1）融合蛋白不挂金属螯合亲和层析柱
a)可能原因：超声的功率不对( 太大，蛋白炭化，太小，蛋白没有释放)
解决方法：改变超声功率或超声前尝试添加溶菌酶增加细胞破碎率。
b)可能原因：样品或者是结合缓冲液不正确
解决方法：样品和结合缓冲液的组成。确保在溶液中鳌合剂或强还原剂的浓度及咪唑的浓度不是太高。若是真核表达的融合蛋白，培养基中含有一定的还原剂和EDTA，此时可选择高耐受金属螯合填料（推荐武汉汇研生物的汇琼亲 Ni-6FF (TED) ,此填料可以耐受100mM 的EDTA和10mM 的还原剂），即可避免不挂柱。
c) 可能原因：组氨酸标签暴露不完全
解决方法：在变性条件下( 用4-8 M 脲，或4-6 M 盐酸胍) 进行纯化，常规Ni-6FF(IDA) ,在变性条件下镍离子容易脱落，此时可选择耐受变性剂的螯合填料（推荐汇研生物的汇琼亲 Ni-6FF(IMAC) )
d)可能原因：His标签丢失
解决方法1：WB 检查His 是否表达，上游构建，改变His-tag 的位置(C- 端或 N- 端)，必要时增加His 个数。
解决方法2：孵育的时间不够，降低流速和增加孵育的时间。
解决方法3：改变螯合的金属离子，寻找到最佳的结合金属离子。
解决方法4：选择高载量高特异性的螯合填料（推荐汇研的汇琼亲 Ni-6FF（IDA) )
Ni2+ 通常是从宿主细胞蛋白中纯化大多数6×His 标记的重组蛋白质的首选金属离子。也是一般最常用的离子。蛋白和金属离子之间的结合强度受几种因素影响，包括长度、位置、亲和标记在蛋白的暴露程度、所用离子的类型、以及缓冲液的pH，因此一些蛋白用其他离子可能更容易地进行纯化而不用Ni2+。
2）融合蛋白结合在螯合填料上洗脱不下来
a)可能原因：洗脱条件太温和(融合蛋白质仍然结合在柱上，结合力较强)
解决方法：增加咪唑的梯度洗脱或降低pH 来找出最佳的洗脱条件。
b)可能原因：降低pH 的方法洗脱，若pH 低于3.5，会导致镍离子脱落
解决方法：改变洗脱办法，咪唑竞争性洗脱
c) 可能原因：蛋白已沉淀在柱上
解决方法1：减少上样量，或使用咪唑的线性梯度而不是分步洗脱以降低蛋白的浓度。试用去污剂或改变NaCl 的浓度，或在变性条件( 去折叠) 下洗脱( 用4-8 M 脲，或4-6 M 盐酸胍)。
解决方法2：蛋白在柱上变性固化，用0.5M氢氧化钠洗柱。
d)可能原因：非特异性疏水或其他相互作用
解决方法: 加非离子去污剂到洗脱缓冲液(如：2% Triton X-100)或增加NaCl 的浓度。
e)螯合填料载量过高：在填料表面形成高密度融合蛋白的聚集。
解决方法：选择合适载量的填料，切勿一味追求高载量。
f)蛋白含有二硫键：高密度蛋白之间形成二硫键导致蛋白聚集
解决方法：在缓冲液加入5-10mM的还原剂，此时特别注意，普通的Ni螯合填料不耐受还原剂（遇到还原剂镍会从填料上脱落），此时就要选择高耐受的镍螯合填料，推荐武汉汇研的Ni-6FF(TED),此镍柱可以耐受10mM的还原剂和100mM的EDTA.
