恭闵惠皇帝叫朱允火文。太祖孙，懿文太子第二子。其母吕氏。恭闵帝生来颖慧好学，性情特别孝顺。十四岁时懿文太子患病，他昼夜侍奉不离。过了两年，懿文太子死，他悲哀至极，身体因此瘦弱。太祖抚慰他说：“你真是孝顺，都顾不上想我了。”洪武二十五年(1392)九月，立朱允火文为皇太孙。二十九年(1396)，重定诸王朝见东宫礼节制度，朝见后在内殿行家人礼，要诸王全部遵照执行。起初，太祖命令太子检查奏章，太子天性仁慈宽厚，遇到刑狱往往减免。于是又命皇太孙检查，皇太孙也以宽大为本。他经常请教太祖，遍考礼经，参照历朝刑法，改定《洪武律》偏重者七十三条，天下无不为之歌功颂德。
洪武三十一年(1398)闰五月，太祖死。十六日，即皇帝位。大赦天下，以第二年为建文元年。当天，葬高皇帝于孝陵。下诏行丧三年。群臣请求用日代月。恭闵帝说“：我并不是效仿古人居丧不言。上朝则戴丧帽穿丧服，退朝则整齐衣冠去掉丧带，饮食则稠粥，郊庙宗社如往常一样。”二十一日，下诏文臣五品以上及州县官吏各推举所熟知有才之人，非其人者加罪。六月，省并州县，革除多余官员。兵部侍郎齐泰为本部尚书，翰林院修撰黄子澄为太常卿，一同参与军国大事。
秋七月，召汉中府教授方孝孺为翰林院侍讲。下诏施行宽大政策，赦免罪犯，蠲免欠交赋税。八月，周王朱木肃犯罪，废为庶人，贬到云南。下诏兴州、营州、开平各卫全家在军伍中的免除一人。天下卫所军中是单丁的放为平民。九月，云南总兵官西平侯沐春死于军中。由左副将何福代领其部众。
冬十一月，工部侍郎张籨为北平布政使，谢贵、张信掌管北平都指挥使司，监察燕国秘密事务。下诏求直言，推举山林才德之士。十二月一日，何福破斩刀干孟，平定麓川。这一月，赏赐天下第二年田租的一半，释放黥军及囚徒回乡里。
这一年，暹罗、占城入朝进贡。
建文元年(1399)，正月初二，受朝贺，不奏乐。九日，在南郊大祭天地，顺便祭祀太祖。修《太祖实录》。二月，追尊皇考曰孝康皇帝，庙号兴宗，皇妣常氏曰孝康皇后。尊母妃吕氏曰皇太后，册妃马氏为皇后。封其弟朱允火通为吴王，允坚为衡王，允熙为徐王。立皇长子朱文奎为皇太子。诏告天下，推举遗漏贤才。赏赐民间高寿者米肉丝帛，鳏寡孤独残废者官方负责抚养。重视农桑，兴学校，考察官吏，赈救遭灾贫民，表彰节孝，掩埋暴骨，减免灾荒田租。卫所军户绝后的除去其名额。下诏诸王不得节制文武吏士，改定内外大小官制。三月，隆重祭奠先师孔子。停止天下诸司不急办事务。都督宋忠、徐凯、耿王献率兵屯住开平、临清、山海关。调北平、永清二卫兵于彰德、顺德。侍郎暴昭、夏原吉等二十四人任采访使，分别巡行天下。二十三日，京师地震，求直言。
夏四月，湘王朱柏自焚而死。齐王朱..、代王朱桂犯罪，废为庶人，派遣燕王世子高炽及其弟高煦、高燧回北平。六月，岷王朱螰犯罪，废为庶人，贬徙漳州。十日，燕山护卫百户倪谅上报发生叛乱，燕旗校於谅等被诛灭。下诏责备燕王朱棣，逮捕燕王府官僚。北平都指挥张信叛乱归附燕王。
秋七月五日，燕王朱棣举兵造反，杀布政使张籨、都司谢贵。长史葛诚、指挥卢振，教授余逢辰死。参政郭资、副使墨麟、佥事吕震等投降燕王。指挥马宣败走蓟州，俞調败走居庸。宋忠向北平挺进，听说事态有变，退守怀来。通州、遵化、密云相继向燕王投降。八日，燕兵攻陷蓟州，马宣战死。十一日，燕兵攻陷居庸关。十六日，攻陷怀来，宋忠，俞調被捉处死，都指挥彭聚、孙泰奋力战死，永平指挥郭亮等叛降燕王。二十四日，谷王朱木惠从宣府奔往京师。长兴侯耿炳文为征虏大将军，驸马都尉李坚、都督宁忠为左、右副将军，率师征讨燕王朱棣。祭告天地宗庙社稷，削除燕王所属户籍。下诏说“：国家不幸，骨肉周亲多次谋逆叛乱。去年，周庶人朱木肃图谋不轨，牵连燕、齐、湘三王。我因为他们都是我的亲身骨肉的缘故，纠正朱木肃之罪。今年齐王朱..谋反，又与朱棣、朱柏同谋，朱柏带罪自焚而死，朱..已废为庶人。朕以为朱棣在所有亲人中是最亲近的，没有彻底追究此事。今天竟然举兵造反，危及国家之安全，得罪了天地祖宗，道义上难以赦免。于是选拔大兵前往征讨。咨询我中外臣民军士，各怀忠守义，与国同心，扫除逆气，达到长治久安。”不久命安陆侯吴杰，江阴侯吴高，都督耿王献，都指挥盛庸、潘忠、杨松、顾成、徐凯、李友、陈晖、平安，分道并进。在真定设立平定燕王之布政使司，由尚书暴昭掌管布政使司之事。
八月十二日，耿炳文兵临真定，徐凯屯兵河间，潘忠、杨松屯兵莫阝州。十五日，燕兵攻陷雄县，潘忠、杨松与燕兵战于月漾桥，被擒。莫阝州城陷。二十五日，耿炳文与燕兵战于滹沱河以北，大败，李坚、宁忠、顾成被擒，耿炳文只好退守真定。燕兵攻城不克，引兵而去。建文帝遂召辽王朱植、宁王朱权归京师，朱权不到，下诏削其护卫。三十日，曹国公李景隆为征虏大将军，代替耿炳文。九月一日，吴高、耿王献、杨文率辽东兵，围攻永平。十一日，李景隆兵住河间，燕兵援救永平，吴高退保山海关。
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