接下来的问题是：人和万物是如何由自然（天地）创造的呢？自然的规律是怎样的呢？地面气候为什么会规律变化呢？为什么祖先用“五行”而不是六行或者四行来解释呢？如果我们查找一些古文献再站在祖先的角度来思考一下，大致的理由是这样的：
在回答这个问题之前，想要澄清一个容易混淆的问题，那就是数学是科学嘛？数学不是科学，数学是工具，是我们人类创造出来认识、解释自然工具、是我们人类交流的工具。人类从蒙昧走向文明，一个必不可少的、最基本的、首先要面临的任务就是计数，要数数。这就牵涉到一个所谓的几进机制问题。我们现代的人们都知道具体多少进制是无关紧要的，计算机是二进制，时间是六十进制，我们日常生活使用的十进制…。那么我们人类为什么会选择十进制呢？前面说到我们的祖先必须计数，那么用什么来计数呢，一个自然而然、随手可得的工具就是我们手指，我们的手指是五个，我们的双手加起来就是两个五共十个手指头。用手指来计数是最自然不过了，我们现在日常生活中还经常使用呢。所以，五对于祖先来说也是一个比较特别的数字。如果我们留意一下《易经》、《内经》之类的文章，我们就会发现我们的祖先把十分为两个五。一、二、三、四、五为生数；六、七、八、九、十是第二个“一、二、三、四、五”，所以“六、七、八、九、十”称为成数，用来区别五岁运的太过与不及。即，“帝曰：太过不及其数何如？岐伯曰：太过者其数成，不及者其数生，土常以生也。”
前面我们说过，对于进入农业社会的祖先而言，农作物的生长是头等大事，植物的生长和气候是密切相关的，气候的周期是年，气候的主要影响因素是地球绕太阳公转的位置，是地球所处轨道的位置不同直接导致四季气候的不同，所以全世界的文明首先要确立的就是年的计算，为了确立回归年祖先就必须观察天象。地球绕太阳公转的北半轴始终指向北极星，从我国观察北斗七星，地球绕太阳一周，北斗七星的斗柄也绕北极星在太空旋转一周，而且是“斗柄指东，天下皆春；斗柄指南，天下皆夏；斗柄指西，天下皆秋；斗柄指北天下皆冬”。《史记•天官书》中谈到“斗为帝车，运于中央，临制四乡，分阴阳，建四时，均五行，移节度，定诸记，皆系于斗”。所以祖先认为气候万物以年周期规律变化是由于“五行”分别掌管东西南北中五方位临治天下而成是最自然不过的啦。自然，“五行”是神圣不可冒犯的。由于“五行”居五方而形成四季，所以就有“岐伯曰：脾者土也。治中央，常以四时长四脏，各十八日寄治，不得独主于时也。”土居中央而不独主时，喻义土于四季无时不在，每个季节都管，这是五行的一种本义。
我们的祖先观察到，中原气候可以分为五种情况：风、寒、燥、湿、热，这五种气候以年为周期规律变化。与此相应，一年大致可以分为五个阶段，这就是五季（春、夏、长夏、秋、冬），这五季和五种气候基本上是对应的，也就是说气候和节气是相对应的。由于祖先认为是天上的“五行”掌管着天地的一切，五种气候必然和五行对应，所以五行就是木对应春季，火对应夏季，土对应长夏季，金对应秋季，水对应冬季，这是五行的第二种本义。在《黄帝内经》和别的古书中这两种对应法是一直存在的。由于认为是天上的五行掌管着天地间的一切，所以我们的祖先以五为单位的数特别多，好多东西都按照五行来归类。“五方”、“五味”、“五谷”、“五果”、“五畜”，把所有的动物分为五类为“五虫”…。
