《罪惟录》是一部纪传体的明史。原名《明书》，后来改名《罪惟录》，取孔子“罪我者其惟春秋”（ 知我罪我，其惟春秋）之义。查继佐在《罪惟录》中坚持反清立场。他在《自序》中明确表示，自己是明朝人，不是清朝百姓。书中都用明朝年号，直到清康熙三年，仍称永历十八年。南明各主，均列本纪。福王称安宗简皇帝。建文、崇祯两帝谥号，皆从弘光朝所定，不用 清政府所谥。对清朝或称“满人”，或称“后金”，或称“建彝”、“建虏”或称“东师”、“北师”，绝不称“大清”。书中对抗清人物立传特别多。并随处发抒对满人和投降派的愤恨。如书中引张煌言的《报韩论》说：“自古称张良始终为韩，先儒论之详矣。今世仕虏庭者多借此为口实，以建州固常驱贼，遂以沛公亡秦，子房事汉为拟。噫！何其不犹之甚也！”

《罪惟录》的撰写时间，据自序说，从甲申年（顺治元年，公元1644年）开始，壬子年（康熙十一年，公元 1672年）写成，用了29年的时间。这部书是在极端险恶的环境中写成的。当时清政府最忌私人撰写明史，尤其是易代之际的历史，唯恐把历史真相揭露出来。浙江湖州南浔人庄廷鑨购得朱国桢《列朝诸臣传》稿本，补以崇祯朝事，定名《明书》，用自己的名字刊刻。因为书中称努尔哈赤为建州都督，不用清朝年号，康熙元年被入告发，结果庄氏全族和为此书写序、校阅、刻字、印刷以至卖书、买书的人和地方官，都被处死，死者70余人。查继佐列名参校，亦被逮捕入狱，幸经友人多方营救，才得免死。在这样一个万分恐怖的情况下，查继佐冒着灭族的危险，终于把《罪惟录》写了出来。他在自序中说，手稿改易了数十次，备极辛苦。

《罪惟录》的材料来源，关于明末史事，一部分是作者自身所经历，尤其关于鲁王政府的历史，作者就是当事人。许多人的传里都有关于他的记载。一部分是调查访问得来的．这在许多篇章中都有所说明。他在《自序》中所谓“耳采经数千人”，就指的是调查研究。关于崇祯以前的史料，一部分采自庄廷鑨《明书》，一部分采自明纂国史和实录。明黄尊素著有《时略》，记嘉靖、隆庆时事及诸臣奏疏，其子宗羲著《续时略》，记万历至崇祯朝事及奏疏。宗羲与继佐在鲁王政府同事，因此《罪惟录》部分史料可能得之于宗羲。

《罪惟录》是一部未定稿。书中常有“某卷颠倒错乱，当重为排定”一类的批语和“当入某目”的眉注，可以概见。原稿在作者当时已经“水溢火焦，泥涂鼠啮，零落破损”，收藏者惧祸，又将“建虏”、“满兵”等字样都涂改成“大清”，在南明各主及年号上加一“伪”字，所以稿本已非完璧。1931年，张宗祥借得浙江吴兴刘氏嘉业堂所藏原稿加以校补，厘订为本纪22卷、志32卷、传36卷（皆为类传），并子目合共102卷。 1936年，上海商务印书馆据嘉业堂原稿，将涂易可辨的字恢复原样，加注张氏校补文字，影印行世。历经沧桑，沉埋了二百多年的《罪惟录》，至此才得与世人见面。

《罪惟录》最注意“靖难”（指明成祖朱棣夺取皇位的事）以及明清易代之际的记载。 《荒节传》中人物都是“靖难”迎降诸臣。《播匿传》所记孙镇以下44人都是“靖难”时反对成祖的，田时震以下40人都是明末抗清的。《抗运》、《致命》两传，亦大多为“靖难”和易代之际的人物。王鸿绪的《明史稿》、傅维麟的《明书》和清代官修的《明史》，对于“靖难”的记载，往往把真实情况湮没。牵涉到清入关以前的事和易代之际的事，更是讳莫如深，略而不详。查氏《罪惟录》翔实过于三书，尤其是关于清入关以前的历史和易代之际的历史，可以补正三史的缺失。此书也有一些缺点：记事间有自相牴牾处，取材间有道听途说，失于考核处，列传分类，亦有不尽允当处，外志一篇，简直是小说，不是历史。但总起来说，此书大醇小疵，终不失为一部有价值的史书。