刊印这样一部有一百几十万字，一千一百多幅插图的书，无疑要花费很多钱，李时珍他自己是没有这个能力的，关心他的和了解这部书的价值的朋友们也无能为力。明朝当局执政者宁愿过着骄奢淫逸的腐化生活，也不会去关心一个普通郞中印书的事情。李时珍在蕲州、黄州、武昌等地都无法解决这个问题。于是，他想到了南京，那时的南京是全国的出版中心，书商多，经营规模大，印刷业发达，刻工技术较高，常常出版一些大部头的书。
一五七九年，李时珍带着他的书稿来到了南京。但事实上远没有他想像得那么简单，事情进行得很不顺利。为刻书，他曾经到太仓找过曾经做过湖广按察使的王世贞，王世贞与李时珍是相识的朋友，由于其父亲被严嵩所害，他对朝廷极为不满，牢骚满腹被朝廷免职回家。王世贞见老友李时珍前来拜访，甚是高兴，畅谈了几天。但关于刻书的事，王世贞他也帮不上什么忙，只是帮李时珍的《本草纲目》写了个序言，称道《本草纲目》“博而不繁，详而有要。综核究竟，直窥渊海。”这个序言刻印在《本草纲目》的“金陵版”上。
正式刻印的时间，大概是从一五九0年开始。这时李时珍已离开南京回湖北老家蕲州好多年了。承担刻印的是南京大藏书家胡承龙，他经营刻书、售书业务。他读了《本草纲目》的稿本之后，发现这是一本好书，应该流传于世，于是，他主动出钱刻印李时珍的《本草纲目》。
一五九二年，李时珍已是七十五岁高龄的老人了，有一天，他病倒在床上，深知自己在世不长了，他要将自己行医救人的理念传承下去，于是把儿子李建元叫到床前嘱咐说：要争取机会，使《本草纲目》广泛流传，使每一个求医问药的人都能得到这本书。
一五九三年，李时珍与世长辞了，享年七十六岁，遗体安葬在蕲州雨湖南岸的竹林湖畔。又过了三年，也即一五九六年，《本草纲目》在南京首次出版，这个版本叫做“金陵版”。李时珍的宿愿终于实现了，但很可惜，没有看到这个刻本。
时隔不久，明朝皇帝朱翊钧下令全国各地献书，去充实他的朝廷图书资料库，李建元认为这是实现父亲李时珍是将《本草纲目》借助朝廷的力量，流传于世的大好良机。他赶紧进京，向朝廷献上《本草纲目》，可是皇帝朱翊钧并没有看上此书，而是冷淡地批上“书留览，礼部知道”七个字，搁置一旁。直到一六0三年，《本草纲目》才在江西得到翻刻。此后，《本草纲目》这部医学巨著渐渐地被医学界所接受，声誉也愈来愈高，辗转翻刻了三十多次。
一八八五年，安徽合肥人张绍棠等再版此书时，进行了一些编辑加工。他改正了刻本的一些讹误，把“本草图”对证实物，重新审订。根据标本改画了一些图，另外增画了十七幅图。他又从《植物名实图考》里移植过来了七百多幅图，使“本草图”更加完善、充实、精美。这个刻本称为“张氏味古斋刻本”，是历代刻本中比较好的一种。书的质量有了提高，但与原著比也有失真的缺点。
随着国际间的文化交流，这部药物学巨著也流传到国外去了。它先后被翻译成拉丁、法、日、朝、德、英等文字。一六0六年，《本草纲目》传入日本，一七八三年，《本草纲目》由小野兰山翻译为《本草纲目译说》，共二十册。一九二九年，又由白井光太郎依照“金陵版”的本子翻译为《国译本草纲目》，共十五册。以后传入朝鲜。在欧洲，最早翻译过去的是拉丁文译本，题名《中国植物志》，于一六五六年在维也纳印刷发行。法文译本是在一七三五年由法国都哈尔德节译而成。《本草纲目》传入德国在十八世纪初，一九二八年它被翻译成德文，共十四册。从一九二九年起，又陆续被翻译成英文出版。总之，《本草纲目》对世界医药学和植物学都作出了重大的贡献，李时珍也成为了受世界各国尊敬的医学家。
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