3)融合蛋白和Ni柱结合洗脱后杂质多
a) 可能原因：蛋白酶部分降解了标签蛋白
解决方法：添加蛋白酶抑制剂。
b) 可能原因：杂质对镍离子有更高的亲和性
解决方法1：咪唑浓度必须优化，以确保高纯度( 宿主细胞蛋白质的低结合) 和高产率( 组氨酸标记的目标蛋白质的强结合) 之间的最佳平衡。分步或者线性洗脱摸索出最优的咪唑结合和清洗浓度;在样品中加入与结合缓冲液同样浓度的咪唑;咪唑的梯度不大(20 个或更多的柱床体积)，可能分离出有相似结合强度的蛋白
解决方法2：筛选最适合的缓冲液条件，NaCl 浓度，pH的范围都需要进行筛选。对于单一目标蛋白在进行缓冲液筛选时，将缓冲液、盐、甘油和还原剂设计成不同的混合配方来进行优化。
解决方法3：若以上优化的条件都不能去除杂质蛋白，需要考虑多步纯化的思路，如将镍柱洗脱峰，在直接过复合型离子交换填料柱如汇研生物的汇琼离-MMC和汇琼离-MMA柱（此款填料可以高盐上样，在亲和纯化后的洗脱峰继续纯化时，无需置换缓冲液和除盐，可直接上样，在亲和层析洗脱峰继续离子交换层析纯化时有显著的优势）
c) 可能原因：杂质和标签蛋白结合在一起
解决方法：在超声破碎细胞之前加入去垢剂或者还原剂;增加去垢剂的浓度( 2% Triton X-100 or 2% Tween 20);或者在Wash buffer 中增加甘油的浓度(50%) 减少非特异性的相互反应;考虑增加咪唑的浓度或者改变金属离子。
d) 可能原因：洗涤不充分
解决方法：增加洗涤的体积数。
4）使用几次后Ni柱载量下降，挂柱效率低，如何处理？
可能原因：逐渐积累沉淀，变性或非特异结合的蛋白占据了有效的结合位点，而通过洗脱液无法彻底清洗所致。
较温和的清洗方法：
用2倍柱体积的6M盐酸胍或8M尿素洗涤，然后用5倍体积的缓冲液洗涤，以去除沉淀或变性物质。用2倍柱体积的1% Triton X-100洗涤，然后用5倍柱体积的缓冲液洗涤，以去除疏水结合的物质。若改变不明显，可选择强烈清洗方式。
强烈清洗方式：
首先用5－10倍柱体积的脱镍缓冲液（20 mM 磷酸钠, 0.5 M NaCl, 50 mM EDTA, pH 7.4）洗涤，迚行脱镍操作，然后用5－10倍柱体积的平衡缓冲液冲洗，最后用5－10倍柱体积的双蒸水冲洗；随后进行清洗操作，去除离子型杂蛋白，可以用5倍柱体积的1.5 M NaCl溶液，然后10倍柱体积的双蒸水冲洗；去除沉淀或变性蛋白，可以用1M氢氧化钠溶液，过柱1－2小时，然后用10倍柱体积的平衡缓冲液和10倍柱体积的双蒸水迚行冲洗；去除疏水蛋白或者脂蛋白，可以用5－10倍柱体积的30%异丙醇溶液清洗，然后10倍柱体积的双蒸水洗涤；最后进行生镍操作，用0.1M硫酸镍上柱，随后5倍柱体积的双蒸水和平衡缓冲液迚行洗涤，如需保存，保存在20%乙醇溶液。
5）镍柱使用中出现棕色是怎么回事?
可能原因：缓冲液中DTT的影响， DTT会对镍柱的颜色和纯化效率有很大的影响,在碱性的缓冲液条件下，镍离子会被DTT还原生成棕色的沉淀，所以要尽量避免DTT的参与。
解决方法1：若样品中含有DTT，在上样之前, 我们推荐采用不含还原性试剂的空白运行来除去任何较弱结合的镍离子；空白运行方法（使用不含还原剂的平衡液和洗脱液）
1）5倍柱体积的双蒸水洗柱 ；
2）5倍柱体积的平衡液洗柱；
3）5倍柱体积的洗脱液洗柱；
4）10倍柱体积的平衡液平衡。当不使用时，勿将汇琼亲Ni 6 FF(IDA)保存于含还原性试剂的缓冲液中。
解决方法2：若样品中还有DTT，选择高耐受的螯合填料，如汇研生物的汇琼亲Ni-6FF(TED)，此填料可耐受10mM DTT和100mM EDTA,可强烈清洗，无需再生。
6）填料是否可以重复使用？可以使用多少次?
如果维护的好的话,填料在其效期之内可以一直重复使用。如果每次都是纯化同样的蛋白就没有必要剥离掉镍离子重新挂镍，一般经过5-7次纯化之后可以进行脱镍和再生镍的操作。如果柱子反压高了，填料需要做彻底的在位清洗CIP，在清洗之前，为了避免金属盐的沉淀，需要剥离掉镍离子，然后再重新挂镍，清洗后保存在20％的乙醇中。填料的寿命因使用的环境，纯化的样品的特性，保存方式等都有直接关系。
简析金属螯合亲和层析的应用进展
下面内容转载自武汉汇研生物科技股份有限公司（www.huiyan-bio.com)
汇研生物名称
IDA
IMAC
（NTA）
TED*
（EXCEL）
螯合比例
3：3
4：2
5：1
结构示意图见下图1
还原剂（mM）
避免使用
5
20
螯合剂（mM）
避免使用
1
100
pH范围
3-12（工作）
2-14（清洗）
3-12（工作）
2-14（清洗）
3-12（工作）
2-14（清洗）
清洗再生
清洗-再生
清洗-再生
清洗
清洗或再生方式见下图2
适用范围
可溶或变性样品
可溶或变性样品
可用于含有还原剂、螯合剂的可溶或变性样品
*：TED或EXCEL可直接用于真核表达系统表达的蛋白或含有还原剂/螯合剂等必须因子样品的分离纯化，无需剔除螯合剂和还原剂等繁琐的工作。
