当“十月三日事件”爆发之初，龙云本要卢汉回师“勤王”，但中央早有防范，驻越中央军对入越滇军形成监视防堵的态势，并在数量上占优势，卢汉归路已断。而且，1945年10月1—5日，何应钦以视察受降为名亲抵河内，卢汉随侍左右，未得动弹。加以中央对卢汉也刻意笼络，10月3日事变当天，蒋介石派王叔铭持其亲笔函飞河内，委卢汉为云南省主席，“盼晓谕所属，以安众心。并望在越受降事竣，来渝一叙”。因此，卢汉遂按兵不动，中央军乃得顺利解决龙云。此后，卢汉对入越滇军加以整顿，撤换亲龙将领，巩固对滇军的掌控。
同年11月，卢汉赴重庆出席复员整军会议，向中央深明一己之忠诚，允诺将滇军调防北方；而中央为嘉勉卢汉，亦畀其主滇实权，卢汉仍享有对滇军的人事权，并设立云南省保安司令部归其指挥。12月1日，卢汉返滇就省主席职，并提出“保境安民”施政方针，宣称目前最重要的工作，“首在如何维持地方治安，力求社会安定，使人民得以安居乐业”，揭开治滇序幕。至于所部滇军则于1946年春开赴东北，参加国共内战。
抗战后各地方势力均大为削弱，云南因滇军外调、龙云被解决，情况尤为严重。卢汉虽出任民国时期滇省最后一任省主席，但手上无兵无财，且其主政仅短短四年，颇难有所兴替。加以国共内战瞬即爆发，胜负难定，政治情势混沌不明，在在影响卢汉的政治判断与作为。自卢汉出任云南省主席后，颇受中央在滇人员掣肘。先是抗战中期以后，中央军云集滇省，蒋介石特别成立云南警备总司令部，由中央军将领担任总司令，以钳制地方势力。
1946年6月，卢汉虽成立云南省保安司令部，以省主席身份兼任保安司令，但中央仍保留警备总司令部（当时全国仅云南及新疆设此机构），处处侵夺卢汉权力。同年7月，云南警备司令部又制造“李、闻惨案”（暗杀李公朴、闻一多事件），激发昆明学潮，带给卢汉极大困扰。而东北滇军第六十军所辖第一八四师，于当年5月底在辽宁海城投降中共，此为东北战场政府军投共首例，予卢汉刺激颇深。1947年10月，卢汉奉命至东北抚慰滇军，见军心涣散，东北局势已难维持，更觉前途险恶。
1948年12月，遭中央软禁三年的龙云由南京出走香港，寓居香江期间，屡派旧属返滇联系，要卢汉反蒋投共，也造成卢很大的困扰。此时政府军在辽沈、平津、淮海三大战役皆告惨败，蒋介石于1949年初自总统职引退，由与卢汉宿怨颇深的代总统李宗仁继任，卢汉益觉无可作为，乃萌携贰之心，开始与中共接触。同年4月20日，国共谈判破裂，中共军队渡江，南京于三天后政权易平，大局似已无可逆转。7月，卢汉派代表赴北平，谋与中共中央取得直接联系。12月9日，卢汉扣押在昆明的西南军政长官张群、第二十六军军长余程万、第八军军长李弥等军政要员，宣布云南起义，从而结束民国时期云南地方势力的统治阶段，中央与地方关系将进入另一新局。
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