焦虑症(Anxiety)是由即将发生的应激性事件引起的一种担忧反应，以恐惧、担心、紧张等精神症状为主要表现，同时多伴有心悸、多汗，手脚发冷等能紊乱,是最常见的精神疾病之一。 抑郁症(Depression)是一种情感障碍性疾病，核心症状是情绪低落、兴趣和愉悦感缺乏以及意志力减弱，还包括有不适宜的负罪感、失眠、食欲不振甚至自杀倾向等症状。抑郁症是全球主要致残原因之一，其发病率也在逐年上升，预计到2030年将成为世界上最大的医疗疾病负担。
焦虑症和抑郁症在遗传易感性以及神经病理上有很多相似之处，它们都倾向于由应激性生活事件引发，并存在神经递质和神经内分泌功能的紊乱，两者的共病率也高达60%。由于焦虑症和抑郁症的发病机制尚未阐明，而且缺乏明显的生理症状，导致很难对患者在早期进行确诊并及时治疗，使得精神症状慢性化，并发展到难以治疗的阶段。
焦虑症和抑郁症的发病机制都非常复杂，与其他精神疾病一样也受到多因素的共同作用。近年来研究表明肠道微生物也可能对这两种精神疾病有着重要的作用。已有研究显示活动期的重症抑郁症患者的肠道菌群与正常人有所不同，而肠道中特定的细菌丰度与焦虑水平也直接相关，小鼠摄入空肠弯曲杆菌后会出现焦虑的表现，这些肠道微生物有希望作为焦虑症的生物标记物。最新的研究表明，肠道微生物在饮食质量和抑郁症中也起到中介作用，饮食质量较差导致肠道菌群改变可能会诱发和加剧抑郁症状，相反，饮食质量提高则能够避免或缓解抑郁症状。
关于胃肠道疾病的介绍中已经提到过胃肠道疾病和焦虑、抑郁等精神疾病可以通过脑一肠轴互相影响，肠道微生物一方面也能通过脑肠轴影响焦虑和抑郁。比如通过介导全身性的炎症反应来影响中枢神经系统调节情绪的功能区域，研究人员也证实抑郁症患者血波中存在多种促炎因子浓度的升高。此外，肠道微生物也能通过代谢途径对焦虑和抑郁产生影响:首先，肠道菌群代谢产生的短链脂肪酸能调节体内5 -羟色胺的水平，而5-羟色胺水平的降低是导致抑郁症的直接原因；此外肠道南群能影响宿主的营养吸收和代谢，，从而影响大脑营养和功能，被来越多的动物和临床实验表明，补充益生菌可能是一种简单又有效的预防、治疗焦虑症和抑郁症的方法：口服益生菌可以逆转应激所导致的焦虑和抑郁，摄入瑞士乳杆菌的小鼠可以避免高脂肪饮食导致的焦虑行为，而给予婴儿型双歧杆菌则能缓解因母子分离带来的沮丧和抑郁。
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