在签订股权转让协议之后，工商变更登记之前，有纳税义务或代扣代缴义务的转让方或受让方，就应该到主管税务机关办理扣缴申报。
其主管税务机关为：发生股权变更企业所在地的地税局。
（一）个人所得税
谁缴？受让人（新股东）在向转让人（原自然人股东）支付股权转让款项时有代扣代缴个人所得税的义务，税率为20%。
可是有的时候股权转让收入和股权原值不一样，如何确定股权转让价格是不是明显偏低呢？比如申报的股权转让价格低于初始投资成本，或是低于相同或类似条件下同行业企业股权转让价格…但如果该企业已经连续三年亏损了，低价转也是合理的。（不过一直亏损，你还接盘？）另外，如果是转让给配偶、父母、子女等有血缘或抚养关系的人，也视为有“正当理由”低价转让。
（二）企业所得税
企业股东转让股权，会涉及企业所得税。股权计税成本及与股权转让相关的印花税等税费可以扣除，税率为25%。（小型微利企业，减按20%征收，高新技术企业，减按15％的税率征收。）
（三）印花税
你知道吗？股权转让合同是要贴印花的，根据《中华人民共和国印花税暂行条例》附件规定，产权转移书据的税率为：按所载金额万分之五贴花。比如原股东A、B，出资额分别100万、150万，现在A转50万给C，B把150万全部转给C，那么A缴印花税50万x0.05%=250元，B缴印花税150万x0.05%=750元，C缴印花税 （50万+150万）x0.05%=1000元
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