1、什么是3DSlicer?
- 用于医学图像的分析(包括配准和交互式分割)和可视化(包括3D渲染)以及用于图像引导治疗研究的软件平台。
- 适合多种操作系统的免费开源软件:Linux,MacOSX和Windows。
- 可扩展,具有强大的插件功能,可添加算法和应用模块。
- 支持多模态成像,包括MRI、CT、US、PET、超声和核医学等。
- 可以对病灶进行建模、3D打印,定位、制定手术规划、手术预演、与家属交代病情、多模态融合(比如镰旁脑膜瘤患者将肿瘤、纤维束、动脉、静脉全部融合在一起)。
使用没有任何限制,目前多应用于研究,发文章不错哦。2、我在哪里可以下载3DSlicer?
- 可以通过访问官方网站下载3DSlicer:https://download.slicer.org
- 您还可以使用下载页面中的offset参数获取旧版本。例7天前的下载页面:https://download.slicer.org/?offset=-7
- 国外服务器下载失败可以在国内服务器上进行下载,网址为:https://forum.slicercn.com/t/topic/40
- 操作系统:windows、macosx或linux
3、我在哪里可以下载更早版本的3DSlicer?
http://slicer.kitware.com/midas3/folder/2744、3DSlicer是否有中文版本?
虽然3DSlicer社区曾对早期版本进行了汉化工作,但由于3DSlicer版本更新速度太快,新版本又增加了很多新的模块,并且针对以往的Bug做了改进,算法得到了优化。限于精力目前不再进行中文版本的更新工作。Slicer使用美国英语惯例,目录路径仅能使用ASCII字符,所以不能有中文的文件目录和路径,也不支持中文的文件名。
5、如何安装Slicer?
打开下载网页:http://download.slicer.org,单击与您操作系统对应的链接进行下载,操作系统必须是64位的。''(replace version number as appropriate)''
$ tar xzvf ~/Downloads/Slicer-4.6.2-linux-amd64.tar.gz -C ~/
$ cd ~/Slicer-4.6.2-linux-amd64
$ ./Slicer
关于某些Linux发行版的注意事项可能需要额外的软件包,例如对于Debian Linux 9上的Slicer 4.9,如果您遇到错误的库,则可能需要运行此命令:sudo apt-get install libpulse-dev libnss3 libasoundWindows系统:双击下载的Slicer-4.10.2-win-amd64.exe程序,按照屏幕上提示进行安装即可。Mac OSC系统:双击下载的Slicer-4.10.2-macosx-amd64.dmg程序包,拖放Slicer.app到桌面或应用程序中。注:3DSlicer不能应用在安卓或苹果的手机系统。
6、3DSlicer真的免费吗?
3DSlicer是真正免费使用的,而且开放源代码,并没有像其他软件试用版本的功能缩减。7、我在哪里可以找到3DSlicer爱好者?
https://discourse.slicer.org
国内我们也建了一个Slicer中文论坛,注册人数超过2500人,中文交流更方便。https://forum.slicercn.com
同时我们还有四个微信交流群,如果您对3DSlicer感兴趣,可以加caoyufu微信好友,注明姓名医院专业,方便拉入微信群进行交流学习。8、我可以使用3DSlicer对病人进行治疗吗?
在美国3DSlicer目前用于研究工作,没有FDA批准或任何其他组织的批准应用于临床。使用3DSlicer的用户有责任遵守当地所有法律法规以及道德和伦理准则。在国内不建议将3DSlicer作为诊疗的唯一手段。9、3DSlicer无法启动怎么办?
在Slicer-4.10中运行Slicer的计算机必须支持OpenGL 3.2,在Windows 10上运行的英特尔集成GPU和一些NVidia GPU(Quadro系列)现在均支持运行当前的OpenGL版本。但是,在虚拟机上或通过远程桌面连接到计算机时,可能无法满足此最低要求。另外操作系统需为64位系统。
10、如何卸载Slicer?
- 在Windows上,从“开始”菜单中选择“卸载”选项。要清理设置和扩展模块,请删除“C:\Users\〜\AppData\Roaming\NA-MIC\”
- 在Mac上,删除Slicer.app文件。要清理设置,请删除“〜/ .config / www.na-mic.org /”
- 在Linux上,删除应用程序所在的目录。要清理设置,请删除“〜/ .config / NA-MIC /”
11、我在哪里可以找到3DSlicer教程?
12、我应该使用哪种3DSlicer版本?
