南京国民政府的政权，系靠国民革命军所得致。而国民革命军北伐起于两广，继之冯玉祥、阎锡山响应于绥远和山西，主要战场则在湘、鄂、赣、闽、江、浙、鲁、豫、冀等省。不在前揭范围内的地区，政权转移主要靠政治解决。一如过去的北洋政府，南京国民政府仍难将中央军力投入边远省区。
北伐军初入湖南时，贵州和四川军人即已开始接受国民革命军番号，表示听命国民政府。川黔联军总司令袁祖铭以彭汉章、王天培部，随革命军转战南北；1927年，袁、彭、王先后遭到唐生智和蒋介石处决。四川则内战纷扰有年，各实力军人互不相上下，当中又以刘湘、刘文辉势力最大。既接受改编，刘湘等人起初亦不无借新力量澄清川局的雄心。然而，军事实力雄厚的云南方面，唐继尧当局对南北政府仍持观望态度，更严格禁止国民党人活动。1927年2月5日，滇军将领龙云、胡若愚、张汝骥、李选廷等联合发动政变。唐迫于压力，同意将省府改为云南省政务委员会，唐居总裁之名，实权落于龙、胡等人之手。5月23日，唐继尧病逝，龙、胡派人向国民革命军总司令蒋介石表示拥护之意。6月14日，蒋任命龙、胡分任国民革命军第三十六、第三十九军军长。7月1日，云南全省正式悬挂青天白日满地红国旗。
1928年1月，云南发生龙云与胡若愚之间的权力之争。龙云初被胡若愚关禁，赖其部将卢汉之及时反攻，始转败为胜，驱逐胡出滇。龙掌握云南政权后，即电南京表示服从。南京国民政府旋于1月17日任命龙云为云南省政府主席，20日再委为国民革命军第十三路总指挥。龙自此主持云南省政达17年之久，实际上则保持半独立状态。
国民党人对新附的军队和地方政权，除了依照规制，将之编入国民革命军番号、授予官署委任外，亦要求设立党务组织，以求逐步强化统治力的渗透。以军队言，在北伐初期，凡加入革命阵营者，须以设置党代表、政治部或党部来作为效忠的象征。较早加入的桂系、西北军等，均循此例进行。川滇黔亦非例外。惟新附军队的政工人员时由地方军人自荐自任，国民党中枢屡欲制止，却感鞭长莫及。尤有甚者，在国民党“清党”等动荡之中，原先左派稍微活跃的西南各省地方党部、军队政工组织纷纷瓦解，而中枢无力将之重建。处此情势，地方军队的自主性又随之提高。
除此之外，国民政府倘若借由财政手段，亦可能逐步控制地方的军事、财政命脉，将之真正纳入统治体制中。然而，国民政府以本身财政支绌，无力采取此道。昔桂系率广西军民投效广州国民政府，广州国民政府即不愿负担桂省军费。其后的新附各省，财政大多“自理”，中央政府自难加以控制。1928年8月，龙云以云南财政困窘，请求南京国民政府协助解决云南的财政、金融问题；南京虽允协助，但杯水车薪，缓不济急。其后滇省仍是自谋办理财政，并以财政作为维持半独立状态的基础。
整体上，南京国民政府与西南川滇黔等省关系，处于一种相互为用的状态。其后至1930年代，南京更因穷于应付来自国内外的各种挑战，遂对川、滇、黔诸省采取羁縻政策，以种种怀柔方式争取其合作。而在这类南京鞭长莫及的省区内，国民党的组织力量亦无法有效渗入，只好将省党部委员的头衔加诸地方实力派之上，或由其自行委任党部委员。西南诸省在保持半独立状态之余，乐得披上党、政的“合法”外衣，大抵亦表现出拥护南京中央政府的态度。对南京政府而言，这或是出于无奈的选择。
