1697年（康熙三十六年），圣祖在向噶尔丹招降无效后，决定进行第三次亲征。将兵分两路，圣祖亲至宁夏，进抵狼居胥山，时噶尔丹内部已众叛亲离，身傍不足百人，又无驼马牛羊，饮食几尽，余众皆怨声载道，噶尔丹走投无路，一筹莫展，于1697年 （康熙66年），走死阿察阿穆塔台 。
噶尔丹败亡后，由其侄策旺阿拉布坦统治西蒙古地区。策旺阿拉布坦是僧格次子，1688年（康熙二十七年），噶尔丹为巩固其统治欲加害于他。策旺与僧格旧属率领部众5000人逃往额琳哈必尔噶，以博罗塔拉为根据地，招纳准噶尔部众，收并土尔扈特部1500户，不断扩张自己的实力，并取得清朝的信任和支持，与噶尔丹相对抗。圣祖亲征时，策旺阿拉布坦又乘机占领伊犁河流域及阿尔泰地区，自立为汗。他在平定噶尔丹之乱中，积极配合清军派兵夹击噶尔丹，要擒获噶尔丹，使噶尔丹处于腹背受敌、进退维谷的绝境。清朝之所以能迅速平定噶尔丹的扰乱，也是与策旺阿拉布坦占领噶尔丹的大后方、堵绝其归路分不开的，故策旺在清朝平定噶尔丹之乱中有很大作用，受到清朝的支持和赏赉。
策旺阿拉布坦统治西蒙古地区后，清朝将噶尔丹重要部属及准噶尔部旧游牧区赐给他，使之实力大为增强。优越的客观条件使策旺的欲望不断膨胀，他除统治新疆外，并企图染指青海，受清政府劝阻，计谋未能得逞。后又吞并土尔扈特部散札布属部15000余户，征服回疆。
1698年和1699年 （康熙三十七、八年），相继出兵哈萨克，夺取额尔齐斯河两岸及哈萨克草原的大片地方，势力伸张至锡尔河下游 （今哈萨克斯坦共和国境内），准噶尔达到最盛时期。
策旺阿拉布坦统治时期，对外采取抗击沙俄政策，与沙俄侵略军进行针锋相对斗争。当时，沙俄已侵占了准噶尔的很多游牧地和属地，被准噶尔部队阻遏在今克拉斯诺亚尔斯克至鄂木河河口一线以北，以南为准噶尔所控制。但沙俄侵略者贼心不死，仍不断派人至策旺阿布坦处进行威胁利诱，提出各种无理要求，遭到策旺的严词驳斥。
1715年 （康熙五十四年），沙皇派遣以布赫戈利兹为首的一支3000人的侵略军，侵入准噶尔亚梅什地区，建立军事要塞。策旺阿拉布坦闻讯后，即于1716年（康熙五十五年）二月派遣大策凌敦多布，率领1万人队伍，将侵略军团团围困，进行猛烈攻击，敌人伤亡十分惨重，由侵略据点托穆斯克派遣的增援部队亦被卫拉特军捕获，最后只剩下700人狼狈而逃，是为著名的亚梅什湖之战。
1720年（康熙五十九年），策旺阿拉布坦之子噶尔丹策凌，又率领两万军民，击退了入侵斋桑湖一带的利哈列夫沙俄侵略军。策旺阿拉布坦并不断派人到被沙俄侵占地区的属部，征收实物税，和沙俄殖民当局进行坚决的斗争。后来，沙俄又多次派遣使者，1772年派遣以翁科夫斯基为首的使团等，至策旺阿拉布坦处，对他进行威胁利诱，要其让与领土，承认自己是俄国臣民，遭到策旺阿拉布坦拒绝，并与之进行坚决斗争，沙俄侵略阴谋终未能实现。
策旺阿拉布坦对内采取逐步扩充实力政策。初，他为仰仗于清朝支持，和清朝保持友好睦邻关系，待实力强大后，和清朝反目。
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