万历皇帝的生母慈圣太后，原是一名出身卑微的李姓宫女，得隆庆皇帝宠幸后生下万历皇帝，遂母以子贵，被加封为贵妃。隆庆皇帝驾崩后，被尊为慈圣皇太后。
传说她曾在梦中得九莲菩萨授经，梦醒后追记经文，一字不差，还录入《大悲经》中。于是被视为九莲菩萨下凡，其主政其间在全国各地广建佛寺，慈寿寺就是其中最著名的寺院之一。原寺内有天王殿、鼓楼、钟楼、永安万寿塔、延寿宝殿、宁安阁等一系列建筑，可惜毁于光绪年间一场大火，只有这座砖塔保存了下来。
据梁思成等人考证，玲珑塔是仿照天宁寺塔修建的，但细节略有差异，比起辽塔的雄健有力，明塔更为纤秀。由于塔的密檐部分没有卷杀，因此比天宁寺塔略显呆板一些。
