之前我硕士期间主要做的是 预测蛋白质和ncRNA在细胞中的分布， 即蛋白质和ncRNA亚细胞定位的预测，处理高通量数据的时间不多，都是帮别人处理，自己没有系统地了解。现在必须要从头到尾自己处理了，记录一下主要环节。
我的目的是要分析网络，研究cell type conversion, 构建网络完全不是研究目的，更不是去研究高通量数据的处理，我只想利用已有工具尽快完成第一步，搞定网络的构建，已便把主要时间和精力放在网络的分析和new mathematical theory of complex systems or complex networks 上面。
1. 下载
Bowtie和Bowtie 2都可以在这里下载： http://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/
这里以 Building from source 为例子， 从而需要下载其源代码，而非针对特定OS已经编译好了的binary release. 从而 32bit和64bit的Windows, Linux, Mac OS 都可以这样做。
我下载的是以下2个文件：
bowtie-1.0.0-src.zip
bowtie2-2.1.0-source.zip
2. 编译
分别解压下载的那2个文件，打开linux terminal (我用的是Linux Mint, 64 bit), 让terminal进入解压后的某一个目录，比如bowtie2-2.1.0， 运行“make”。 若编译没有异常，编译好以后分别运行：
chmod 777 bowtie2
./bowtie2
若没有问题，会显示出bowtie2的使用信息。
bowtie-1.0.0同上：
cd /home/lilab/bowtie-1.0.0
make
chmod 777 bowtie
./bowtie
若下载的是已经编译好了的二进制可执行文件，则可以跳过这一步。
3. 下载参考基因组
既然是把测序片段比对到参考基因组上，当然就需要reads and reference genome, reads就是自己要处理的数据， 对应物种的 reference genome需要在数据库中下载。
对于bowtie-1.0.0:
关键是要Indexing a reference genome， Bowtie网站（ http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml ） 的右边有Pre-built indexes，根据物种下载相应的文件，这个文件解压后可以直接使用，若下载的是FASTA格式的基因组，需要Building a new index，用bowtie-build.
这里以酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）为例， Pre-built indexes里面有这个物种，直接下载得到文件“s_cerevisiae.ebwt.zip”。 解压， 得到文件夹s_cerevisiae.ebwt，里面有几个文件。
把解压后的文件（不是文件夹）copy到目录 bowtie-1.0.0/indexes下面。
添加环境变量：
export BOWTIE_INDEXES=absolute/path/to/bowtie/indexes
此时在目录bowtie-1.0.0下运行命令：
./bowtie -c s_cerevisiae ATTGTAGTTCGAGTAAGTAATGTGGGTTTG
若没有问题，则会显示map结果。
其中的s_cerevisiae是指reference genome，上面copy到目录 bowtie-1.0.0/indexes下面的文件的名称都是以s_cerevisiae开头的，与文件的名称的第一个点号前面的内容完全一致（这一点是必须的）。
对于bowtie2-2.1.0:
若下载的是FASTA格式的基因组，需要Building a new index，用bowtie2-build, 就像其manual所说的“You can use bowtie2-build to create an index for a set of FASTA files obtained from any source, including sites such as UCSC, NCBI, and Ensembl. ”
还是以S. cerevisiae为例，先下载fasta格式的参考基因组：
http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/sacCer3/bigZips/
下载chromFa.tar.gz或chromFaMasked.tar.gz
解压，一个文件里放的是一条染色体序列，最好把所有序列放到一个文件“s_cerevisiae.fasta”里，这个小任务你可以手动完成，也可以用linux shell命令，我为此用perl写了几行代码，也可以用：
https://github.com/bigdataage/SmallTools/blob/master/merge.pl
然后在目录bowtie2-2.1.0下运行：
./bowtie2-build s_cerevisiae.fasta s_cerevisiae
若正常运行完，则可以使用了。
测试一下：
./bowtie2 -c s_cerevisiae ATTGTAGTTCGAGTAAGTAATGTGGGTTTG
4. 使用
这个和具体情况关系很大，参数自己弄懂后再决定。
比如：
对于bowtie-1.0.0:
./bowtie -q -S -t -p 80 -m 1 -v 3 --best --strata s_cerevisiae 1.fastq 1.sam
对于bowtie2-2.1.0:
./bowtie2 -x s_cerevisiae 1.fastq -S 1.sam
inputs are reads file 1.fastq and reference genome s_cerevisiae.
output file is 1.sam.
5. 添加环境变量
上面其实就完全可以用了，但是只能在目录bowtie-1.0.0或bowtie2-2.1.0下使用，不能在其它目录下使用。
在当前用户的主目录下找到隐藏文件“.profile”或类似文件，在这个文件的末尾增加2行，把bowtie所在的目录加到变量PATH中，比如我增加的两行是：
export PATH=$PATH:/home/lilab/ProgramFiles/bowtie2-2.1.0/
export PATH=$PATH:/home/lilab/ProgramFiles/bowtie-1.0.0/
export BOWTIE_INDEXES=absolute/path/to/bowtie-1.0.0/indexes
注销一下，或运行： source ~/.profile
这样就可以在当前用户的主目录下的任何目录下使用bowtie和bowtie2了。
OK！
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