【 絮语】
保守区选择是系统发育分析过程中一个重要的步骤，对于信息位点足够多的建树序列，该步骤更是必不可少。之前在《贝叶斯法重建系统发育树》一文中，对在线版的Gblock使用已作初步介绍。然而，在实际分析过程中，由于服务器的限制，大数据则无法进行在线操作分析。为此，本文简要图解本地Gblock的操作流程，以飨初学者。
【流程】
1. Block 参数设置
根据菜单提示，先行设置Block 参数，输入参数设置前面的英文字母b，回车即可显示具体参数，如下图：
该参数主要是对于gap的处理，共有5条选项可供设置，其中第5条最为主要。对于Gap位置的处理有三个标准：None、With half和All，即对应全部删除Gap、保留一半Gap和保留全部Gap，具体依据数据分析需要而选择。
2. 序列类型设置
返回主菜单后，输入o，提示输入文件名称（含扩展名），本示例文件名为同目录下的RNA2.fas，故可以直接输入RNA2.fas 后回车，程序默认识别为蛋白质序列（Protein），如下图所示：
此时需要根据实际情况修改，本例数据RNA.fas是基于密码子方式的比对，故序列类型应为Codon，在Your Choice后输入t将序列类型切换至Codon即可。
3. 获得保守区
参数设置完毕，返回主菜单（m），输入g回车，程序会给出原始序列长度和裁切后的序列长度，如上图，gblock处理后得到的序列长度约为原始的78%。同时，Gblock处理后在目录下，生成两个文件，一个是-gb(默认扩展名，可修改)，另一个是htm的网页文件。
为方便后续分析，可以直接将文件名中的-gb移至.fas前，此时扩展名发生变化，系统会提示，可直接“是”确定。
得到的序列为fas序列文件，可以直接用MEGA打开，示例序列Gblock后长度为2466，为3的倍数（Codon比对）。
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