这里大家都会提出一个问题“那就是我们都知道一年四季，怎么出来一个一年五季呢？”，这大家可以查找关于五行的一些文献，大致认为这和当时的科技水平有关，最早祖先认为一年为360天，比如《黄帝内经素问·阴阳离合论第六》中有“黄帝问曰：余闻天为阳，地为阴，日为阳，月为阴。大小月三百六十日成一岁，人亦应之。今三阴三阳不应阴阳，其故何也？”；《黄帝内经素问·六节藏象论第九》中的“岐伯曰：天以六六为节，地以九九制会，天有十日，日六竟而周甲，甲六覆而终岁，三百六十日法也。”只是后来发现一年360天计一年和气候、天气以及天象不符，通过仔细的观察和测算才逐步精确到365天加闰年修正，即“故大小月三百六十五日而成岁，积气余而盈闰矣。”但是由于历史传承的原因，有些还是没有改变，一年360天的历法生活中还在使用；这就和我们现在的农历和公历混用，春节是我们汉族的过年，但是许多少数民族就不以春节为过年一样。随着我们祖先的开疆拓土，版图日益增加，一年五季的分类方法已经不适应了，而一年四季的分类方法对于我国大多数地区是适宜的，但是还是不能完全概括，比如：在广东地区一年中就没有冬季、昆明就四季如春，所以分类越粗，概括的范围就越大，准确率也就越高。如果把气候范围两类，一类是平均气温逐步升高，一类是平均气温逐步降低，那么这一分类方法对于所有的地方都是正确的。
中华文明产生于黄河流域，显然我们的先人对自然的思考当然首先就是对黄河流域气候和万物的考察，所以考察的气候当然就是我国中原地区的气候，所以我们就以黄河流域的气候来加以说明。我们黄河流域的气候是四季分明，春温、夏热、秋凉、冬寒。如果细分还可以在夏秋之交的时候分出一个长夏季，这时候的气候特点是高温多雨，空气湿润。
由于生命是自然的产物，生物为适应自然，达到生命的目的性必须根据气候的变化来改变自己以适应环境，所以生命的过程也表现出“生、长、化、收、藏”以及“生、长、壮、老、已”这五个阶段。
我们来看一看草木的生长过程。草木的生长周期可以大致分为五个阶段。下面这段话来自网文《夏天植物生长记录》，描述的是梨树的“生长的季节周期性”。
(1)是利用贮藏物质的生长期，从早春至开花(2～4月)。在此期间，根系首先生长，随后花和叶才开始生长。
(2)是利用当时代谢产物的生长期，即是从开花到枝条生长停止(4～7月)。
(3)是枝条充实期，也叫果实发育期(7～9月)。
(4)是贮藏养分期，就是果实采收后至落叶前(9～11月)，地上部的代谢物向根部输送。
(5)是冬季落叶之后的休眠期(11～翌年2月)。
成年梨树每年周而复始经历着这五个生长阶段，大体可代表落叶性果树的生长周期性。其他的草木的生长过程也大致可用分为这五个阶段。我们祖先就把草木的这五个阶段分别叫做：生、长、化、收、藏。把人和动物的一生概括为：生、长、壮、老、已，这五个阶段；但是为什么生物会表现出这样一个规律呢？我们现代科学也没有弄明白这一点，就别说祖先了。以祖先当时的科技水平，祖先是不能彻底说明这一问题，既然掌管天地万物的是五行，所以他们就认为是五行在命令万物而成。（类似，我们现代人解释不了UFO现象，许多人就认为是外星人所为）。在一年之中的不同时段，这五者分别依次主管一段时间，在各自主管的时间内，会呈现不同的气候特点，与此同时生物就会表现出相应生命特征。（当然在某一行主管时令的时候，并不是其他的四行就处于全无的状态，其它四行还是在起作用，只是表现的比较弱而已。）
那么气候规律如何来解释呢？《黄帝内经》的作者虽然不相信鬼神，限于当时的科技水平，显然他们是没有办法回答这一问题。只是认识到这是天地阴阳之气相合作用和变化的结果，是天地阴阳之气的变化产生了季节的变化，所以他们还是沿用了五行，在解释气候变化规律的时候，用了五运六气，三阴三阳、左右间气等来解释气候的成因，以及它们对万物和人的影响。这就是《黄帝内经》中的《天元纪大论》、《五运行大论》等篇章中的内容。
现在我们利用我们现代的科学知识大致回答一下祖先心中的疑问。
