对土壤进行处理选择一种好的处理药剂是很重要的一方面，另一方面在进行消毒处理操作时也非常重要。
首先，根据不同的大棚土质来进行选择。现在的颗粒型消毒剂在使用时都会覆盖薄膜，以达到良好的杀菌效果，而液体消毒剂一般则不用覆盖薄膜。但砂土通气透水性能强，保水保肥能力差，使用液体的消毒剂在不覆盖薄膜的情况下效果较差，因此建议选用颗粒型消毒剂。而对于黏土或壤土来说，由于液体消毒剂使用方便，降解快、无残留、不覆膜的特点，建议在这类土地上优先选用。
其次，根据定植蔬菜的种类来进行选择。瓜类(黄瓜、西瓜)等根结线虫比较严重的棚室，记者建议采用液体的土壤消毒剂，因为这类消毒剂的主要成分是氯化苦和二氯丙烯，对根结线虫有很好的效果。而对于茄子、辣椒等土内病菌较多的特点，记者建议选择颗粒型的土壤消毒剂。因为这类消毒剂对根结线虫治疗效果差，但对一些地下害虫、土内病原菌的杀灭较为彻底。
再次，根据施用的时间来进行选择。对于一年一大茬蔬菜来说，大棚休闲期相对较长，有足够的时间来进行大棚土壤处理，因此可选用颗粒型消毒剂，因为这类消毒剂对环境要求较高，前后的使用时间较长。而对于一年两茬，茬口较密的大棚来说，建议选用液体消毒剂，因为这类消毒剂对环境的要求相对较松，使用后7-10天就可定植蔬菜。
另外，任何处理剂使用后都要注意补菌。处理土壤后，土壤都处于存在着一种无菌状态，但这并不是一件好事，只能说你所使用的处理方法得当。但拿在实际生产来讲，这更容易给有害菌的入侵创造条件，因此处理完土壤，要及时补充生物菌肥，保持土壤中有足够的有益菌存在。根据这几年菜农从实践实际中摸索出来的经验，在用这些消毒剂处理后再进行土壤补菌效果很好。因为土壤经过杀菌剂的熏蒸，无论是有益菌还有害菌已统统被杀死，此时土壤中正处在一个空白期，这个时候补菌，有益菌会迅速在土壤中占有主导地位，以后有害菌也就很难泛滥起来造成为害。但要注意的是，用消毒剂熏蒸过的棚室，在施用菌肥前应先敝棚透气10天以上，然后再进行补菌，以免残留毒气对菌肥中的微生物造成伤害。
对土壤进行消毒处理以后，棚室内的土壤相对洁净，此时需要迅速补充有益菌，建立有益菌群的优势，而在此期间，需要菜农注意的是要防止有害菌的再度传染。一般来说，当棚室土壤消毒以后菜农很多操作方式不注意就会发生再度传染的情况。
提醒菜农需要注意两个方面：一是有着较多大棚的菜农在不同棚室之间轮转时要注意更换鞋子，鞋子直接与土壤接触，往往会携带较多的病虫菌体，如真菌的孢子、线虫虫卵等。在进行人工操作时，要注意更换鞋子，最好是一个棚室准备一双专门的鞋子，或者是进棚时准备多个一次性鞋套。这样可以避免有害病虫在不同棚室之间的传播。
二是棚室工具的使用一定要做好消毒工作。在土壤处理后有的菜农通常会使用旋耕机等设施再次翻耕，一定要在设施进棚之前对其轮胎、刀片等进行严格消毒。可使用高锰酸钾、石灰等清洗轮胎、车底盘、刀片等，也可以使用火焰烘烤刀片，刀片在消毒之前一定要将上面的杂物清理干净，最大可能降低再度传染的风险。当然除了旋耕机，其它一些工具如划锄或除草用的铁锹、犁等小型工具也要进行消毒。
土壤消毒剂选择好了，采取一种正确的使用方法也对其效果有着关键作用。不同的土壤消毒产品用法不同。
石灰氮。石灰氮主要成分是氰胺化钙，市面常见的有庄伯伯、荣宝等。这类药物在施用时一定要均匀，平时习惯使用土杂粪做底肥的菜农一定要注意。将土杂粪(鸡鸭粪、猪牛羊粪等)撒入棚中，然后用旋耕机均匀打一遍地(将粪中的病原菌一起熏蒸杀死)。再将石灰氮均匀撒施在棚地上，然后用旋耕机再次打匀。另外，进行严格的密闭，持续20-25天。
棉隆。相对于石灰氮和溴甲烷来说，棉隆是一种低毒的土壤消毒剂，使用相对来说更安全。是目前市面上的一种高效、低毒、无残留的环保型广谱性综合土壤熏蒸消毒剂。在潮湿的土壤中会产生一种异硫氰酸甲酯气体，迅速扩散至土壤颗粒间，有效地杀灭土壤中各种线虫、病原菌、地下害虫及杂草种子，从而达到清洁土壤、疏松活化土壤的效果。
棉隆的使用方法是：土壤施好底肥后深翻(约30厘米)整平，浇水保湿3-4天，等土壤湿度在40%-60%左右(以手捏土能成团，1米高度掉地后能散开为标准)时，旋耕机打地。将棉隆均匀地撒在地表，每亩用药20-30公斤，施药后立即用塑料布覆盖，由于棉隆分解产生的气体较空气轻，要确保塑料布没有破损，且四边用土压实，密封好。注意不能用地膜等太薄的塑料布。密封期保证在12天以上，完成后揭去塑料布，通风透气一星期。再取土做安全发芽试验，安全后才可再进行育苗。
液体土壤消毒剂。如市面上常见的维康等。使用时将土壤翻松并施用有机肥后，将维康随水冲施，这一水一定要浇透。维康用量为每平方米15-20克(每亩用量11-15公斤)，此剂型使用方便，一般7-10天就可定植蔬菜。
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