与南京政府更加疏远之地，厥为新疆。新疆名义上为中华民国一省，然与历来中央政府的关系至为淡薄。1928年6月8日，国民革命军开入北京，新疆督办杨增新旋于16日通电易帜。不意7月7日新疆即发生政变，杨增新被军务厅长、俄文法政专门学校校长樊耀南刺杀，民政厅长金树仁又捕杀樊耀南及其党羽。金树仁遂自任新疆省政府主席兼总司令，并电国民政府提出报告。南京一方面迁就现实，电令金氏遵照政府指示主持省政，一方面令甘肃省政府查报新疆事件真相。10月末，素有经营边疆之志的白崇禧（具穆斯林身份），有鉴于蒋介石裁兵之议日亟，提议由己率兵实边，整理新疆国防。新疆当局闻讯生惧，于12月9日宣布“无论何人，非经允许，不准入境”。其后几经反复，盛世才于20世纪30年代获取大权，而南京政府的政令仍未行于新疆。
1928年八、九月之际，南京方面亦做成决议，将塞外的热河、察哈尔、绥远三特别行政区改制为行省，并新建青海（合青海地域、原甘肃西宁道）、宁夏（合甘肃宁夏道及阿拉善、额尔济纳两蒙旗）、西康（合原四川之川边地区、前藏部分地区）三省。国民党人采取是项措施，主要目的在充实国防与开发边疆。盖南京政府自对苏绝交以来，虑苏方以外蒙为基地进窥内蒙地带的热、察、绥三特区，故而调整地方区划，补足其税收，俾供省政所需。这类新设省份，事实上仍由实力军人所掌。不过，国民党人的设省政策，蕴含了民族同化的思想，而非保障地区内少数民族权利的民族自治；至于“发展经济力量”等民生主义主张，更是面向“国内一切人民”的普遍政策。1928年后，内蒙方面一再向南京政府请愿，要求建立民族地方自治机构，即屡遭拒绝。基此缘由，南京政府的边疆政策，并不为少数民族所谅解，矛盾与日俱增。
北伐后期的地方政权鼎革，最为牵动大局者，乃东北易帜一幕。从酝酿到实现，历时半年之久，当中又涉及奉系、南京与日本三方面的复杂关系。特别是，日本已于1928年5月3日发动济南事件，反映其维护在东北、华北“特殊利益”的决心。面对日本的威胁，不论奉方抑或南京，皆不敢掉以轻心。另一方面，奉军虽然遭遇军事上的失利，失去了对中央政府的控制，惟仍保存相当大的实力，可与南京分庭抗礼。而南京国民政府受日本之阻，亦难派兵向关外追击。处此情势，以政治方式解决东北三省问题，逐渐成为南京与奉方的共识，但犹需反复的过程。
1928年4月，国民革命军“二次北伐”迭获胜利，北洋军队节节败退。5月3日“济案”爆发，北洋政府领袖张作霖于9日发布通电，呼吁南北两军“息争”，并派代表与南京政府洽谈。旋即，日本方面向南北政府致送觉书，扬言“战乱如进展到京津地方，其祸乱或及于满洲之时”，将采取“适当而有效之措施”；复不断催促张作霖及早放弃京、津，退回关外，行保境安民。25日，先于南京国民政府4天，张作霖答复日方觉书，谓“断难承认”日本的要求，声明“东三省与京、津为中国领土，主权所在，不容漠视”。30日奉军失保定，张作霖召开军事会议，决定撤军回奉。但值得注意的是，张作霖于退出北京之初，或仍抱持卷土重来之意，故而将安国军大元帅印、旗，以及国务院印信、外交部重要档案运往奉天。北京政府国务院总理潘复亦发表声明，将随往组织行署。
换言之，张作霖不无考虑，倘若南北的妥协一时难以达成，即拟于奉天树立北方政府。惟当时奉日关系“已极不圆满”，6月4日，张作霖竟遭日本关东军之炸，逝于皇姑屯。设立北方政府一事，不复可行。张作霖之子张学良继起，局面为之一变。张学良上台以后，即公开表示“决不轻言战争”，更向南京承诺“决无妨害统一之意”。7月中旬，奉方代表赴北平，晋见蒋介石、冯玉祥、阎锡山、李宗仁等，谈判随即展开。国民党与奉方的意见颇有不一致处，党、政、军诸事均待商议。尤其热河仍由奉军汤玉麟部控制，奉方盼与东北三省一并解决，但蒋介石未予同意。事实上，蒋氏业于7月15日命白崇禧以前敌总指挥兼右路军总指挥名义，肃清退守滦河方面的张宗昌、褚玉璞直鲁军，又以第一集团军方振武部负责热河军事。不过，国民党与奉方的谈判仍大致顺利，蒋氏亦感“汉卿（张学良）似属诚意，东省和平统一，可无问题”，所虑者为日本的态度。几经往返磋商，奉方初步同意于7月底进行改旗。
