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3000多年前的新石器时代鼓浪屿就已出现。
公元8世纪前后，来自中原的陈、薛等家族先后迁居岛上开发与生产，鼓浪屿岛遂有“新城”、“嘉禾里”之地名。
960年～1368年，岛上人烟渐繁，闽国龙启年间时置同安县。
909年，王审知为闽王，立闽国，都福州，大同场为其辖地。
963年，宋名义改清源军为平海军，以陈洪进为节度使，同安县属平海军。
978年，陈洪进纳土于宋，同安县始随平海军纳入宋土。同年，宋复平海军为泉州。宋属平海军、泉州。元属泉州路。明属泉州府。
1260年-1279年，首次在岛上设立“嘉禾千户所”。
1655年，在同安县绥德乡嘉禾里置思明州。
1680年，思明州废。
1841年8月2日激烈的炮战中，金门镇总兵江继芸和部下官兵坚守阵地，同敌人血战到底，最后全部壮烈殉国。厦门和鼓浪屿同时陷入敌手。
1840年～1860年，外国列强势力对厦门和鼓浪屿的侵略已全面展开，且迅速地扩展和深化。
1844年，伦敦差会在鼓浪屿成立教会。
1850年，大英长老会也于在鼓浪屿扎住脚跟。
1848年，美国归正教会的“中华第一圣堂”建造在厦门新街仔。15年后，英 国教会也在鼓浪屿建造了专供外国人祈祷的“协和礼拜堂”（在今第一医院内）。一批培养中国牧师、传道士的“圣道学教”，宣传宗教的教会学校在厦门，特别是在鼓浪屿，如雨后春笋般地冒了出来。为了进一步掌握东南门户一一厦门的经济命脉，控制厦门海关和港口管理大权被视为关键的措施。
1912年，析同安县绥德乡嘉禾里和大、小金门等岛屿置思明县，4月28日，思明县政府正式成立，隶属福建军政府，9月升思明府，旋废。
1915年，分出金门、大小嶝设金门县。
1935年4月，以厦门及鼓浪屿等7个岛屿设厦门市，撤销思明县设禾山特种区，与同安县同属第四行政督察区（驻同安，辖今泉州、莆田、厦门）。
1938年5月～1945年9月，厦门岛沦陷， 同安县隶属福建省第四行政督察区，民国32年开始， 1943年国民政府福建省政府下令撤区建乡设保，进行乡镇并编。
1941年12月07日，日军独占了鼓浪屿，直至我国抗战胜利。
1949年9月，初隶属于福建省第五行政督察专员公署，管辖泉州、莆田、厦门，后改隶于厦门市至今。
1949年，中国人民解放军进入福建，攻入厦门，后金门战役、金门炮战。
1949年10月17日，鼓浪屿地区解放。
1979年01月01日，中华人民共和国国防部部长徐向前发表了《停止炮击大、小金门等岛屿的声明》，历时21年的金门炮击，划上了句号。
2003年底，厦门完成城市行政区划调整，之后，为了发展鼓浪屿风景名胜区，2003年04月26日起，将原鼓浪屿区、开元区、思明区合并成立新的思明区。同时，厦门市鼓浪屿区撤销行政区后，以其行政区域设立鼓浪屿街道办事处。大幅减少政 府编制，节约行政开支，促进社会发展，降低施政成本，划归属于厦门市思明区。曾经悬挂鼓浪屿区人民政府牌匾的地方换上了'鼓浪屿—万石山风景名胜区管委会'的牌匾，'末届区长'程建明上任管委会主任之职。程建明在管委会的揭牌仪式上说，过去所有的成绩都已载入历史，管委会的成立，标志着全力打造世界级精品旅游胜地的新的创业的开始。鼓浪屿—万石山风景名胜区将管辖10个著名风景区，陆地和海域面积达到245平方公里。
2005年01月31日，厦门市政府出台了《厦门市鼓浪屿风景名胜区管理办法》。
