命门，生命之门也。《难经·三十六难》云：“命门者，诸神精之所舍，原气之所系也；男子以藏精，女子以系胞。”心中颇以为然也。然另云：“肾两者，非皆肾也。其左者为肾，右者为命门。”心中却颇不以为然也。以右肾为命门，《内经》所无。张介宾以为《难经》本出《内经》，《内经》传本可能有所脱误。然按今之解剖医学看，强分右肾为命门显然是荒谬的。肾为阴精之源，以此而言，以肾为命门是可以接受的。道家以下丹田为命门，其实便是指男子精囊和女子胞宫。从生命延续这层意思而言，这两个命门意思是一致的。肾为本，精囊藏精和胞宫系胞为用罢了。

其实，督脉亦有命门，位于第二、三腰椎棘突间，可调精可安胞亦是生命气息出入之门户也。

《灵枢·根结》云：“太阳根于至阴，结于命门。命门者，目也。”《灵枢·卫气》和《素问·阴阳离合论》亦有相同或相类之言。此以眼睛为命门也。杨上善以为肾上通太阳于目，故肾和目皆是命门也。其实杨氏是不需要如此刻意地去调和的。命门本为泛指，何必固为特指？盖肾为命门，命门不当特指肾也。下丹田为命门，命门亦不当特指下丹田也。目为命门，乃云目乃阳精所藏，代表了一个人基本的生命活力，故目为命门，太阳所结，生命活力之门也。现代解剖医学表明，目系于脑，连着丘脑和垂体。故人死而目闭，活力失也。

以此言之，天可有三门，人何必拘泥一门？肾与男子精囊或女子胞宫乃生命传承之门，少阴主之。督脉生命气息出入则可云命门穴，督脉主之。而眼睛就是生命活力之门罢，太阳主之。