元明以降，云南行省及辖区所属各地官府，相继组织编修地方志，部分学者也编修了一批地方史、志专书。全省现存省、府、州、厅、县志300多种。
汉晋时期的《哀牢传》《永昌郡传》《南中八郡志》《南中志》等书中，曾有专篇记载现今云南特定区域情况，但诸书均已失传。现存晋人常璩作《华阳国志》，最早以“志”为名，综合记载“华阳”（华山之南，相当于今天四川、重庆、云南、贵州地区）自然地理、建置沿革、物产、风俗、历史文化。其中《南中志》篇首冠以“总序”，分郡记载了南中地区（今云南及贵州、四川西南）的建置、山川、关津、户口、里程、物产、风俗、史事、人物，并附记“交趾”情况。唐宋时期先后编有《南诏图志》大理《图志》《云南别录》《南诏录》等文献。樊绰广采袁滋《云南记》及前人记载，纂录旧文，结合访闻所得，作《云南志》（又名《云南记》《云南史记》《蛮书》），记载“云南界内途程”“山川江源”“六诏”“名类”“六”“云南城镇”“云南管内物产”“蛮夷风俗”“南蛮条教”“南蛮疆界接连诸番夷国名”。《四库全书总目·提要》称该书“实舆志中最古之本”。
至元二十二年（1285），元朝组织编纂全国地理志。云南先后编报本省《地理沿革事迹》和《图志》，编入全国《大一统志》。大德五年（1301）春，李京任乌撒乌蒙道宣慰司副使，编纂《云南志略》，4卷，成为云南行省建立后编纂的第一部省志。
明朝洪武十四年（1381）平云南，次年六月编成《云南志书》61卷，为明代官修云南地方志之始。此后，相继编纂有洪武《云南志》、景泰《云南图经志书》、弘治《云南总志》、正德《云南志》、隆庆《云南通志》、万历《云南通志》、天启《滇志》等。明代官修云南省志体例日渐完备，述、记、志、传、录并举，尤重建置、沿革、山川、道路、赋役、选举、人物、种人。万历《云南通志》、天启《滇志》体例完备，资料丰富，为明代云南地方志书中之善本。此外，谢肇淛纂《滇略》10卷，“论者多推重焉”。
明代云南部分府、州、县以及土司地区先后纂修本地方志。见于记载的有府志类34种，州志类40种，县志类18种，《腾司志稿》及土司地区志11种。另有《云南山川志》《叶榆檀林志》《虎邱志》《温泉志》《鸡足山志》《云南蛮司志》等专“志”，以及《云南诸夷图》《全滇盐政考》等图经（志）、史志类文献。
清朝从康熙十一年（1672）命各郡县分辑志书，此后又有60年一修志书之令。《云南史料目录概说》认为，清代云南各地方志“二百年间一再重修，蔚为盛事”。其中官修省志有康熙《云南通志》（先后两种）、雍正《云南通志》、道光《云南通志稿》、光绪《云南通志》、光绪《绪云南通志稿》。阮元主持、历时9年完成的道光《云南通志稿》120册216卷，被称为云南官修省志的“最善之本”。全省性史志专书有谢圣纶《滇志》（与14卷《黔志》合刊为《滇黔志略》）、师范《滇系》、王崧《云南志钞》、檀萃《滇海虞衡志》、刘慰三《滇南志略》、汪浚辑《滇疆纪略》等。清末以学校教本体例，编有《云南地志》《全滇纪要》等。
古永继《清代滇黔桂地区方志书目考》统计，清代云南纂修府志61种（存38种），州志116种（存74种），县志89种（存60种），厅志18种（存9种），乡土志16种（存13种），盐井志13种（存8种）。县以上政区绝大多数至少修过一部志书，云龙州（今云龙县）至少修志7次，现存《云龙州志》刻本、抄本4种。康熙十二年（1673）云南纂《琅盐井志》，首开编纂盐井志先河。较重要的专志、图志还有戴瑞征《云南铜志》、吴其浚《滇南矿产工器图略》、赵元祚《滇南山水纲目》、李诚《云南水道考》、张凤孙《金沙江志》、孙髯翁《盘龙江水利图说》、李荣陛《云缅山川志》、范承勋《鸡足山志》、黄元治《荡山志》、李坤《云南温泉志》以及《云南三迤地图说》《百蛮图》《滇南夷情集汇图册》《云南种人图说》《云南民族图考》等。
1930年，云南成立通志馆编纂地方志。1949年《新纂云南通志》（266卷648万字）编印成书。该志运用近现代科学知识，分门别类编纂远古至清朝宣统三年（1911）的云南历史，补前人之阙，集各家之长，成为不可多得的精编通志。同时编纂的《民国云南省志》1941年完成初稿，定名为《续云南通志长编》，未予定稿付梓。
云南通志馆在编纂两部省志的过程中，先后征集到了近200多种各地地志资料。民国以前没有或很少修志的地区，增修了《普思沿边志略》《泸水志》《中甸县志稿》等地方志，李拂一《车里》记载了今天西双版纳一带的基本情况。县以下乡（镇、村）也先后修有昆明《高峣志》、安宁《珍泉志》、大理《宾阳志》《海东志》等。张维翰、童振藻纂《昆明市志》，成为全国较早的市志之一。董一道《古滇土人图志》、方树梅《滇南茶花小志》、童振藻《云南温泉志补》、赵藩、李根源《鸡足山志补》等，延续和发展了编修云南专志的传统。
民国时期一批学识广博的学者纷纷主持或参加云南修志，多数地方志采用了新法绘制地图、收录调查统计数据，接近现代知识体系、行业门类分类编排，方志内容、体例体现了较强的时代特征。梁之相《云南方志考》、童振藻《云南方志考》，方树梅《明清滇人著述书目》，李小缘《云南书目》以及《新纂云南通志·艺文考》《续云南通志长编·艺文》等，广泛搜集、整理、查考云南方志目录及流传情况，对云南方志开展了深入研究。
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