国库集中支付制度就是对从预算分配到资金拨付、资金使用、银行清算，直至资金到达商品和劳务供应者账户全过程的监控制度。其基本含义是：财政部门在中央银行设立一个统一的银行账户，各单位的预算资金统一在该账户下设立的分类账户中集中管理；预算资金不再拨付给各单位分散保存；各单位可根据自己履行职能的需要，在批准的预算项目和额度内自行决定购买何种商品和劳务，但支付款项要由财政部门来进行；除特殊用途外，资金都要通过国库直接支付给商品和劳务供应者。
国库集中支付的主要特征是第一，在人民银行建立国库单一账户体系。第二，预算资金由原来层层下拨给预算单位，改变为由财政部门统一保存在人民银行国库单一账户上进行管理，财政部门不再将资金拨到预算单位，而只给预算单位下达年度预算指标。第三，预算资金由原来通过人民银行国库部门整笔拨给各预算单位，改变为由支付中心根据各预算单位的用款情况和实现的购买行为开具的付款申请，直接支付给商品和劳务供应者。目前国库集中支付在支付过程中主要存在以下两个方面的问题: 一是没有将资金支付到商品供应者或者劳务提供者而是提供给了本单位的其他账户或者是个人;二是将国库集中支付资金没有支付给商品或者劳务提供者而是支付给了其上下级预算单位。
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