然而，原订7月进行的东北三省易帜计划，最终仍面临夭折。19日，在张学良授意下，较无涉外问题，且已遭国民革命军兵临城下的热河，宣告易帜。惟近于同时，日本驻奉天总领事林久治郎奉田中义一外相之命，再次警告张学良不可进行东北三省之易帜。蒋介石屡“催汉卿决然通电，服从中央，勿为倭奴恫吓而怯缩”，但无法消除张学良对日本的疑虑。日方更以参加8月4日张作霖丧礼致奠为名，派遣前驻华公使林权助向奉方施加压力。林权助抵东北后，与张学良谈话数次，针锋相对，极不愉快。日本的威胁虽未尽数奏效，确已推迟了解决东北问题的时程。
究其实质，东北当局与国民党之间的矛盾，同样是亟待解决。特别是，热河虽已易帜，然国民革命军并未停止前进，造成了奉方的不满。7月28日，张学良即致电白崇禧质疑“是否该区虽经易帜，仍须沿用地盘政策，力图略取？”至于革命军拟肃清滦河方面的张宗昌、褚玉璞直鲁军，张亦盼延期进行。蒋介石闻讯，一度同意暂停向热河进兵，但仍指示白崇禧要求张学良限期让出热河。张学良难以接受这样的条件。在热河问题延宕未决的同时，奉方亦提出东北三省国民党党部暂缓开始工作，俟东北方面挑选青年赴宁学习党务归后再办。亦即，东北当局惧骤行易帜，南京政府、国民党的权力渗透将大举涌入，动摇其统治的根基。非将此层问题厘清，并获得相当保证，奉方尚不愿“皈依党国”。
东北易帜迟迟未得实现，颇引起国民党人的疑忌，不乏有人指责张学良“勾结外人，借词推迟”。毕竟，在党人当中，本来就存在一股反对“政治解决”的声音。7月15日，负责党务秘密工作的东三省特务委员会曾发表宣言，呼吁“以武力彻底讨伐奉逆余孽”，“亟望本党忠实领袖勿为（奉系）所惑，致铸百年大错”。盖国民党在东北地区进行秘密工作，已历多时。即使在与奉方展开密集政治谈判以后，各地下党部仍以民运工作、策反军队、吸收党员等办法，准备内应国民革命军的军事行动。这类工作，颇为东北当局所忌，常派军警捜捕镇压。而深处奉系地盘的国民党秘密工作人员，与奉系搏斗有年，情感上自难以接受党中央的政治谈判做法。另外，与奉系积怨甚深的冯玉祥，向来亦主张武力解决奉军。冯虽不便反对蒋介石所实行的和谈方针，仍以“东省敌人是否诚意，尚属疑问”为由，力主“速定热河”。事实上，蒋氏本人经过考虑以后，也于9月1日电令方振武部重启进取热河的行动。一时之间，国民党与东北当局犹处于军事对峙的状态。
值此情势，张学良曾致函蒋介石解释，国民党人所采取的“苏俄式手腕”，乃日本干涉东北三省问题的借词之一。其实，东北当局对南京党政组织的抗拒，亦是立于清末以来地方主义盛行的风潮，有深厚的政治、社会基础。国民革命军对热河的进取态势，即引张学良“父执”对张的不谅解，“责其亲南”。于是，张学良在与国民党人谈判的同时，强调东北地方的主体性，对内对外皆有必要。张学良对国民党提出的“东北人办东北党部”主张，即受到东北地方舆论的支持。8月4日，奉方提出，东北各省党务指导委员会，须经省政府同意后方可成立。之后在谈判中，进一步要求“党部在东三省暂缓设置”，“所有特委员及中央党部人员、现在东三省秘密工作者均一律撤回”。但国民党人的秘密党务活动显然没有即刻停止。
