细菌性肝脓肿多无典型临床表现，急性炎症期常被原发病所掩盖。本病一般起病较急，由于肝脏血运丰富，一旦发生化脓性感染后，大量毒素进入血循环，引起全身脓毒性反应。临床上常继某种先驱性疾病(如胆道蛔虫病)以后突然寒战、高热和肝区疼痛等。主要临床表现如下：
1.寒战和高热 多为最早症状，也是最常见的症状。病人在发病初期骤感寒战，继而高热，发热多呈弛张型，体温在38～40℃，最高可达41℃，寒热往来伴大量出汗，脉率增快，一天数次，反复发作。
2.肝区疼痛 炎症引起肝脏肿大，导致肝被膜急性膨胀，肝区出现持续性钝痛；出现的时间可在其他症状出现之前或之后发生，亦可与其他症状同时出现，疼痛剧烈者常提示单发性脓肿；脓肿早期为持续钝痛，后期常为锐利剧痛，随呼吸加重者常提示肝膈顶部脓肿；有时疼痛可向右肩放射，左肝脓肿也可向左肩放射。
3.乏力、食欲不振、恶心和呕吐 由于伴有全身性毒性反应及持续消耗，乏力、食欲差、恶心和呕吐等消化道症状较为常见。少数病人在短期内表现精神萎靡等较严重病态，也有少数病人出现腹泻、腹胀或较顽固性的呃逆等症状。
4.体征 肝区压痛和肝大最常见；右下胸部和肝区有叩击痛；有时出现右侧反应性胸膜炎或胸腔积液；如脓肿位于肝表面，其相应部位的肋间皮肤呈红肿、饱满、触压痛及凹陷性水肿；如脓肿位于右下部，常见有右季肋部或右上腹部饱满，甚至可见局限性隆起，常能触及肿大的肝脏或波动性肿块，并有明显的触痛和腹肌紧张等；左肝脓肿时，上述体征则局限在剑突下。晚期病人可出现腹水，这可能是由于门静脉炎以及周围脓肿的压迫影响门静脉循环及肝功能受损伤，长期消耗致营养不良和低蛋白所致。继发于胆道梗阻的病人，都伴有黄疸。其他原因的化脓性肝脓肿，一旦出现黄疸，则表示病情严重，预后不良。以上为典型的肝脓肿表现，值得指出的是，由于目前诊疗技术的进步，抗生素的早期应用，上述典型表现已不多见，而常以腹痛、乏力和夜间盗汗为主要症状。
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