春季地面接收太阳的能量逐步增加，大于地面辐射的能量，所以温度从寒冷逐步转暖，东南面的海面气温开始升高，暖空气的势力逐步加强，气候温暖，湿度开始增加，东风拂面，所以木配风，对应春季，这时是五行中的'木’这一行在主管时令，所以万物就表现出：在'木’这一行主管时的生命特征：草木的根系开始生长，地上部分开始萌芽，生长速度很慢，生物表现为'生’的特征。当春季快过去的时候，地面接收太阳的能量进一步呈加速的态势，比地面辐射的能量多不少，所以温度升高较快。祖先就认为：这时木这一行就不再主管时令了，而是交由'火’这一行来主管，这时气候也开始炎热了，所以火配暑，对应夏季，在'火’这一行的主管下，万物表现为：枝叶繁茂，生长迅速，生物表现为'长’的特征。在小暑和大暑时节，也就是《黄帝内经》中所指的长夏季，我国中原地区气候更加炎热了，而且这时是中原地区的雨季，经常下雨，气候湿润。祖先认为，这时候是五行中的'土’这一行在主管时令，这时候果实开始成熟、孕育着下一代生命，是种子的形成时期，是化育生命的时期，是阴阳化生特征表现最突出的时候，生物表现为'化’的特征，所以土配湿，对应长夏季。'土’一行主管的时令过去后，就交由'金’这一行来主管万物和气候。这时候太阳已经从北回归线往南走了不少，地面接收太阳的能量小于地面辐射的能量，所以气候开始转凉了，地层温度已经降低不少了，天气干燥了，所以金配燥，草木的生长盛势而衰，万物表现出'金’这一行主管下的特征：万物收成，树叶枯黄，许多动物的活动开始减少了，就好像两军交战时鸣锣收兵一样，用'金’来命名这一行。'金’这一行主管之后就该交给'水’这一行来主管了，这时地面接收太阳的能量已经大大小于辐射的能量，所以气候的表现为天气寒冷、万物潜藏、冰天雪地、树叶都掉光了，万物的活动减少到最小，生物表现出'藏’的特征。这时气候就是冬季了，所以'水’配寒。冬季过后，太阳又开始往北移（这是表象，实际是由于地球绕太阳公转的原因），气候又开始转暖了，这时'水’这一行就不主管时令了，又交由'木’来主管时令。这样看起来就好像天上有五个称为'五行’的东西，分别占住不同的位置，随着时间的运行，五行分别主管不同的时令，所以五行按照木、火、土、金、水再到木的次序依次循环，从这里可以看出五行是由于阴阳变化而引起的，是北半球的五种阴阳的变化状态。我们知道生物所以表现出生、长、化、收、藏的不同特征是由于四时气候引起地面温度不同而引起的，所以在《黄帝内经》中四时和五行往往是一起出现。
按照祖先的意思，和天上的五行相对应，在生物体内也呈现出五种状态。这五种状态是由于四时气候变化造成的。前面我们分析“阳生阴长，阳杀阴藏”的时候已经作了一些分析，在讨论“天人合一”的时候已经解释了“为什么生物必须和自然同步的原因”。我们现在已经知道机体释放的能量由两部分组成，一部分是身体不能利用的热能，只能用于保持温度；另外一部分释放的能量，是可以被身体用来进行各种生理活动的能量，就称为ATP能量吧。下面我们就分析一下，气温对生物的影响。
春天气温逐步回升，机体和环境的温差减少，生物用于散热的能量逐步减少，机体释放的能量用于保持体温外还有富余，体表也不再用于隔热保温了。对于植物而言，机体释放的能量除保持基本活动所需的温度外有富余、可以把一部分能量用于根系的生长、用于体表以长出嫩芽；对于恒温动物而言，体表也不再主要起到隔热的效果，血液逐步往体表倾斜分配，身体在体表释放的能量逐步增加，这一状态与'木’对应。'木’这一行对应人体的状态就是：血液逐步往体表分配，体表的温度逐步增加，身体可以把一部分释放的ATP能量用于合成身体所需要的物质，但这时还是有一部分ATP能量要用于保持体温。
