古人云：物以类聚，人以群分。药物分类也是由来已久，在《神农本草经》“三品分类”以前，《周礼》的“五药”即可视作药物分类的萌芽，汉代郑玄注日：“五药，草、木、虫、石、谷也。“成书于东汉的《神农本草经》虽然建立了三品分类法，但未按药物的种属、亲缘关系分类，说明当时对药物的认识仍处于早期的萌芽阶段。
1早期的药物分类—三品分类
从南北朝时期陶弘景集《本草经集注》、唐代苏敬等《新修本草》，到宋代唐慎微编《证类本草》，药物在分类方法上一直没有太大的突破。
《本草经集注》首创按自然属性分类的方法，将药物分为玉石、草、木、虫兽、果菜、米食、有名未用7部。
《新修本草》将药物分为玉石、草、木、禽兽、虫、鱼、果菜、米谷、有名未用9部，其中的虫部就是从虫兽部分出的，故实际上只增加了鱼部。
《证类本草》的分类也没有跳出旧有的框框，将药物分为玉、草、木、人、兽、禽、虫鱼、果、米谷、菜、有名未用ll部，真正增加的只有人部。
此3书在每类之下，继续分上中下三品，呈现出按部分类与三品分类并存的格局。然而，这种分类方法也暴露出不少问题，如药物的种属关系没有体现出来；物种进化的规律更无迹可寻；三品的划分又不易把握，要检索某种药物十分困难。正如李时珍所指出的：“或一药而分数条，或二物而同一处；或木居草部，或虫入木部；水、土共居，虫、鱼杂处。……名已难寻，实何由觅?”也就是说，以往那种分类方法，不但药物的名称在书中难以寻觅，而且容易造成对药物性味、主治的错误判断。
2《本草纲目》的1 6部60类分类法
毫无疑问，在药物分类上贡献最大的人当属明代医药学家李时珍。《本草纲目》在废除三品分类法、改变部类的基础上，建立了16部60类分类法，使全书结构井然有序，面貌焕然一新。李时珍将l，892种药物，归入16部之60类中，这是一项十分复杂、艰巨而细致的工作。我们认为，李时珍如此立部分类，在分类学上是一个伟大的科学创举，它是对前人药物分类思想的巨大突破。
16部的名称和顺序为：水部、火部、土部、金玉部、草部、谷部、菜部、果部、木部、服器部、虫部、鳞部、介部、禽部、兽部和人部。这种分类方法的优点是什么呢?
首先它暗中贯彻了三大部类的分类原则。先分无机物和有机物，有机物中又分植物与动物，始终遵循“从贱至贵”的原则，基本上符合进化论的观点。无机界包括水、火、土、金石4部；植物界有草、谷、菜、果、木、服器(植物制品)6部；动物界为虫、鳞、介、禽、兽、人6部。
其次，这种分类具有一定哲学思想作指导。在无机物中，先列水、火，因其对维持生命极为重要，符合金元以来医学界的基本观点；然后是万物生长离不开的土。金石出于土中，故列于其后。
在植物中，草、谷、菜属草本，果、木属木本，表明先有低级植物，后有高级植物。服器属于草木制品，归属其后，亦合乎情理。在动物中，由虫到兽，从无脊椎到有脊椎，由低级动物到高级动物，依次排列，而人居最后。人为万物之灵长，从生物学上看是最高等的动物。这种先后次序排列，实质上和生物进化论是不谋而合的。
但是，部的分类法只是一个大纲，若按16部分类，每一类仍过于庞杂，仅草部就有439种药物，还是不易全面掌握。于是，李时珍进而创立了60类分类法，也就是在每部之下再细分若干类。这样纲目就更加清晰了。
60类的名称和它所属的部为：水部有天水、地水两类；火部有火类；土部有土类；土金石部有金、玉、石、卤石4类；草部有山草、芳草、隰草、毒草、蔓草、水草、石草、苔草、杂草、有名未用10类；谷部有麻麦稻、稷粟、菽豆、造酿4类；菜部有荤辛、柔滑、瓠菜、水菜、芝耳5类；果部有五果、山果、夷果、瓠果、水果6类；木部有香木、乔木、灌木、寓木、苞木、杂木 6类；服器部有服帛、器物两类；虫部有卵生、化生、湿生3类；鳞部有龙、蛇、鱼、无鳞鱼4类；介部有龟鳖、蚌蛤两类；禽部有水禽、原禽、林禽、山禽4类；兽部有畜、兽、鼠、寓、怪5类；人部有人类。
正因为有了60类的划分，读者对药物类别的把握就可以更加准确，了解也就更深入了。譬如，草部的山草、隰草、水草、石草是按草的生长环境来归类的。芳草、毒草按气味、毒性划分；蔓草则依形态而定。果部的山果、水果也是按生长环境归类的。瓠果按性质划分。木部的乔木、灌木、苞木是按形态归类的。香木按气味划分。至于禽部的山禽、水禽、原禽、林禽是按栖息环境归类的。而兽部的畜与兽则完全按家养与野生进行划分。
这种分类法，只要知道药物名称就大体可了解其所属的部类。反之，掌握了部类划分，也易于检索药物。
《本草纲目》自第5卷至52卷所载的全部药物就是按照这种以部统类的纲目来划分的。因此，要想掌握该书的体系就必须先了解《本草纲目总目》。否则，就将陷入漫无边际、抓不住头绪的尴尬境地。
值得一提的是，李时珍按照“析族区类”的分类原则，在类之下还分有若干族。但是，考虑到这样做比较繁琐，他在书中没有将族的名称标出来。这种隐含族的归纳方式，反映在植物类药物中尤为明显，易于为人所察觉。凡是亲缘关系相近的植物，李时珍都尽量将它们排列在一起，如草部山草类的柴胡、前胡、防风、独活、羌活、土当归等属伞形科植物；芳草类的廉姜、山姜、豆蔻、姜黄、郁金等属姜科植物；果部山果类的梨、棠梨、木瓜、山楂、林檎、枇杷、樱桃等属蔷薇科植物。
有学者认为，《本草纲目》这本书的名称反映了它的科学体系结构的基本特点，即以纲带目，纲举目张。这个评价应该说是比较公允的。从本草学的角度来看，李时珍的分类方法博而不繁，条理清晰，结构严谨，不但给人以鲜明印象，而且更加接近现代的科学认识。
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