造成西葫芦烂花的病害很多，要从发病症状上正确区分各类不同病害，做到对症下药，早防早治。
从发病症状上看，造成西葫芦烂花的病害主要有四种，首先从开败的花腐烂，并有灰色霉层的多是灰霉病；生浓密的白色霉毛，且病斑上散生鼠粪状的黑色菌核的多是菌核病；生灰白色絮状霉层，其中带有黑色针头大小颗粒的是笄霉褐腐病；初生白色茸毛，后生大头针状黑毛的是褐腐病。
灰霉病病菌最初多从西葫芦开败的残花侵入，使花腐烂，产生灰色霉层，后由病花向幼瓜和茎部发展。原本健康的茎和幼瓜也会腐烂，湿度大时病瓜上还会长出黑色小菌核。防治灰霉病要蘸花、喷雾与烟雾剂熏蒸三结合：一是要在蘸花药中加入500倍的扑海因预防，二是要叶面喷用1000倍的扑海因或40%嘧霉胺（赛杰）1000倍，三是在闭棚后，用灰霉施加乐、速克灵烟剂等，亩用200克。为避免豆类药害，熏烟雾剂时间的可选在下半夜，并在第二天早上早拉开草帘通风。
西葫芦菌核病先从残花部侵入，呈水渍状腐烂，后侵入果实，导致果实软化，长出白色菌色，病斑上散生鼠粪状的黑色菌核。菌核病与灰霉病一样，在湿度大的条件下发病重。防治药剂和办法同灰霉病，可采用“三结合法”防灰霉。
褐腐病发病初期花和幼果呈水浸状湿腐、病花变褐腐败，病菌从西葫芦花蒂部侵入幼瓜，向瓜上扩展，致病瓜外部逐渐变褐，表面生白色茸毛状物，后期可见褐色、黑色大头针状毛，高温、高湿扩展快，干燥时半个瓜变褐，无法食用。该病也为害黄瓜，称花腐病。属瓜笄霉。开花前可喷用75%百菌清600倍（蓝贝）或细宝600倍预防。
三孢笄霉褐腐病为害西葫芦时，易引起花变褐软腐，又称花腐。该病不同于一般褐腐病，属三孢笄霉。病菌常从花蒂部侵入幼果，并向全瓜扩展，致病瓜外部变褐，湿度大时幼瓜腐烂，易掉落，且易生出灰褐色霉状物。开花期幼果期发病前可喷洒69%代锰.烯吗（攻防组合）700倍液或25%甲霜.脲氰（可依）800倍液防治。
以上造成西葫芦烂花的四种病害都适应潮湿的环境条件，在棚内湿度大的条件下，易发病。因此要从管理上入手，合理密植，避免阴雨天浇水，并注意浇水后加大放风排出湿气，也要及时清除西葫芦的败花、病花和病叶，发现病瓜先套以塑膜袋，然后小心摘除带出棚外深埋或烧毁。
