无土栽培基质在进行一到两茬的作物栽培后，最好进行一次消毒以继续使用。经试验，使用福尔马林与高锰酸钾进行熏蒸基质的消毒方法效果好，操作简便，成本低，耗费时间少。具体操作方法如下：
把基质平铺在水泥路面之上，宽度四米以内，厚度不要超过四十公分，并且横向纵向划出十至二十公分深的沟壑，然后覆盖上十二丝以上的薄膜。之后每隔一米在事先挖好的沟壑中，放置一个用广口瓶装的四十克高锰酸钾，然后 需要用同样的方法，将八十毫升的福尔马林摆放在高锰酸钾的旁边。
另外需要根据基质的数量确定参与操作的人员数量，因为需要同时将福尔马林倒入盛有高锰酸钾的瓶子中，并迅速由另外一人用沙土将薄膜压住，防止气体漏出。
这种方法利用的福尔马林在高锰酸钾强氧化性的作用下迅速挥发，产生大量福尔马林及蚁酸气体，并且迅速深入到基质中，以起到消毒的作用。夏季将基质平铺并暴晒一周或者冬季在露天冰冻两个月都能起到一定的自然消毒作用。
更换基质
基质使用两三茬后，作物残根较多，病菌以及盐分都有了一定的积累，再继续使用既需要进行过滤去除残根，并将极致浸泡，去掉多余的盐分，在进行消毒。此外消毒后的基质最好添加部分新的理化性较好的新基质，并混合均匀后进行使用。
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