勃兰登堡公国时期
柏林最初是易北河东北的一片沼泽地，有西斯拉夫人部落的两个聚落点，名字分别是柏林（Berlin）和科恩（C?lln）。直到12世纪，日耳曼人驱逐了定居在这里的斯拉夫人后，才在施普雷河畔建立两个村镇，并且沿用了其斯拉夫名字。柏林在1237年建成，位于施普雷河东岸，是商人的聚居区，科恩位于施普雷河西岸，是渔村。
1307年，柏林和科恩合成为一市，名字定为柏林，在阿斯卡家族的统治下成为重要的商业中心。14世纪，柏林加入波罗的海和北欧的重要商业同盟——汉萨同盟。但是此时的柏林只是神圣罗马帝国边疆的一个荒蛮城镇。
普鲁士王国时期
1701年，选帝侯腓特烈一世加冕为普鲁士国王，柏林成为普鲁士王国的首都。从18世纪的腓特烈·威廉一世和腓特烈大帝开始，柏林在中世纪的老城区西部修建了大量的巴洛克式和洛可可式建筑，组成了被称为“腓特烈城”（Friedrich stadt）的新城区。其西部边界是三座广场及城门：巴黎广场和勃兰登堡门（Pariser Platz und Brandenburger Tor）；莱比锡广场和波茨坦门（Leipzig Platz und Potsdam Tor）；美盟广场和哈勒门（Belle-Alliance Platz und Hallesches Tor）。
柏林在七年战争中曾被奥地利和俄国军队占领，1806年被法国军队占领。城市没有遭到严重的破坏，拿破仑下令将勃兰登堡门上的胜利女神马车拆下来运回法国，并于1814年才归还。
从19世纪初开始，柏林再次进行大规模扩建。建筑师朗汉斯（Langhans）和申克尔（Schinkel）修建了众多新古典主义纪念建筑，如国家剧院、远古博物馆、国立美术馆、勃兰登堡门、椴树下大街，以及博物馆岛的众多博物馆建筑：老博物馆、新博物馆、国家美术馆、帕加蒙博物馆、腓特烈皇帝博物馆。柏林为此获得了“施普雷河畔的雅典”的称号。
德意志帝国时期
1862年，威廉一世任命俾斯麦为首相。1871年，柏林成为德意志帝国的首都。1894年，建筑师瓦洛特建造了国会大厦。
到20世纪初，柏林已经在工业、经济和城市建设上达到伦敦、纽约和巴黎的水准，成为又一个世界性的政治、经济和文化中心。这期间柏林建造了大量的道路、桥梁、地铁和车站建筑，兴建了豪华的办公大楼和商业区、住宅区，在1900年，柏林人口已经达到270万。
魏玛共和国时期
第一次世界大战没有给柏林带来严重的破坏，但是在1919年柏林爆发了工人起义和内战。1920年发生了卡普暴动。同年4月27日，柏林同其周围的8个城镇、59个村庄合并为“大柏林”，柏林的人口一夜之间增长了一倍，达到400万。在深受20年代经济危机之苦的同时，柏林也进入了新思潮、新艺术层出不穷的时期，这段时期被称为柏林的“黄金的艺术年代”。
第三帝国时期
1939年第二次世界大战爆发，希特勒幻想在战后将柏林建设为其欧洲帝国的首都，更名为“日耳曼尼亚”（Germania）。第二次世界大战后期，由于盟军的空袭和苏联红军的进攻，柏林市遭到毁灭性的破坏。1943年11月22日，英国皇家空军派出764架轰炸机，展开大规模轰炸柏林的“柏林战役”，炸毁了东起蒂尔加滕和夏洛滕堡、西至斯潘道和西门子施塔特的整片区域。从1943年11月到1944年2月，“柏林战役”一共对柏林发起13次大规模空袭，其中9次的轰炸规模在500架以上，摧毁了柏林1/4的市区，四郊和市区内的150多座电气、军火、通讯设备和轴承工厂，炸死1万多人，并使150万人无家可归。市区90%的建筑被摧毁，树木全部被砍光，水电系统也遭到破坏。
1945年4月16日，苏联红军调集了22000门大炮和白俄罗斯方面军的10个集团军，开始对柏林的总攻。5月1日苏联红军的旗帜插上了勃兰登堡门和国会大厦。5月8日德国投降。
冷战时期
随着盟军在第二次世界大战中的胜利，柏林也按照战前柏林的行政区界线被分成两个部分——由苏联控制的东柏林（范围包括战前23区中的12个区），以及由美国、英国、与法国控制的西柏林。柏林变成了苏美冷战的聚集点。
1948年为了反对盟国在德国西部实行的货币改革，以及迫使盟军退出柏林，苏联对柏林展开了长达半年的封锁。盟国通过柏林空运挫败了苏联的企图。
1953年6月17日，东柏林工人展开了抗议生活水平下降而举行起义，起义不久即被苏联军队镇压下去。1958年11月10日，赫鲁晓夫宣称四大国对柏林的占领已经过时，要求美英法从西柏林撤军，并称6个月之内西柏林应当成为苏军可以自由进出的“自由城市”。
由于大量东德居民通过不设防的柏林分界线涌入西柏林和西德，1961年8月13日，东德建起了柏林墙。10月25日，美国坦克开到弗里德里希大街南部的查理检查哨，试图进入东柏林，与90米开外的苏
军坦克对峙了16个小时。此后柏林成为东西方意识形态交锋的最前沿。由于存在种种历史问题和制度上的缺陷，1989年，东欧国家民众掀起了对社会主义和共产党政权的总抗议。1989年11月9日深夜，东德被迫宣布开放柏林墙。1990年10月3日，德国重新统一，柏林举行了盛大的庆祝活动。柏林墙被拆除。1991年，德国议会投票决定在2000年之前将首都从波恩迁回柏林。此后柏林展开了大规模的重建工作。在国会大厦北面修建了新的国会和总理府。以前是柏林墙脚下布满地雷的警戒地带的波茨坦广场重新成为柏林的商业中心。德国已经恢复了其在欧洲的文化和经济中心地位。
