员工将行权后的股票再转让时获得的高于购买日公平市场价的差额，是因个人在证券二级市场上转让股票等有价证券而获得的所得，应按照“财产转让所得”适用的征免规定计算缴纳个人所得税。[1] 对于员工转让股票等有价证券取得的所得，应按现行税法和政策规定征免个人所得税。即：个人将行权后的境内上市公司股票再行转让而取得的所得，暂不征收个人所得税；个人转让境外上市公司的股票而取得的所得，应按税法的规定计算应纳税所得额和应纳税额，依法缴纳税款。[2]
被激励对象为缴纳个人所得税款而出售股票，其出售价格与原计税价格不一致的，按原计税价格计算其应纳税所得额和税额。[3]
[1]财政部、国家税务总局关于个人股票期权所得征收个人所得税问题的通知（财税[2005]35号）第二条第三项[2]财政部、国家税务总局关于个人股票期权所得征收个人所得税问题的通知（财税[2005]35号）第四条第二项
[3]国家税务总局关于股权激励有关个人所得税问题的通知（国税函[2009]461号）第七条第三项
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