很多时候，人们以为搞农村集体合作社就是搞集体合作经济，把集体合作经济和集体合作社混淆起来，容易产生误解。
集体合作经济是一种基本的经济制度，就象农村家庭承包责制一样。农村集体合作社是农村集体合作经济的重要载体，也是集体合作经济实现的主要形式，但不是唯一方式，家庭农场、农业企业、经营大户都是集体合作经济的主要载体和实现方式。
农村的合作社有多种，例如，各种种养殖业、加工业、社会化服务和公益组织都可以组建合作社，但一个村是不是建立起集体合作经济制度，关键是有没有建立集体资产股份制合作社，就是把集体所有的土地、资源、经营性的资产量化到每个家庭或社员个人，建立规范的集体资产合作社理事会、股东大会、监事会制度，以农民为主体，合作经营，民主管理，实现“资源变资产，资金变股金，农民变股东”，建立起集体合作经济制度后，农民可以参加专业合作社的经营活动，可以领办专业合作社，也依然可以自由承包土地经营，还可以从事非农经营，但他们凭集体合作经济组织的社员身份（股东），可以获得集体财产性的收入和集体资产增值的收益，获得农村集体互助合作的其他收益。