我叫骨头,我最近也有一个基因可以研究了。神师兄用数据挖掘,搞到了一个基因,说是研究的又少,表达量又高。于是我查了一下,乖乖,68篇文献。虽然这个已经是很少了,但是,这我要怎么去下手研究呢!
杀姐姐:说实话也不是很难咯,就把所有的摘要看一遍,就能知道这个基因研究的大概了。
骨头:?,说得轻松……
杀姐姐:给你个投机取巧的办法,知道你肯定是想要投机取巧的。首先,我们要去GoPubMed,搜一下这个基因。虽然GoPubMed的MeSH查询比较好,但是这些MeSH词量又大,涉及的面又广,不太好把握基因具体是和什么信号通路相关或者参与什么样的细胞学进程。
那我们要怎么办呢?首先我们要把这六十八篇的摘要先整下来,从GoPubMed就可以直接导出,就像这样。
导出后,就是一个TXT格式的文件,内容就像这样:
然后我们就需要打开这个“W工具”了,感觉还是卖一下关子才会有人在意哈,写下来帖子丢了就再也找不到了。点进去之后,将文本信息bia进去,然后就能选择,需要分析什么样的关键词了。比如GO分组,也就是对于这个基因的位置,基因的功能,基因的细胞学意义的定义。通过这些基因GO分析相关的关键词,我们可以了解具体我们找到的这个基因周边研究都是在什么方向。同样还可以选择显示其中的基因和蛋白,这样你就能分析所谓的文本互作了。也就是在文献中,这个基因和什么别的基因同时出现过,可能这两者就有一定的联系。当然还包括了一些疾病和药物相关的内容,大家可以自己去了解。
点击Tag Text之后,就可以直接分析了,会出现这样的显示方式,你会在里面找到:
所有相关的关键词,都会被颜色标记出来。把这些文本都过一遍,你就会发现,你已经大概了解这个基因会涉及到什么可能的功能和作用了,甚至连相关的基因都已经可以看到了。把这些关键词挑出来,继续研究分析吧。
…华丽丽的分割线…
李莫愁博士:从文本中整理出基因功能相关,信号通路相关的信息,对于快速掌握基因研究方向,是很有价值的。文本相关的基因也一样有一定参考价值的,把这些基因整理出来之后,可以继续拿去做GO分析,和Pathway分析,或者再回到芯片挖掘数据中验证。这样的二次数据挖掘,可以给我们的研究方向带来更多提示。好了,要看这个“W工具”是什么,就回复“W工具”吧。好了,今天就策到这里吧。
如果你们再把W工具回复到评论区,我就去上吊。PS,每天帖子的最下面会有一些逗比留言,那里叫评论区,每天接收万事屋帖子的界面,会有个自定义菜单有木有?自定义菜单可以切换到打字功能很神奇有木有?打字区还能打字很吃惊有木有?给我们发送W工具三个字还会收到自动回复科技这么先进有木有?收到的自动回复还能超链接吓死宝宝了有木有?温馨提示,不要回复错误,电脑君看不懂。
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