甲房地产企业开发某高档住宅小区项目，分三期施工开发。一、二期是高档住宅；第三期是公共配套设施幼儿园和社区文化活动中心，预计建设周期为2年，预算造价8500万元。
目前该项目一、二期已销售90%，符合土地增值税清算条件。企业按要求对一、二期项目土地增值税自行清算，并形成自查报告上报主管税务机关。税务机关审核后发现，三期幼儿园和社区文化活动中心工程目前还未开工建设，但企业清算一、二期的土地增值税时，按一、二期的建筑面积分摊扣除了幼儿园和社区文化活动中心的预算成本8500万元，一期扣除5500万元，二期扣除3000万元。税局对一、二期住宅土地增值税清算时分别扣除的5500万元和3000万元不予认同，企业粗略一算，若不允许扣除，会多交土地增值税3000多万元。对此，企业感到既委屈又无奈。
企业冤吗？让我们看看在土地增值税清算时，“公共配套设施”的扣除是如何规定的。
《土地增值税暂行条例》第六条规定，计算土地增值税的扣除项目包括“新建房及配套设施的成本、费用”。《土地增值税暂行条例实施细则》第七条第（二）款规定，开发土地和新建房及配套设施(以下简称房地产开发)的成本，是指纳税人房地产开发项目实际发生的成本(以下简称房地产开发成本)，包括土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用。
《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）第四条“土地增值税的扣除项目”第（一）款规定，房地产开发企业办理土地增值税清算时计算与清算项目有关的扣除项目金额，应根据土地增值税暂行条例第六条及其实施细则第七条的规定执行。除另有规定外，扣除取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、费用及与转让房地产有关税金，须提供合法有效凭证；不能提供合法有效凭证的，不予扣除。
第四条“土地增值税的扣除项目”第（三）款规定，房地产开发企业开发建造的与清算项目配套的居委会和派出所用房、会所、停车场（库）、物业管理场所、变电站、热力站、水厂、文体场馆、学校、幼儿园、托儿所、医院、邮电通讯等公共设施，按以下原则处理：1、建成后产权属于全体业主所有的，其成本、费用可以扣除；2、建成后无偿移交给政府、公用事业单位用于非营利性社会公共事业的，其成本、费用可以扣除；3、建成后有偿转让的，应计算收入，并准予扣除成本、费用。
第四条“土地增值税的扣除项目”第（四）款规定，房地产开发企业的预提费用，除另有规定外（但目前没有给予规定），不得扣除。
根据以上规定，甲房地产企业建造的幼儿园和社区文化活动中心作为一、二期高档住宅小区项目的公共配套设施，要想在土地增值税计算中扣除，必须是实际发生的公共配套设施成本，即满足建成后产权属于全体业主所有的公共配套设施所发生的成本、费用。注意，这里强调“建成后产权”，换句话说，如果没有建成，也就无所谓产权，也谈不上成本、费用的扣除问题。此外，实际发生的公共配套设施扣除还要取得合法有效凭证，无法提供合法有效凭证的，不能扣除。最后，预提的成本费用不得扣除，这本是“成本实际发生且取得发票”的应有之意，不过为了和房地产企业所得税的规定相区别，做了进一步强调。《国家税务总局关于印发<房地产开发经营业务企业所得税处理办法>的通知》国税发[2009]31号第三十二条规定，公共配套设施尚未建造或尚未完工的，可按预算造价合理预提建造费用。此类公共配套设施必须符合已在售房合同、协议或广告、模型中明确承诺建造且不可撤销，或按照法律法规规定必须配套建造的条件。可见，所得税上公共配套设施满足一定条件可以预提计入成本。这与以上公共配套设施的土地增值税规定是不同的。如果在所得税上公共配套设施有预提成本，需要在计算土地增值税时予以调整排除。
在确定了公共配套设施可以在计算土地增值税扣除后，才需要考虑在不同清算项目的分摊问题。
国税发[2006]187号第四条“土地增值税的扣除项目”第（五）款规定，属于多个房地产项目共同的成本费用，应按清算项目可售建筑面积占多个项目可售总建筑面积的比例或其他合理的方法，计算确定清算项目的扣除金额。《国家税务总局关于印发<土地增值税清算管理规程>的通知》（国税发[2009]91号）第二十四条的规定，审核公共配套设施费时应当重点关注：“……多个（或分期）项目共同发生的公共配套设施费，是否按项目合理分摊。”由此可见，如果发生的公共配套设施费是多个（或分期）项目共同发生的，要按可售建筑面积占比法或其他合理方法进行分摊，分摊后据以扣除。
就甲公司来说，三期幼儿园和社区文化活动中心工程虽说是一、二期高档住宅小区项目的公共配套设施，但目前还没有开工建设，成本费用没有实际发生且不可能取得合法有效凭证，企业一厢情愿的在项目间分摊，必然面临税局的调整，依据以上分析，税局要求企业补缴3000多万元的土增税是有税法依据的。
甲公司的“命运”是悲催的，但悲催的“命运”后有其原因。
如果甲房地产公司在房地产开发的全过程中，都有税务专家给予指导，就可避免这3000多万元的税款，但我们的企业家在请税务专家顾问时往往异常“吝啬”，而在补缴税款时又不得不表现出极其“大方”。
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