- 通常情况下Slicer3和Slicer4在基础操作方面具有大致相似的功能,但是Slicer3版本不再被主动维护。
- Slicer4在过去几年中已经修复了数百个错误,不仅扩展了功能,而且经过优化获得了更好的性能。而且sliceer4现在使用ITKv4,其在许多情况下能提供更好的结果。
- 目前建议应用稳定版:Stable Release:4.10.2(修订版28257),需要注意的是稳定版的修正版本号也在更新。
- 如果想尝试更多新加入的功能模块,可以同时在电脑中安装预览版。
13、3DSlicer能够应用的数据都有哪些格式?
3DSlicer能够应用的最基本的格式为DICOM,DICOM格式包含有患者姓名、医院、检查日期、扫描方式、层厚等参数,通常CT和MRI扫描都会生成DICOM格式。我们要取得这些数据最简洁的方式是通过PACS系统,或者到影像科刻录光盘。其次Slicer也可以处理nii、nii.gz、nrrd、img等格式。3DSlicer也可以处理一系列的jpg、tiff或png格式,但需要知晓图像的比例尺和层厚数据,处理的效果远不如DICOM。具体载入方法请参照公众号SlicerCN中的相关文章。
14、为什么没有开发Windows 32位程序?
Win 32的应用程序可用内存非常有限,不超过4G,某些算法会将内存耗尽而导致电脑死机。而3DSlicer运行的内存最小要求应该是8G,因为硬件的原因但用户会以为是3DSlicer软件的问题,所以官网也不提供32版本的更新。15、轴位图像很清晰,但是冠状位和矢状位图像模糊什么原因?
应用于3DSlicer三维重建的数据仅需要轴位、矢状位或冠状位其中之一即可。如导入到3DSlicer中的图像为轴位图像时,3DSlicer会根据轴位图像重建矢状位和冠状位图像,此时如果轴位图像扫描层厚偏大时,轴位图像为原始图像,一般会很清晰,而重建之后的矢状位和冠状位图像则会模糊。要想达到满意的重建效果,建议影像扫描层厚1mm以下,血管重建建议0.625mm。如下图所示为扫描层厚5mm的头颅CT数据重建效果,原始数据为24幅轴位图像。
下图为扫描层厚0.625mm的头部CTA数据重建效果,原始数据为579幅轴位图像(包括头颈部)。
16、导入数据后界面无图像显示是什么原因?
首先要检查一下数据目录及路径是否为中文,文件名是否为中文,3DSlicer软件不支持中文。
导入出错的其他原因可以参照公众号文章,数据导入教程。也可在3DSlicer中文论坛中搜索“数据”查看相关文章。
数据导入的4种方法:https://forum.slicercn.com/t/topic/265
也可以应用第三方软件转换成nii、nii.gz格式后再导入到3DSlicer中。常用的软件有Mango、Dcm2nii、MRIConvert等,3DSlicer中文论坛中均有下载地址。
17、安装3DSlicer后界面缺少一些插件怎么办?
我们习惯将3DSlicer中的插件称作模块,一些模块是3DSlicer自带的,还有100多个模块是需要在线进行安装的。具体的安装方法可以参照3DSlicer中文论坛中的“关于扩展模块(插件)问题汇总”贴,论坛搜索“模块”即可。18、什么样配置的电脑能够流畅运行3DSlicer软件?
主流的游戏本电脑为首选,建议多核CPU、内存至少8G,独立显卡GTX1060 4G显存以上配置,最好再配置一块SSD硬盘,读取数据会更快,笔记本电脑屏幕建议15.6英寸或17.3英寸(便携性差)。- 神州战神Z7-CT5NS:i5-9300H/GTX1660Ti/16G内存/512G SSD/窄边框/15.6吋IPS屏(性价比高)
DELL G系列G3(旧模具性价比高) 15.6英寸游戏本i7-9750H 16G内存 512G SSD GTX1660Ti MQ6G独显 FHD屏幕(上门售后,只换不修,可以延保)
DELL G系列G7(新模具更好看) 17.3英寸高端游戏本 G7 7790-R1785B i7-9750H 16G内存 512G SSD RTX 2070MQ 8G独显 FHD屏幕(比外星人性价比高)
注:以上推荐仅作为2019年购买笔记本电脑的参考,因硬件升级很快,2020年很快这样配置就不是主流了,以上仅供大家参考,因购买后出现质量及体验问题,本人概不负责。
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