随着地面气温的进一步回升，用于保持体温的能量进一步减少，机体释放的能量进一步增加，基本上释放的能量的热能部分用于维持体温，ATP能量用于机体的生理活动。这一状态就是'火’这一行主管时令对应的机体状态，具体对于人体而言，就是身体的血液分配于体表的血液已经比较多了，人体感觉比较舒服，身体释放能量中的热能部分，基本上用于保持体温。
随着小暑、大暑季节的到来，虽然太阳已经从“北回归线南移”，但是地面接收的太阳能大于地面辐射的热能，所以地面温度进一步升高，雨季来临，天气闷热。在温度与湿度的共同作用下，植物开始进入育果期。人体的温度也相应提高，这时人体的各种酶和蛋白质的活性也随着温度的升高而加强，各种物质之间的转换也加速，用中医的术语就是'土’化精微的功能加强，机体的新陈代谢旺盛，血液循环加剧。由于，地面温度很高，这时身体要用出汗的方式，排出多余的热能。人体的这一状态就对应于'土’这一行主管的时令。由于祖先的科技并不发达，他们不可能了解酶、蛋白质的活性等现代的东西，他们不知道为什么人体会有这种反应，只能观察到表面现象，认为这是'土’这一行在'命令’万物、人体这么做，是“土”使人体内的“化”的作用显现明显，对于当时的他们来说是最合理的解释。
大暑过后，'土’这一行退位，接替它的是一个叫'金’这一行主管的时令。'金’这一行主管时令的特点是：地面的温度由一年的最高值逐步降低，这时由于地面温度的降低，人体体温与外界的温差逐步加大，人体用于保持体温的能量增加，为了与这一气候相适应人体的皮肤的毛孔开始收缩，以加强隔热效果，减少热能的流失，同时人体血液的分配也往五脏六腑倾斜，减少皮肤组织的血液供应。与秋季这一时节相应，植物的果实已经成熟了，树木开始凋黄，树叶开始飘落；昆虫们的活动开始减少，准备躲进土里过冬。在我们的祖先看来这一切都是'金’这一行“命令”生物的结果，因为这时是'金’这一行主事的时间。
'金’这一行主事之后，就退位，改由'水’这一行来主管时令。这时的气候特点是：天寒地冻，地面温度已经很低了。由于地面的温度很低，如果动物保持夏季时身体状态，就必须释放巨大的能量，对于生物来说这样是有生命危险的，必须采取其他的办法来保存生命。昆虫们采取的办法是：把自己变成蛹，躲进茧里（有些类似植物的种子）或者产卵，埋进土里，利用大地来保温，等到来年气候变暖后再活动。一年生植物到了冬天地上部分就枯死，但是它们在秋天留下的种子，到了春天气候转暖后，就会发芽，它们的地下部分的根并没有死亡，春天来临之后，可以继续长出嫩芽，这样生命得以延续；多年生植物采取的办法是：让自己的树叶枯萎、凋谢等到来年春季气候变暖后再发芽。冷血动物采取的办法就是冬眠，恒温动物采取的办法是：收缩皮肤的毛孔、堆积皮下脂肪，形成隔热层，阻止身体热量的散失。减少皮肤的血液供应，血液的分配主要在五脏六腑，同时尽量减少热能的释放。我们人类虽然不能换成冬季的毛发，但是我们却是通过增加衣物的办法来解决。当然人体在冬季也是要减少皮肤血液供应的，也要收缩皮肤毛孔的（这也是冬季人们皮肤不好看的原因）。生物采取的这些过冬的方法，我们人类是可以观察到的，祖先不能解释这是为什么，他们认为是'水’这一行“命令”生物所致。
所以，五行是祖先解释生命、气候规律现象的一个工具，祖先认为是由于五行的作用使万物、人体发生不同的状态变化。
在解释生命的形成的时候，我们的祖先认识到这是由于天地阴阳变化和相互作用的结果，但是仅仅有阴阳的变化还不足以产生万物，一定还有一个更关键的东西在起作用，使阴阳相互作用，让阴阳可以相互转化。祖先不知道这是什么原因，（对于生命之谜，我们现代人也不知道）但是知道一定有这么一个东西，它可以起到把阴阳进行相互转化的作用。联想到万物都是生长在土地上，长夏季节果实成熟、孕育生命，所以，这么一个东西一定与土有类似的共同点，所以，他们就把这么一个起作用的东西用'土’来命名它，土对应万物生长过程“生、长、化、收、藏”中的“化”，是“气”的化生作用，才产生了万物。
