【 絮语】
保守区选择是系统发育分析过程中一个重要的步骤,对于信息位点足够多的建树序列,该步骤更是必不可少。之前在《贝叶斯法重建系统发育树》一文中,对在线版的Gblock使用已作初步介绍。然而,在实际分析过程中,由于服务器的限制,大数据则无法进行在线操作分析。为此,本文简要图解本地Gblock的操作流程,以飨初学者。
【流程】
1. Block 参数设置
根据菜单提示,先行设置Block 参数,输入参数设置前面的英文字母b,回车即可显示具体参数,如下图:
该参数主要是对于gap的处理,共有5条选项可供设置,其中第5条最为主要。对于Gap位置的处理有三个标准:None、With half和All,即对应全部删除Gap、保留一半Gap和保留全部Gap,具体依据数据分析需要而选择。
2. 序列类型设置
返回主菜单后,输入o,提示输入文件名称(含扩展名),本示例文件名为同目录下的RNA2.fas,故可以直接输入RNA2.fas 后回车,程序默认识别为蛋白质序列(Protein),如下图所示:
此时需要根据实际情况修改,本例数据RNA.fas是基于密码子方式的比对,故序列类型应为Codon,在Your Choice后输入t将序列类型切换至Codon即可。
3. 获得保守区
参数设置完毕,返回主菜单(m),输入g回车,程序会给出原始序列长度和裁切后的序列长度,如上图,gblock处理后得到的序列长度约为原始的78%。同时,Gblock处理后在目录下,生成两个文件,一个是-gb(默认扩展名,可修改),另一个是htm的网页文件。
为方便后续分析,可以直接将文件名中的-gb移至.fas前,此时扩展名发生变化,系统会提示,可直接“是”确定。
得到的序列为fas序列文件,可以直接用MEGA打开,示例序列Gblock后长度为2466,为3的倍数(Codon比对)。
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