门禁系统的工作原理大致如下：
门禁以门为主，在所控制的门内外及门的上方，装有各种各样的门禁设备：当持卡人打算进门时，他会在门外用感应卡在读卡器上刷卡、在密码键盘上输入密码，也可能是使用指纹识别器、掌纹识别器、视网膜识别器等等生物识别器核对身份。当持卡人刷卡后，信息北传送到门附近的控制器中，通过控制器内的电脑识别，确认该持卡人有资格进入后，发送控制信号给门上方(或门侧)的电锁，开门让持卡人进入。持卡人在进门后，门会自动关闭(使用地弹簧、闭门器等装置)。在电锁内往往还装有感应器件(锁状态传感器)，一旦门或电锁处于开启状态，则它会回传信号给控制器，当门开启时间过长时，控制器或电铃会发出声响，通知开门者赶紧关门(这一现象在宾馆客房门口经常见到)。
控制器在开门的同时会持卡人的信息传送到机房内的门禁管理电脑上。电脑在收到信息后，会将信息储存，并显示在屏幕上，同时会将信息传送到相关软件(如：考勤软件等等)中去。
当持卡人办完事后打算出门时，他可以按下门内侧的出门按钮(单向刷卡时。如果是双向刷卡则在门内侧也需刷卡)后，门自动打开。
如果持卡人的信息没有登记，则控制器不会开门，只有将该卡的信息录入到管理软件中，并下载到控制器内存后，控制器才会在刷卡时开门。当门禁系统断电时，系统自动将电锁置于开启状态，让人能够自由出入。以免万一发生火灾时无法逃生。
门禁系统与工控系统(自动控制系统)、楼宇自控系统(BA)的各种原理基本类似，它的运行可以分为传感、管理和执行三个环节，只是它比较紧凑，比较简单而已。传感：读卡器、密码键盘、各种生物识别器、出门按钮、锁状态传感器都属于传感器件，它们的任务是接受命令，将信号上传或在核对后上传(生物识别器)。
管理：控制器和管理软件承担着门禁系统的管理功能，它们在收到传感器发来的信息后，根据时间、卡号及其它信息对是否开门做出判断，如果开门，则发出开门命令给电锁。而在收到锁状态传感器时，则开始计时，超时则报警。
执行：电锁在收到开门或关门
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