跳出国家公园，“归谁管”的事在哪个领域都是大事，因此，行政管理体制的大部制改革和《生态文明体制改革总体方案》中也都有详细说法。
如《生态文明体制改革总体方案》中，对自然资源的管理就说得很详细：“按照所有者和监管者分开和一件事情由一个部门负责的原则，整合分散的全民所有自然资源资产所有者职责，组建对全民所有的矿藏、水流、森林、山岭、草原、荒地、海域、滩涂等各类自然资源统一行使所有权的机构。完善自然资源监管体制。将分散在各部门的有关用途管制职责，逐步统一到一个部门，统一行使所有国土空间的用途管制职责……分清全民所有中央政府直接行使所有权、全民所有地方政府行使所有权的资源清单和空间范围。中央政府主要对部分国家公园直接行使所有权”。
细究起来，这个国家统一管理的部门以及基层各国家公园管理局，有五方面权利要统一：①规划权。空间规划是国家空间发展的指南、可持续发展的空间蓝图，是各类开发建设活动的基本依据。要整合目前各部门分头编制的各类空间性规划，编制统一的空间规划，首先从规划层面解决保护地管理破碎化问题；②人事权。国家公园范围内的人力资源制度，必须要创新，否则就很难达到美国基层的国家公园仍有大把博士从事科研、科普的境界； ③资金权。有一定（最好是法定）的资金渠道保障，并统一使用；④经营监管权，即国家公园管理机构统一对国家公园范围内及范围外使用国家公园品牌的经营活动进行准入管理和服务质量、价格等方面的监管；⑤执法权。这指的是综合执法权，即在国家公园范围内，由国家公园管理机构统一行使与资源管理相关的综合执法权。
再具体到管理机构设置，这涉及两个问题：①中央的机构如何设置，基层的国家公园具体管理机构如何设置？②两个层级的管理机构的权责范围分别是什么？如何体现到“三定”方案中？
依笔者的个人管见，须先确定总体原则，再有具体方案。
总体原则可用“三个有利于”概括。①有利于与中央的大部制、统一专业管理的机构改革方向衔接。这主要针对中央的机构设置，应对同类型资源实行集中统一管理，类似美国的体制：国家公园管理局这样的资源管理专业部门，接受其他行业监督部门（如美国环保署）依法监管，避免行业监督部门直接管理资源（既当裁判员又当运动员）。②有利于推进生态文明基础制度系统落地。这对中央和基层的机构都适用：《生态文明体制改革总体方案》中提出了生态文明八项基础制度（参见表1），但迄今这些制度很难成龙配套地落地。一个统筹的资源管理部门，易于将国家保护价值最高的区域建设成为生态文明基础制度的先行先试区，并通过自然资源资产确权、多规合一等方面的制度建设使国家公园“保护为主、全民公益性优先”的宗旨获得全方位的制度保障。③有利于处理与地方政府的关系。这主要针对基层管理机构：国家公园体制试点区所在区域，大多数是经济较不发达区域，地方政府（或地方政府主要领导）若同时身兼国家公园管委会职责（这在中国较多，如黄山等），则会陷入经济学所说的激励不相容境地，难以体现“保护为主、全民公益性优先，这也要求基层国家公园管理机构单独设置，而地方政府通过生态文明制度建设形成有利于国家公园的周边环境。
对机构设置的具体方案有二：①对中央的国家公园管理机构设置的建议：与中央的机构改革大方向一致，利用中共中央“十九大”机构改革的机遇，在中央未来设立的自然资源统一管理的大部下（类似美国的内政部），设置对全国的国家公园进行统一行业管理（国家公园暂时隶属地方政府但由中央的国家公园管理局进行业务指导、行业监管并给予专项资金补助）的国家公园管理局。②基层的国家公园管理机构，独立设置的对国家公园范围内所有自然资源进行统一规划、统一管理的机构，在国家公园建设期可先由省级地方政府垂直管理，条件成熟时逐渐上交国家，由国家直接行使所有权。这样，国家公园基层管理机构与地方政府的事权不交叉，各司其职，整合后的国家公园管理机构暂时可保留多块牌子（如自然保护区管理局、风景名胜区管理局），以在中央机构改革完成前衔接既有资金渠道和优惠政策。
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