根据企业会计准则的规定，如果企业存在子公司，除非企业本身是投资性主体，否则均需要编制合并财务报表。即，在现行企业会计准则下，整套通用目的的财务报表（法定报表）应当包括母公司个别财务报表和合并财务报表。实务中，被审计单位出于各种目的，仅要求注册会计师对其母公司个别财务报表出具审计报告，而不要求对其合并财务报表出具审计报告，尽管其拥有子公司。这种情况下，注册会计师可能面临三种选择：1. 由于被审计单位未遵循企业会计准则编制合并财务报表，出具非无保留意见审计报告；2. 将仅包含母公司个别财务报表的财务报告视为特殊目的编制基础编制的财务报告，按照《中国注册会计师审计准则第1601号——对按照特殊目的编制基础编制的财务报表审计的特殊考虑》出具审计报告；3. 将母公司个别财务报表视为整套通用目的财务报表的一部分，按照《中国注册会计师审计准则第1603号——对单一财务报表和财务报表特定要素审计的特殊考虑》出具审计报告。
下面就上述三种选择逐一进行分析。
一、因未编制合并财务报表出具非无保留意见的审计报告
这种处理方法的逻辑在于：因为被审计单位声明遵循了企业会计准则，企业会计准则要求拥有子公司的被审计单位编制合并财务报表，而被审计单位仅编制了母公司个别财务报表，因此不符合企业会计准则的规定，应当出具非无保留意见的审计报告。但这种处理方法可能并不为被审计单位所接受，所以笔者不建议在实务中采用。
二、将母公司个别报表视为按特殊目的编制基础编制
根据《中国注册会计师审计准则第1101号——注册会计师的总体目标和审计工作的基本要求》规定，财务报告编制基础分为通用目的编制基础和特殊目的编制基础。通用目的编制基础，是指旨在满足广大财务报表使用者共同的财务信息需求的财务报告编制基础，主要是指会计准则和会计制度。特殊目的编制基础，是指旨在满足财务报表特定使用者对财务信息需求的财务报告编制基础，包括计税核算基础、监管机构的报告要求和合同的约定等。
如果被审计单位虽然拥有子公司，但并未编制合并财务报表，可以视为其在企业会计准则的基础上，对企业会计准则这一通用目的编制基础进行了修改，删减了关于编制合并财务报表的强制要求，从而形成了特殊目的编制基础，用于满足财务报表特定使用者（比如银行、上一级母公司）对财务信息的要求。
如果采用这种处理，注册会计师应注意四点：1. 提请被审计单位在财务报表附注中清晰披露其这一特殊目的编制基础，不能声明遵循了企业会计准则；2. 通常理解，在企业会计准则基础上进行修正的特殊目的编制基础不属于公允性编制基础，因此注册会计师在审计意见中不应当采用“公允反映”的表述；3.在审计报告中应当增加强调事项段，提醒审计报告使用者关注财务报表按照特殊目的编制基础编制；4.由于采用特殊目的编制基础编制的财务报表是为了满足特定使用者的需求，因此，注册会计师还应对审计报告的分发和使用进行限制，以降低审计报告被不当使用而产生的风险。
三、将母公司个别财务报表视为整套通用目的财务报表的一部分
在这种处理方法下，被审计单位仍被视为遵循企业会计准则，即采用通用目的编制基础编制报表。如上所述，在企业会计准则下，整套通用目的财务报表（法定财务报表）应当包括母公司个别财务报表和合并财务报表。母公司个别财务报表是上述整套报表中的一部分，因此注册会计师对母公司个别财务报表出具审计报告可以适用《中国注册会计师审计准则第1603号——对单一财务报表和财务报表特定要素审计的特殊考虑》（以下简称1603号审计准则）。
需要注意的是，尽管在这种处理方法下，母公司个别财务报表仍被视为按照通用目的编制基础编制，但由于仅是整套财务报表中的一部分，多数情况下仅是为了满足特定使用者的需求，因此，建议在审计报告中增加关于报告分发和使用的限制段落，以降低审计报告被不当使用而产生的风险。
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