不过，不论是张学良抑或蒋介石，皆未动摇和平统一的努力。东北当局方面，即试图以若干善意的举动，换取国民党方面的让步。8月，东北当局宣布，前时被捕入狱的东三省国民党员，一律释放；过去禁售的三民主义书籍、报道国民党消息的《东方杂志》、《国闻周报》等刊物，一律解禁。之后，国民党要求将“在秘密时期，为工作被捕之党员”一律释放，奉系再次让步。12月8日，东北当局释放了国民党奉天党务负责人钱公来等人。9月间，张学良更以实际行动，配合白崇禧解决滦河方面的直鲁军残部，并迫使孙传芳、张宗昌、褚玉璞离开军中，表达其服从国民政府的态度。
白崇禧解决滦河方面直鲁军残部的行动，可谓“北伐最后一战”，而奉军参与之。盖国民革命军接收京津之初，原希望以政治方式解决张宗昌、褚玉璞军队。惟张、褚等仍欲顽抗，奉方亦不愿接纳该部出关。蒋介石遂于7月15日下达讨伐令，并以白崇禧负责指挥。9月上旬，国民革命军全线击溃直鲁军，于14日到达滦河西岸待命。直鲁军败退滦河东岸后，旋与奉军发生冲突。21日，奉军发动总攻，张、褚所部不敌；褚玉璞被俘，张宗昌化装潜逃大连。23日，直鲁军大部为奉军所俘，一部向白崇禧投诚，冀东军事结束。自然，奉军主动参与这场硬仗，虽有配合国民政府的政治象征意义，但一个重要考虑为避免国民革命军渡过滦河。另值得注意的是，冀东战事结束后，滦河西岸、唐山一带，即由白崇禧所属的第四集团军驻防。再加上两湖、两广，桂系的势力范围大为拓展。后者实为下一波政治争端的潜藏因素。
直鲁军既由国民党人、奉方在9月联手解决，蒋介石亟盼张学良能有进一步的政治表示。月底，蒋派张群赴日本访田中义一首相，望勿干涉东北易帜，在中国统一后始可与日本解决各项悬案，并允维持东北现状。10月8日，国民党中央常会推定蒋氏为国民政府主席，并推选国民政府委员。席间，蒋即提议任张学良为国民政府委员之一。对此议案，国民党人讨论良久，不能决定。蒋乃极力主张，倘张学良无法就职，适可揭穿“日本阻碍东省归入中央之阴谋”，“于党国方面亦大有益”。其议遂决。蒋旋即电告张学良会议结果，望张趁此时机宣言就职，以该年双十节为统一之纪念日。张学良复电同意列名国民政府委员，但仍以“某方压迫，致生障碍”为由，推迟易帜的施行。张又同时提出，国民党二届五中全会主张取消政治分会，“惟东省情形特别，此种过渡办法绝不能少”。11日，蒋回复张称“如尊处果能出以决心，中（正）深信彼不敢有所举动”，至政治分会问题，蒋认为不便再行设置，但承诺“东省果有特别情形，可另筹妥善办法”。无论如何，双十节庆祝统一的时机已经错过。
张学良虽再次推迟易帜的进行，然在相当程度上已与南京国民政府趋近。10月中下旬，日本驻奉天总领事林久治郎要求东北当局解决土地商租权以及延长吉（林）敦（化）铁路等问题。蒋介石嘱张学良不可再进行“局部交涉”，这一方面是减轻东北当局承受的日方压力，另一方面也是打消东北当局继续拖延易帜的借口。而张学良并非不受南京态度的影响。11月5日，南满铁道会社总裁山本条太郎访张，谈吉敦路之事，张即以外交问题需由南京政府统一处理推托。同月，张学良派莫德惠赴日庆贺昭和天皇加冕大典，更探知田中在美、英等国及国内反对派的压力下，已默认东北易帜是“中国内政问题”，不致再起干涉。日本的阻力逐渐无形消解，张学良进行易帜的决心益坚。不过，奉方与南京之间的“未了事件”仍亟待解决。
