3 中医学的模糊思维与主观性
（1）理论体系的主观性
中医理论体系的主观性主要受其传统研究方法的影响。中医传统的研究方法是在抽象思维的基础上加以临床验证，其抽象思维方法主要采取了“由外察内”与“取类比象”的推理方式。由于历史的原因，古人缺乏现代的研究手段，“由外察内”与“取类比象”在当时的历史条件下不失为一种先进的思维方法与研究手段，因此“由外察内”与“取类比象”在中医学基本理论奠定的过程中作出了很大的贡献。然而正是由于“由外察内”与“取类比象”的研究方法，使得中医学对人体生理病理改变的解释在很大程度上依赖于前人的主观推理，并由此旦生了众多的学术流派，并逐渐形成了各家学说。各家学说的存在，使得我们对疾病生理病理的认识，可以相对比较自由的选择不同的学术流派，作出不同的解释，带来了很大的主观性。
一个典型的例子就是中药学在金元时期形成了“法象药理”，即是用“取类比象”的方法解释中药的药性。例如因为血液是红色的，同时由于许多活血化淤的中药外观呈红色，就解释说“色红入血”。显然并不是所有红色的物质（或者说动植物甚至中药）都具有活血化淤的功效，同时许多不具备红色外观的中药如水蛭、蜈蚣等也具有活血化淤的作用。所以“取类比象”的思维方法有其固有的缺陷性。
在新的历史时代，依赖于严格逻辑推理的科学思维方法得到了广泛的应用，加之中医学的理论体系已经建立并较为完善，我们不应该再推崇应用“由外察内”与“取类比象”的推理方式研究与解释疾病。
（2）诊断的主观性
与西医诊断学不同，中医诊断多为主观诊断。首先是诊断方法具有很强的主观性。再如中医的望诊与舌诊虽然有系统的学术理论，可是在临床实践上几乎主要取决于运用者对理论的感悟能力，因为感知人体皮肤的颜色与光泽、患者眼神以及脉搏跳动的轻微变化具有相当的主观性与模糊性。临床上目前还没有很好的物理仪器能完全替代舌诊与脉诊。
其次是病名诊断具有一定的主观性。与西医对病的认识不同，中医对病的诊断往往是对患者某一症状的诊断，如咳嗽、水肿等在西医都只是一个症状，在中医却可成为一种病名，由于同一患者往往具有多个症状，究竟该以患者那个症状为主作出诊断，这很大程度上依赖于医师的主观判断这就容易导致诊断的不统一。
（3）治疗的主观性
辨证论治是中医的特色之一，但由于中医诊断体系的不唯一性，中医对证的诊断也不具有唯一性，例如对同一个患者，常常既可使用八纲辨证诊断为“阴虚阳亢”，又可使用脏腑辨证诊断为“心肾不交”，还可使用六经辨证诊断为“少阴热化证”，三焦辨证诊断为“下焦肾燥证”，卫气营血辨证诊断为“热入营分证”。对证的辨识不同，带来了选方用药的差异。可见中医辨证体系多样，证型复杂，同一证型可选择的方药更是多种多样，因此辨证论治作为一种临床指导思想，其取得疗效的高低，往往取决于运用者在临床经验、理论修养、思辨能力等综合表现出来的“领悟”能力。领悟是一种人个素质决定的个人体验，有很强的主观性，在非中医工作者看来，容易产生神秘主义看法。
中医临床治疗上还有一个特点就是随证加减。根据每一个患者体质与症状的不同，对传统方剂进行适当的加味或者减味。由于加减药物的选择缺少严格的限定，只要符合患者的基本病机，在同类药物的选择上大多数医师的随意性较强,进一步加重了用药的差异。其实如果对中药学有着深入的研究的话，同类药物的选择上有很深的学问，并不具备太多的随意性。不幸的是，由于辨证论治可以适应于临床的绝大多数情况，甚至在许多人看来，任何情况下均可采用辨证论治的方法进行治疗，目前精通中药学的临床人员并不太多。
既然中西医理论的差异、部分中医理论的神秘主义色彩、中医学的主观性与不确定性导致人们一再对中医学的科学性提出严重质疑，那么认识中医学与西医学理论体系的差异似乎就成了打开中医药理论科学内涵的一把钥匙。
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