国务院是突发事件应急管理工作的最高行政领导机关；根据实际需要，设立国家突发事件应急指挥机构，负责突发事件应对工作；必要时，国务院可以派出工作组指导有关工作。县级以上地方各级人民政府设立由本级人民政府主要负责人、相关部门负责人、驻当地中国人民解放军和中国人民武装警察部队有关负责人组成的突发事件应急指挥机构，统一领导、协调本级人民政府各有关部门和下级人民政府开展突发事件应对工作；根据实际需要，设立相关类别突发事件应急指挥机构，组织、协调、指挥突发事件应对工作。
应急指挥部：突发事件应急救援与处置实施决策、指挥和控制的机构，是应急决策与指挥的神经中枢，是决定应急处置效果和效率的核心因素。主要有总指挥部、专项应急指挥部、现场指挥部和联合指挥部等不同类型。
应急指挥系统：将各类参与应急的主体组织起来，以快速、高效地完成应急任务的组织结构及其运行机制。金字塔型分层结构化组织结构是各类应急指挥系统的常见形式。在各类应急预案中一般都包含了对应急指挥结构的详细说明。
现场应急工作组：上级政府或部门派往事件现场，指导现场应急救援与处置，或者开展专项调查、评估、计划等活动的专门小组。
美国的《国家突发事件管理系统》（NIMS）规定了标准化的事件指挥系统，通常由5部分组成：指挥、行动、计划、后勤和财务管理（必要时还可增加第六部分——情报），采用模块化结构，可以根据突发事件的类别、规模、范围和复杂程度的不同，根据实际需要进行扩展和收缩（见图）。
事件指挥官：负责事件指挥，确定事件应急响应的目标、战略及优先原则，对事件处置负全责。
行动部：为实施计划而执行战术行动；制订战术目标和组织，调配所有战术资源。负责领导行动部的人被称为行动部部长。
计划部：为实现目标制订突发事件行动计划，收集和评估信息，维护资源状态，维护记录事件的各种文档。负责领导计划部的人被称为计划部部长。
后勤部：提供实现行动目标所需的各种支持、资源和服务。负责领导后勤部的人被称为后勤部部长。
财务管理部：监督事件有关的开支；提供会计、采购、过程记录和费用分析服务。负责领导财务/行政部的人被称为财务/行政部部长。
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