11月，奉方与国民党的谈判与合作，持续进行。东北当局首先资助白崇禧军费，并将关内部队撤回，继之使停顿数月之久的平奉铁路恢复通车，并释回稍早扣留的列车交还平奉铁路局。同时，响应裁兵，宣示将40万奉军裁汰20万。不过，国民党人意识到，张学良确已立志服从国民政府，惟对东北三省及热河地盘仍图掌握。对此，蒋介石实渐采让步的方针。稍早以前，蒋氏谓虽不便在东北设置政治分会，然仍允由张保荐各省省主席及委员人选，表现出各种条件尽可商量之意。热河问题方面，蒋氏更于12月同意张学良的要求，将之归入奉方势力范围，放弃军事进取的方针。毕竟，负责热河军事，且积极进行的第一集团军方振武部，本冯玉祥所属，二次北伐期间始归蒋指挥。蒋对方并不信任。同时，阎锡山、白崇禧等人也不无觊觎热河的盘算。对蒋而言，使热河维持在奉军手中，或不失为较好的选择。
张学良既确认日本阻力将无形消解，又获得南京中央在政治上的保证，遂于12月24日召开秘密会议，讨论易帜问题。东北当局当即将易帜的决定密告南京，南京旋于26日通过东北人事案，待易帜后发表。29日，东北易帜通电发布，国民政府乃发布张学良为东北边防总司令长官，张作相、万福麟为副司令长官，并分别任命奉天、吉林、黑龙江、热河四省省主席。当日上午，张学良在奉天省府大礼堂举行易帜典礼，由国民政府主席蒋介石派代表方本仁监誓。各国驻奉领事均应邀参加观礼，惟独日本领事未见到来。东北易帜后，最高军事机关为东北边防司令长官公署，最高政治机关则为东北政务委员会。东北政务委员会有委员13人，而以张学良为主任委员，于1929年1月12日正式成立。30日，国民党中央政治会议决议奉天省改为辽宁省，奉天城改称沈阳。东北易帜工作，至是顺利完成。
不过，东北的“党权”问题，并未随易帜而结束，反见白热化的发展。在易帜前夕，东北当局担心“潜伏”的国民党人乘“新年之际同时举贺之机”成立党部，遂决定于29日东北易帜的同时成立党务筹备处，以资抵制。其后张学良犹坚持“自办党务”，与南京方面不无冲突。于是，东北当局除少数高层人士加入国民党外，地方党务迟迟无法发展。而原本秘密工作的国民党组织，依旧活动，勉力“维持中央正统”。直至1930年年末，正式的东三省省党部始次第成立，实际上是由奉系控制。但值得注意的是，奉系并未就此彻底融入国民党的组织与活动，南京亦未放弃发展国民党党务的可能。“九一八”事变后，仍是原东北党务人员继续从事秘密工作，即可见一斑。
总此而言，经过国民革命军二次北伐、东北易帜，中国的政治、军事权力版图既有重整，也有延续性的呈现。原先声势显赫的北洋直系军队，就此溃灭。南方新兴的各军，则开始活跃于历史舞台。部分旧有的军系，如西北军、晋绥军、奉军等，亦以新的面貌，继续发挥其影响力。特别是，中国尚未真正达成“精神上的统一”。首都虽然南迁，北平仍为华北重心。华北最大军力掌握者，常为北平的主人。北伐告成之初，北平落入晋绥军之手。(268)但在1930年年底中原大战后，张学良即率部队入关，以全国陆海空军副总司令身份开府北平，距张作霖下令奉军撤出北京未及三年。而不论南北，各军多有“地盘”观念，实为“军阀主义的残余”（residual warlordism）。
惟即使如此，1928年后，中国非无转折性的发展。首先，东北当局对国民党人活动的抗拒，正显示一种新的政治格局悄然成形。而政治、军事的重心，确已转往长江流域。除了中原大战外，1930年代的几场重大政治、军事斗争，包括国民党军对共产党的围剿，多在长江以南发生。其次，在各军事集团内部，叛变、倒戈等行为更频繁地出现，显示“军阀”赖以稳定的活动准则有所动摇。与之相比，蒋介石所控制的中央政府军力，固然无力一举消灭其他军事集团，但拥有较过去北洋政府更为充裕的政治、军事资源，不断完善其军事力量，为其政权奠定了较坚强的基础。
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