一、总体原则
2013年《国务院关于全国中小企业股份转让系统有关问题的决定》（国发〔2013〕49号）第六条规定，“市场建设中涉及税收政策的，原则上比照上市公司投资者的税收政策处理”。
二、股权转让所得
1、原始股解禁后转让（无论协议、做市、竞价）按20%税率征收个人所得税。
参考政策，《财政部 国家税务总局 证监会关于个人转让上市公司限售股所得征收个人所得税有关问题的通知》（财税[2009]167号）称，为进一步完善股权分置改革后的相关制度，发挥税收对高收入者的调节作用，促进资本市场长期稳定健康发展，经国务院批准，自2010年1月1日起，对个人转让上市公司限售股取得的所得按20%税率征收个人所得税。对个人转让从上市公司公开发行和转让市场取得的上市公司股票所得继续实行免征个人所得税政策。
2、新三板二级市场交易所得是否交个税，近期争议不断，最新消息是总局明确可暂时不用交个人所得税。
3、企业买卖股票/股权所得应缴纳企业所得税。
4、对证券投资基金管理人运用基金买卖股票、债券的差价收入，暂不征收企业所得税。
三、股息和红利所得
与上市公司（深交所、证交所，下同）一致。
《财政部 国家税务总局 证监会关于实施全国中小企业股份转让系统挂牌公司股息红利差别化个人所得税政策有关问题的通知》（财税〔2014〕48号）规定，个人持有全国中小企业股份转让系统挂牌公司的股票，持股期限在1个月以内（含1个月）的，其股息红利所得全额计入应纳税所得额；持股期限在1个月以上至1年（含1年）的，暂减按50%计入应纳税所得额；持股期限超过1年的，暂减按25%计入应纳税所得额。上述所得统一适用20%的税率计征个人所得税。（2014年7月1日起至2019年6月30日止）
四、印花税
与上市公司一致。
《关于在全国中小企业股份转让系统转让股票有关证券(股票)交易印花税政策的通知》（财税[2014]47号）规定，在全国中小企业股份转让系统买卖、继承、赠与股票所书立的股权转让书据，依书立时实际成交金额，由出让方按 1‰的税率计算缴纳证券（股票）交易印花税。
《关于转让优先股有关证券(股票)交易印花税政策的通知》（财税[2014]46号）规定，在上海证券交易所、深圳证券交易所、全国中小企业股份转让系统买卖、继承、赠与优先股所书立的股权转让书据，均依书立时实际成交金额，由出让方按 1‰的税率计算缴纳证券(股票)交易印花税。
五、增值税
1、个人从事金融商品转让业务免征增值税。
2、对证券投资基金（封闭式证券投资基金，开放式投资基金）管理人运用基金买卖股票、债券的收入免征增值税。
3、企业买卖股票（包括限售股）现已明确需按规定缴纳增值税，但新三板股权买卖增值税政策总局尚未明确。
近期，福建和厦门国税先后出台关于资管增值税热点问题的执行口径，其中对转让新三板的股权是否缴纳增值税反映了实操中的两种不同意见。
厦门国税认为，新三板市场属于全国性的非上市股份有限公司的股权交易平台，目前交易形式有协议转让和做市交易，两者在流动性上存在一定的差异。在总局进一步明确前，视为股权转让，暂不征收增值税。
福建国税认为，根据财税[2016]36号文金融商品转让，是指转让外汇、有价证券、非货物期货和其他金融商品所有权的业务活动。其他金融商品转让包括基金、信托、理财产品等各类资产管理产品和各种金融衍生品的转让。有价证券有广义与狭义之分，从广义的概念来看，有价证券包括了商品证券、货币证券和资本证券。其中，资本证券是指由金融投资或与金融投资有直接联系的活动而产生的证券，持券人对发行人有一定的收入请求权，包括股票、债券及其衍生品种如基金证券、可转换证券等。根据全国股份转让系统公司发布的《全国中小股份转让系统业务规则（试行）》和《全国中小企业股份转让系统股票转让细则》，二者均以“股票转让”定义“新三板”挂牌公司股份的转让形式，并且对相关股票转让行为进行规范。因此，“新三板”的股票交易行为属于股票交易形式的一种，属于转让有价证券的行为，应按照金融商品转让征收增值税。纳税人核算转让“新三板”股票销售额时，以取得股票（股份）时的交易价格确认买入价。
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