#数据库#（NIF）神经科学信息框架数据库

全球神经科学神经科学信息框架是一个web资源的存储库,包括实验、临床和转化神经科学数据库、知识库、遗传/基因资源等，提供了许多权威的与神经科学相关的数据链接。

神经科学信息框架(NIF，Neuroscience Information Framework)是美国国立卫生研究院的计划蓝图神经科学研究所,成立于2004年的国家卫生研究院(National Institutes of Health)。

NIF的发展始于2008年,在加州大学圣地亚哥分校医学院的获得了NIH合同创建和维护基于网络的神经科学数据的动态库存、资源和工具,科学家和学生可以通过任何一台电脑连接到互联网访问。这个项目由以国家显微成像研究中心主任(NCMIR) Maryann Martone带领，是多学科研究中心的生物系统的一部分(crbs),总部在加州大学圣地亚哥分校。

数据库主页http://www.neuinfo.org/

左侧为NIF工具列表，包括数据库介绍，人群信息，发表信息，tutorials说明等等。还提供了 很多service工具。在中间为搜索栏，我们可以在搜索栏输入要检索的词条，包括神经系统的组织如小脑，相关软件，以及基因等。这里我们以基因grm1检索为例。

左侧为检索结果分类，如cell level的有15个结果，function level的有283个结果，gene level的有31116个结果，molecule level的有46个结果。中间是详细的结果，包括链接到各个数据库的和基因GRM1相关的信息。

以CTD为例，我们打开之后可以看到所有在CTD数据库中记录的和GRM1相关的词条信息。图中第一列违纪并，第二列为相关通路，第三列为基因。

ChemPathway是一个不同于KEGG的另一个通路数据库，这里的数据都是经过试验校正的curation of biological pathways，可以看到右侧organism记录了试验的组织信息，包括人类和小鼠，以及其他物种。左侧第一列为验证的和基因相关的生物学通路。

除此以外，NIF提供了相当丰富的链接资源网站，包括分子功能，突变信息，功能注释，细胞系等等。

NIF还提供了丰富的web server工具，如下图所示

NIF service

我们提供了大量的web service工具，大多数工具都是基于REST（Representational State Transfer）的。输入参数的格式可以在下面个人服务描述中找到相关说明，输出参数可以保留原始数据格式也可以是XML格式。更多信息可以访问http://code.google.com/p/rest-client/.

我们通过NIF搜索，持续增加和更新数据资源和更多信息。目前我们在以下几个资源发表了REST

Ontolgy:这些services为NIF词汇提供接口，便于查询和建立联系。更多信息可以访问http://code.google.com/p/rest-client/.

Database Index Query Services:这些serve允许用户连接到NIF数据联盟目录，用户可以在那里查询到NIF收录的神经科学相关数据，通过编程界面匹配关键词或内容。更多信息请访问https://confluence.crbs.ucsd.edu/display/NIF/NIF Web Services.

SPARQL Endpoint

NIF管理下的SPARQL工具包含了大量NIFSTD本体论数据，正如默认图片URI展示的，提供了用于查询的关键词，相关内容，以及额外条目等所需词汇。当一个检索词或一个查询词被输入，HTML上方就会展示出相应的默认结果。如图所示