最近对miRNA靶基因预测感冒,看了一些miRNA靶基因预测的文章,对miRNA靶基因预测有一些初步的了解,那么哪些miRNA靶基因预测软件比较好呢?下面摘自关于miRNA靶基因预测的其中一篇文献:
Sethupathy[1]总结评估了应用最为广泛的6个miRNA靶基因预测软件,认为针对3'UTR区域保守的miRNA作用位点,使用PicTar和TargetScanS两个miRNA靶基因预测软件的预测结果交集比较好。
[1]. P. Sethupathy, M. Megraw,, A. G. Hatzigeorgiou (2006) A guidethrough present computational approaches for the identification ofmammalian microRNA targets., Nat Methods ,3(11) ,881-886.
PubMed下表是miRNA靶基因预测的网站
通过在miRBase数据库查询miRNA,可以链接到TargetScanS和PicTar,
http://www.mirbase.org/miRNA靶基因预测方法 网址 检索范围 算法特点 miRanda
http://www.microrna.org/microrna/home.do 人,果蝇, 斑马鱼 序列匹配, 双链结合自由能, 物种间保守性 TargetScan/TargetScanS
http://www.targetscan.org/
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