2006年07月13日，鼓浪屿上的历史风貌建筑将变成酒吧、咖啡厅、书店等。有关部门将把产权已明晰的部分历史风貌建筑推出招商。
2007年05月08日，厦门市鼓浪屿风景名胜区经国家旅游局正式批准为国家5A级旅游景区，鼓浪屿被国家地理杂志评选为“中国最美五大城区之首”。
2007年，鼓浪屿一共拥有10处13座全国重点文物保护单位。《规划》共列出19处28幢建筑，建议作为增补考虑对象。这个增补名单还未最后确定，有关专家对其中某些增补对象有异议，比如观海别墅，就有专家提出应改为李武芳别墅，并新增厦门二中（含西欧小筑）、杨家园、番婆楼和田尾女学等建筑。
2012年，这个1.87平方公里的小岛接待游客1136万人次。
2012年10月02日，鼓浪屿单天接待游客超过12万人次，创历史新高。游客的激增带来了巨大的商机，也带来了大量占道摆摊、野导假导横行、家庭旅馆无序扩张等问题，导致岛上用电、用水、环卫等资源高度紧张。
2012年5月～2013年4月，由厦门市公安局、工商局、鼓浪屿街道办、鼓浪屿管委会等14个执法部门的骨干力量进驻鼓浪屿，组成“鼓浪屿协同管理联合执法综合整治小组”，针对岛上乱象根源之一的“商业乱”展开整治。
2013年01月01日起，鼓浪屿岛将实行游客总量控制，限制上岛游客数量。
2013年6月，鼓浪屿常住居民约为6000人，而这一数字在几年前是2万多人。随着大量常住人口的流失，岛上优质的医院、学校也陆续搬离，鼓浪屿的社区功能正在逐步退化。
2013年06月15日，来自鼓浪屿管委会的消息，以后上鼓浪屿要全面安检：人要安检，货物和行李也要安检。据悉，2013年10月前这些设施完工。鼓浪屿管委会将加强与轮渡公司的合作，加大安检、抽检的力度，对不完善的输送带、安检门做进一步的补充完善，一定要解决死角问题。
2014年11月29日，厦门市对鼓浪屿实施“全岛博物馆”计划，将重点历史建筑、多国领事馆纳入公共开放的无围墙生态博物馆系统，变成活化历史的重要资源。鼓浪屿管委会副主任叶细致介绍，全国重点保护文物单位“鼓浪屿近代建筑群”共有20处。
2014年，已完成美国领事馆旧址、汇丰银行公馆旧址、天主堂、安献楼、厦门海关税务司公馆旧址等13处全国重点保护文物单位的文物修缮设计方案，争取在3年内完成修缮工作。接下来，厦门要活化老建筑，建立“鼓浪屿全息影像”，着手梳理鼓浪屿建筑、历史、人文、艺术等各领域的内容，鼓励创作鼓浪屿专题的电影、书籍，以及数字虚拟互动产品等视觉艺术作品。鼓浪屿持续举办以音乐文化为代表的节庆活动，重新推广鼓浪屿上濒临消失的家庭音乐会。
2014年11月29日，从厦门市《鼓浪屿整治提升2014年～2015年工作方案》中，记者看到发展文创产业、优化环境、整合港航资源、让居民生活更便利等内容，其中发展文创产业的措施引人注目。根据方案，鼓浪屿在积极稳妥保护历史文化遗产的前提下，将注重文化、生活和业态的内涵提升，用文化创意处理好遗产、旅游、社区三者的关系，把鼓浪屿打造成世界知名的国际艺术岛。厦门聘请了15位鼓浪屿整治提升监督员。监督员由包括舒婷在内的社会贤达、专家学者、行业组织和鼓浪屿居民代表等社会各界人士组成。
2014年06月27日，鼓浪屿整治提升以来，结合“申遗”进行的岛上风貌建筑修缮工作，正在扎实推进。
2014年06月27日是以“让文化遗产活起来”为主题的第九个中国文化遗产日，岛上十三处全国重点文物保护单位建筑修缮设计方案在协和礼拜堂前广场一一亮相，首次向公众展示。全国重点文物保护单位“鼓浪屿近代建筑群”共有20处，14年已完成以下13处全国重点文物保护单位文物修缮设计方案。
