日本最早的神话书籍古事记称，日本天皇乃是日本神话中的太阳神天照大神之后裔，成为日本君权神授的依据。旧时的日本史书一直宣称天皇是“万世一系”的，即所有天皇都来自同一家族，日本历史上从来没有出现过王朝更迭。
事实上，中古时期的日本小国林立，最后由位于本州岛中部（奈良）的大和朝廷实现统一，大和也就成了日本的别称。大和朝廷成立前出现过多次王位的争夺，或许也改易过多个朝代。然而当时的历史纪录靠口头背诵神话的史官，而没有可以证明的文字史料留下，是以无由查证。
仅有中国历史学家陈寿《三国志》的东夷传倭人条可做参考。日本是在律令制开始后才有天皇一名。在《日本国史略》中有“自天照皇太神创业垂统，而神武天皇初都中国、一统天下，历正天皇正统一系，亘万世而不革。天下即一人之天下。”一辞，不过万世一系四字则是到19世纪末明治维新左右才形成，写入大日本帝国宪法之中。
自公元6世纪大和国征服本州和九州岛的大部分地区后，天皇的权力达到顶峰。但天皇作为日本实际统治者的时间并不长。从10世纪开始，日本经历了摄关政治、源平相争，政权被权贵门阀把持；有些天皇甚至负气禅让，自称上皇，在江湖之中实施院政。12世纪以后政权几乎都是被幕府将军等日本武士掌控，经历了镰仓幕府、室町幕府、安土桃山时代、江户幕府。
天皇权力被架空了近一千年的时间。直至19世纪明治天皇登基后，天皇才重新掌权，开始带领日本走向现代化富强国家之列。
简单说，实际上日本天皇并非真的是万世一系。除了上古时代无法确定，日本还有过“南北朝”时期。
日本的南北朝发生于1336年-1392年，之前为镰仓时代，之后为室町时代。在这段时期里，日本同时出现了南、北两个天皇，并有各自的承传。
后醍醐天皇灭镰仓幕府后，进行首度王政复古，推行新政，史称建武新政。由于新政未能满足武士要求，且仅重用京都公卿贵族，故引起武士不满。当中倒幕大将足利尊氏更为不满，其虽被赐予天皇名字中之尊字，但其有意开幕府，而后足利尊氏迫后醍醐天皇退位，并立持明院统之光明天皇。光明策封他为征夷大将军，建立室町幕府，是为北朝之始。而后醍醐天皇被迫退位后设法逃出，持着天皇象征的三神器退往大和（今奈良县）的吉野，是为南朝，至此南北朝终于形成，史书还称为“一天二帝南北京”。经过多次攻防后，南朝势力衰退，终于南朝天皇将三神器交给北朝天皇，南北朝时代于焉结束。
古代中国和日本信仰不同，中国人信天命，日本信血统。中国人认为所有人都是泥捏的，本质来说大家都一样的，既然都是一样，那你能当皇帝我也能，皇帝应该是有德者居之。虽然皇帝经常通过儒教和天命神化自己，自称天子，但中国人根本不吃这套，在陈胜、吴广喊出“王侯将相宁有种乎”的口号后，一下就彻底乱了套，野心家打着替天行道的口号造反篡位，导致中国朝代更替频繁。而日本信仰神道教，唯血统论，他们认为天皇源自于神族，地位特别高，在日本百姓眼里天皇就是神，不是皇族血脉根本当不上天皇。丰臣秀吉那么牛也不敢打天皇的主意。
日本是岛国，民族比较单一，也没遭受几次外敌入侵，所以国内打的一般都是内战。各地林立的日本大名们谁也不服谁，一直打来打去，日本天皇就像个颁奖的，谁在岛上pk赢了就给谁封征夷大将军，让谁组建幕府！权力都掌握在藩主和幕府手里。说白了，天皇就是个稳定民心的吉祥物，是一个傀儡，天皇穷的时候连吃饭都是问题！
日本的文字本来就是舶来品。在汉字过来前一直是有语言无文字状态。所以它们有记载可考的天皇世系并不长，也就1000多年。再往上都是传说和杜撰的，所谓万世一系水分很大。真往上再推几千年，估计得问中国人或韩国人了。
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