前面我们说到'土’的主要表现就是进行阴阳的相互转换，虽然在长夏季节'土’的作用表现最明显，但是天地阴阳化生万物的现象，四时都存在，生命各个状态的转化都需要“化”的作用，而“化”是由“土”来主管，所以为了解释动物生命现象，就有土居中央而统四方而不独主时的第一种五行的意义。这就是'木’居东方、'火’居南方、'金’居西方、'水’居北方、而'土’居中央的说法，就气候的寒暑程度而言。东边气候温暖、南方气候炎热、西方气候凉爽、北方气候寒冷、而中央气候湿润。如果按照五行来归类的话，只有东方属木、南方属火、西方属金、北方属水、中央属土了。
由于祖先认为是“五行”在主管着万物的表现，是“五行”让万物表现出不同的状态。如果人类冒犯了他们，他们就会惩罚人类，如是气候变化就会异常，农业收成就会有问题。比如冒犯了'木’这一行，草木、农作物的就不能很好地生长，这类似于祖先祈求雨水一样，所以在祖先眼里“五行”是一个非常神圣的东西，是不能冒犯的。在《尚书·甘誓》记录了夏王启讨伐有扈氏，而在甘地作的一场临阵演说。古书是这样说的：“嗟!六事之人,予誓告汝! 有扈氏威侮五行，怠弃三正，天用剿绝其命”。因为扈氏侮辱了“五行”
《内经》中的五行不是五种物质的归类，不是祖先把所有的事物都归为五类，对五种物质的归类应该称为五材。《内经》中几乎每一处出现的地方都说明五行不是五种物质的归类，如：《六徽旨大论》中的“帝曰：六气应五行之变何如？”；《五运行大论》中的“岐伯曰：天地动静，五行迁复”；《天元纪大论》中的“形有盛衰，谓五行之治，各有太过不及也”；“天有五行御五位，以生寒暑燥湿风。人有五脏化五气，以生喜怒思忧恐。论言五运相袭，而皆治之，终期之日，周而复始，”；《阴阳印象大论》中的“天有四时五行，以生长收藏，以生寒暑燥湿风”。《气交变大论》中有“五运更治，上应天諅”；《伤寒论》中有“天布五行，以运万类”。“五行迁复”、“五运相袭”，明显说明“五行”不是五种物质的归类，是五个东西在循环运动，而且《内经》五行基本上与四时同时出现，称为四时五行。是五行导致了气候的寒暑燥湿风变化，是五行导致了万物的生长化收藏五种状态的变化。
所以，五行对于人体的实质就是人体为适应环境而在内部进行的调整，是一种调节机制，应该是人体为适应规律变化的气候而设计的以生物钟为核心的化学调节机制，这一机制调节人体的能量和物质状态随着日、月、年的周期而变化。其实气候对人体的影响是客观存在的，但是我们现代医学还没有怎么重视。比如：我们大多数人在冬季都睡得比较香，而在夏季大部分人的睡眠质量就要差一些。在闷热的长夏季人们晚上更是难以入睡，闷热几天之后，突然一场大雨，气温凉爽了，晚上大家都美美的睡了一觉。对于中医来说低温，人体就会调整自己逐步进入“藏”的状态，人体在“藏”的状态就容易睡眠，因为在冬季万物潜藏，绝大多数草木都进入休眠状态了；夏天人们的皮肤就要好看些，秋冬季如果不图脂粉的话，许多人的脸上就会脱皮，脸色变黑。
归纳起来，五行在气候方面就是五种气候状态，对于万物而言就是为了适应五种气候而做的内部调整，是五种内部状态，这五种状态具有相生和相克的关系。五行是祖先解释气候成因和万物生长的工具，是它们采用的一种解释语言，是一种描述方法，要按照理解阴阳的方法来理解五行。
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