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ISCN(2020)更新内容系列(04)
内容提要:
ISCN2020第七章的更新内容,新版ISCN建议常见染色体多态不写入染色体核型中,而是在报告的解释性文字中体现。
周末更新一波,先扯一点闲话。多态是核型分析中经常遇到的染色体结构变异。早在1960年代,非显带染色体时期,人们就已经认识到1、9、16、Y染色体存在结构和长度上的变异,D、G组染色体存在短臂的变异。显带技术出现后,发现了更多的染色体变异,而且不同的显带技术发现的变异也不一样,具体见ISCN总结的下面这个表。
对于多态的描述,既往版本的ISCN给出了如何描述多态的示例,但是既没有说明多大程度的变异需要报告,也没有说明是否要在核型中体现,更没有说明多态和其他异常同时存在时应如何描述(如一条1号为qh+同时又与其他染色体发生易位的情况)。此外,在第九章结构异常描述中也没有一个例子包含了多态的描述,因此无从参考。
这就导致实际中各个实验室都设定了自己的标准。记得之前在微信群里做过一个调查,了解各个实验室报告多态的标准,结果有的实验室以16号短臂d的一半或18号短臂的1.5倍为标准,有的以正常大小的两倍为标准(这里的“正常”也很难界定),有的以超出同源染色体异染色质的三倍为标准等等,不一而足。
在Human Chromosome Variation: Heteromorphism, Polymorphism and Pathogenesis 这本书中,我找到一个图,算是其中的一个来源。左边是Q带的分级标准,右边是C带对异染色体质长度的分级标准,图中可见是以16短臂长度的1/2为参照,分成5个等级。但也还是没有回答多大程度的变异需要报告的问题。
另外还有一个问题是多态要不要在报告中体现,有的实验室认为应如实报告核型所见,有的实验室认为这类多态报出来会引起病人不必要的担心,不应该报告。
也许是考虑到了实验室在这方面的两难和争议,新版ISCN对这个问题进行了补充说明,给出了官方建议。如下图。
ISCN(2020)指出,“为了避免错误解读,强烈建议染色体多态不在核型中描述,但是应在对核型进行解释的文字说明部分体现”。算是官方给了一个说法,即不需要写入核型,但是要把这个发现在报告中体现,告知被检查者。
对于这个更新内容,我咨询了黄新力老师,他的看法是对于1qh+等异染色质大小的变异以及D、G组短臂的变异,在验证其确实属于多态的前提下,可以不在核型中体现,但是对于inv(9)这样的常见的结构变异多态,还是要在核型中体现。
这就又引出一个问题,即如何确认所发现的多态是多态而不是别的?这里有几个建议供大家参考:
实验室尽可能建立多种特殊显带方法,如C带、N带、Q带等。遇到特殊情况可以进行多方面的检测(正如今年的202005号核型质控)。
必要时FISH验证,不过大部分实验室估计没有这个条件,可以选择有资质有经验的第三方公司进行就检测。
进行父母染色体的检查,如果父母也携带,则支持多态的判断。
结合芯片或CNVseq的结果,如未发现常染色质片段增加或减少,则也支持多态的判断。
就更这么多,祝大家周末愉快!
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