2014年，修缮设计方案的文本已经提交福建省文物局进行审批，年内将递交国家文物局，一旦国家文物局审批下来了，修缮也就可以正式开始方案也在不断征求意见，如果有建设性意见，可以向鼓浪屿管委会规划部门提出。
2014年11月28日，修缮设计方案分别从人文历史，艺术，科学和社会价值四个维度，对建筑进行了评估。恢复历史原状，做到外立面复原，建筑形制特征分析，是方案的一大重点。方案中的修缮工程可归纳为两个层面:外立面复原、室外环境综合整治。建筑所有室内外的修缮都从文物特色角度把握，讲求总体协调性。图纸中做了大量的现场测绘工作，得出结论:海关税务公馆建筑整体外立面基本保存完好，主要的变动在于原大量整体落地门已调整为窗，而几乎所有原始木窗都已经调整为铝合金窗。这处建筑的修缮重点也随之得出:立面门窗的复原。延展设计工艺，增加避雷防水措施，鼓浪屿管委会规划处相关负责人王先生告诉记者，此次修缮都尽量保留原始风貌，材料上也依据历史材料进行选择，部分无法判断历史材料的进行微调，设计工艺上进行了延展性设计。同样以海关税务司公馆为例。由于该建筑在修缮后将开放使用，因此对外窗和建筑外立面落水管都进行了复原处理，还增加了泛光照明概念、避雷措施、屋面防水保温处理。
2015年01月22日下午，“网络名人看厦门”走进鼓浪屿。鼓浪屿管委会副主任叶细致表示：“网络名人看厦门活动来到鼓浪屿，将对鼓浪屿的现状及整治提升有一个真实的报道，对鼓浪屿申遗将起到正面宣传的作用。”叶细致副主任还表示，鼓浪屿申遗是一种保护手段而不是一个目标。针对接下来申遗的相关工作，2017年以前将完成鼓浪屿上53处核心要素的保护工作。
2015年12月31日，厦门市政府官方网站发布消息，《厦门市鼓浪屿家庭旅馆管理办法》已经市政府第93次常务会议研究通过。消息同时列出了法规的正文。根据正文内容，《办法》旨在适应我市旅游业发展的需要，规范鼓浪屿家庭旅馆的经营和管理，保障旅游者和经营者的合法权益，营造优良的旅游环境，满足游客度假休闲的需求，在此宗旨上根据国家有关法律法规和规章的规定，并结合鼓浪屿实际制定。《办法》对“鼓浪屿家庭旅馆”给出了定义:在鼓浪屿岛范围内，以合法取得使用权的单幢民宅或独立式建筑的空置房为基本接待单元，结合鼓浪屿自然人文景观，经批准设立的为游客提供体验式住宿服务的经营性接待设施。
2016年1月28日，由鼓浪屿管委会、鼓浪屿申遗办主办的“西洋文化与鼓浪屿——古蛋白照片精选展”，在鼓浪屿中华路5号（原荷兰领事馆）拉开帷幕。本次展览对所有市民、游客开放，预计持续半年。
2016年2月1日，中国联合国教科文组织全国委员会秘书处函告联合国教科文组织世界遗产中心，正式推荐“福建鼓浪屿”作为2017年文化遗产项目。两个项目有望于2017年第41届世界遗产委员会上列入《世界遗产名录》。
2016年2月14日，厦门召开鼓浪屿整治提升及申遗工作领导小组会议，回顾总结相关工作进展，研究部署下阶段工作。日前，鼓浪屿已正式作为2017年我国申报世界文化遗产项目。据了解，在省委省政府和市委市政府的高度重视及大力支持下，鼓浪屿整治提升和申遗筹备工作正集全市之力加快推进。今年夏季，鼓浪屿将接受世界文化遗产中心专家的实地验收。省委常委厦门市委书记王蒙徽强调，鼓浪屿申遗与别的地方不太一样，目的不是为了提高知名度，而是为了更好地保护好鼓浪屿的历史文化。鼓浪屿创造了中国近现代史上150多个“第一”，我们要把这些故事讲好，把鼓浪屿的历史风貌和文化魅力更充分地展示出来。
